通过简化的工作流程从具有挑战性的 cfDNA 起始量生成高质量的文库,为罕见变异检测提供高转化率和灵敏度。Twist cfDNA 文库制备试剂盒专为低起始量和片段化样本而设计,可帮助您可靠、高效地获取关键见解。
具备媲美“无 PCR 扩增”错误率的高保真扩增:使用 Twist TrueAmp 聚合酶制备的 cfDNA 文库,在所有检测的碱基变化中,其碱基替换错误率与无 PCR 处理的 cfDNA 文库基本相当。
Twist cfDNA 文库制备试剂盒可提供更高的 cfDNA 文库产量。文库生成后,用 20μL 水洗脱样本,然后用 QubitTM dsDNA 宽范围试剂盒对 1μL 所得液体进行定量。
Twist cfDNA 文库制备和 Hyb 混合试剂盒可在低至 0.25% VAF 的条件下灵敏、准确地进行检测。利用 50 kb 肿瘤学组合进行的单重捕获可靶向 217 个 SNP。遗失变异体是指在可检测到的位点总数中,变异体家族 <1 的位点。
Twist cfDNA 文库制备和 Hyb 混合试剂盒可在使用或不使用 UMI 重复数据删除技术的情况下均可提供更高的文库复杂性。利用优化的 TE 工作流程,使用 50 kb 肿瘤学组合进行的单重捕获可靶向 cfDNA 标准材料中的变异体位点。
Twist cfDNA 文库制备试剂盒能利用原生 cfDNA 样本获得更高的 cfDNA 文库产量。文库生成后,用 20 μL 的水对样本进行洗脱,然后用 QubitTM dsDNA 宽检测范围试剂盒对 1 μL 所得液体进行定量。
图 1. 使用与不使用 TrueAmp 扩增的碱基置换错误率比较。通过采用 Twist cfDNA 泛癌种参照标准品 v2 作为起始量样本,并使用 Twist cfDNA 文库制备试剂盒成功构建了测序文库。在无 PCR 处理组的连接步骤中,使用了全长双端唯一标签 (UDI) 接头;而在 PCR 处理组的连接步骤中,则使用了 Twist 通用接头。PCR 处理组使用 Twist TrueAmp 聚合酶预混液和 UDI 引物进行 6 个循环的扩增。对文库进行合并、测序和分析。结果显示无 PCR 文库与 TrueAmp 扩增文库的错误率相当。
图 2. Twist cfDNA 文库制备试剂盒可提供更高的 cfDNA 文库产量。文库生成后,用 20 μL 的水对样本进行洗脱,然后用 Qubit™ dsDNA 宽检测范围试剂盒对 1 μL 所得液体进行定量。
图 3. Twist cfDNA 文库制备和 Hyb 混合试剂盒可在 0.25% VAF 的条件下灵敏、准确地检测变异。用定制的 50kb 肿瘤学组合(靶向泛癌种标准品中的 217 个 SNP 变异位点)捕获单重文库。变异体遗失的计算方法是将变异体家族少于 1 个的位点总和除以可检测到的变异体位点总数。
图 4. Twist cfDNA 文库制备和 Hyb 混合试剂盒可在使用或不使用 UMI 重复数据删除技术的情况下均可提供更高的复杂性。
Figure 5. Twist cfDNA 文库制备试剂盒能利用原生 cfDNA 样本获得更高的 cfDNA 文库产量。文库生成后,用 20 μL 的水对样本进行洗脱,然后用 Qubit™ dsDNA 宽检测范围试剂盒对 1 μL 所得液体进行定量。
即便 DNA 起始量降低,Twist 无 PCR WGS 文库制备仍能提供稳健的文库产量和稳定的文库片段大小。其工程连接酶化学体系驱动高效、均匀的连接反应,有助于在不同起始量水平下维持测序就绪文库的质量。
图 1. 不同 DNA 起始量的无 PCR 文库产量比较。使用指示的 DNA 起始量在无 PCR 文库制备之后测量最终文库浓度 (nM)。在同等的起始量条件下,Twist 无 PCR WGS 文库制备方案相比竞品流程能够产生更高的文库产量,并在低起始量下仍能保持优异的性能表现。
Twist 无 PCR WGS 文库制备方案在 DNA 起始量从 300 ng 到低至 37.5 ng 的范围内,均能保持稳定的插入片段中位长度。样本之间的最小读长重叠可确保了测序效率与全基因组覆盖的可靠性。
图 2. 该试剂盒能够在多种 DNA 样本中持续稳定地产生大片段插入文库。(A)Median Insert Size is represented for 300 ng, 75 ng, and 37.5 ng of NA12878 DNA sample input. (B) 重叠百分比(用于衡量双端测序读长对相同 DNA 碱基的冗余覆盖程度)展示了对 NA12878 样本分别在 300 ng、75 ng 和 37.5 ng 起始量下的测试结果。
Twist TrueAmp 文库制备试剂盒支持在广泛范围内精确控制插入片段大小,允许用户根据特定测序流程需求调整文库制备参数。
图 3. Twist 无 PCR WGS 文库制备试剂盒的可调性。
A: 使用不同片段化时间生成的五张 NGS 文库电泳图。50 ng 高质量基因组 DNA 在 32 ℃ 下进行不同时长的片段化处理。
在不同 DNA 起始量条件下,Twist 无 PCR WGS 文库制备能保持不同 GC 含量区域的稳定覆盖均一性。
图 4. Twist 无 PCR WGS 文库制备试剂盒可在不同 GC 含量的基因组区域提供更一致的覆盖度分布。该试剂盒即使在低起始量条件下也能最大限度地减少 GC 偏好性,从而减少实现均匀覆盖所需的额外测序量,并提升在高 GC 和低 GC 区域变异检测的准确性。
在不同 DNA 起始量条件下,Twist 无 PCR WGS 文库制备能保持不同 GC 含量区域的稳定覆盖均一性。
Figure 5. Twist cfDNA 文库制备试剂盒能利用原生 cfDNA 样本获得更高的 cfDNA 文库产量。文库生成后,用 20 μL 的水对样本进行洗脱,然后用 Qubit™ dsDNA 宽检测范围试剂盒对 1 μL 所得液体进行定量。
cfDNA 工作流程利用工程化改造的 GC 平衡和高保真扩增技术。此设计可在实现高扩增产量的同时,最大程度减少 PCR 引入的错误,这些错误可能影响低频变异的检测。
其结果是能在快速(2 小时)的工作流程中获得均一、高质量的文库。基于适配体的热启动控制技术为自动化操作提供了室温稳定性,而单管 2× 混合母液简化了 WGS 和靶向富集工作流程。
Twist 文库制备试剂盒通过将关键制备步骤整合为单一高效反应,可简化用于新一代测序的高质量 DNA 文库构建流程。
Twist DNA CGP 检测组合能够全面检测 SNV、插入缺失、拷贝数变异和基因重排,实现单次检测即可覆盖广泛的突变类型。
Twist Bioscience MRD Rapid 500 检测组合是一款可扩展的靶向富集解决方案,适用于微小残留病灶检测,其检测组合涵盖 50 至 500 个探针,能够实现广泛的基因组覆盖。
