病毒爆发传播会对我们的世界产生空前的影响。The emergence of the SARS-CoV-2 pandemic and epidemics such as the Mpox outbreak highlight the need for improved tools for detecting and surveilling novel viral pathogens. In order to address these, Twist has developed the Comprehensive Viral Research Panel which covers over 3,000 species of known viruses.
该面板的设计采用了 CATCH（用于全面杂交的目标紧凑聚合）算法。有关 CATCH 的更多详细信息，请参阅 Metsky HC 和 Siddle KJ 等人的《利用全面、可扩展的探针设计捕捉元基因组中的序列多样性》。Nature Biotechnology, 37(2), 160–168 (2019). doi: 10.1038/ s41587-018-0006-x
使用 Twist 全面病毒研究组合检测新型病毒
从载体到外源因子：追踪生物制剂中的病毒
了解一家实验室如何通过使用 Twist 全面病毒研究组合来满足行业需求
我们从 RefSeq、FluDB 和 VIPR 数据库中选取了参考序列，来设计构成 Twist 全面病毒研究组合的 1,052,421 个独特探针。
该组合广泛涵盖每个病毒家族，其中至少包含一种已知会感染人类的病毒，包括腺病毒、冠状病毒、黄病毒、诺如病毒、流感病毒等。
除了针对人类传染性病毒外，该组合还涵盖动物病毒（例如蝙蝠冠状病毒）。这有助于发现新型病毒种类，无论其来源如何。
Twist 全面病毒研究组合覆盖范围广，可检测新型和进化的病毒毒株，包括 2020 年 6 月在养猪工人中暴发的 H1N1 流感的相关毒株。
动物中的冠状病毒刺突和流感血凝素 (HA) 糖蛋白的自然选择促进了 SARS-CoV-2 和 H1N1 流感从动物向人类传播。
在此，我们证明了可以通过 Twist 全面病毒研究组合成功地检测这些难以捕获的序列，包括近期发现的冠状病毒（新加坡的 RoBat-CoV GCCDC1）的刺突区域以及从 2020 年 6 月在养猪工人中暴发的 H1N1 流感中分离出的 HA 片段。
我们的组合使每个序列的覆盖度 > 99.8% ，且深度至少为 1x 。
我们通过生成一系列 HA 片段来确定 Twist 全面病毒研究组合的错配灵敏度，以包含从野生型 HA 片段的 5% 到 30% 变异范围内定义的序列变异水平。
在序列变异高达 10% 的样品中以 1x 覆盖度实现全部捕获。这些数据共同表明，Twist 全面病毒研究组合可以捕获高度进化的病毒序列。
通过 Twist 全面病毒研究组合，可以对病毒进行多重检测，从而在各种样本类型中实现宏基因组学应用。
在一项联合感染检测中，该组合成功捕获了四种不同病毒类型（星状病毒 — ssRNA、BK 病毒 — dsDNA、博卡病毒 — ssDNA 和小双节 RNA 病毒 —dsRNA），仅以 1.2 M 读长加标到人类 RNA 中。
Twist 全面病毒研究组合可访问网络分析工具 One Codex 。除了提供分析支持外，这种基于云的工具还允许用户使用可打印的报告和可发布的图表来记录其最新的病毒发现工作。
对于使用 Twist 全面病毒研究组合获得的序列数据，One Codex 简化了其分析。通过简单的拖放界面上传序列数据后，用户可以在几分钟内生成一份报告，该报告详细说明了其新型病毒发现结果。用户还可以使用自己设定的检测阈值和解析方法来自定义生物信息学工作流程。
购买 Twist 全面病毒研究组合将提供初次使用 One Codex 分析结果所需的一切，包括优惠券代码和详细说明。Learn more about this streamlined microbial analysis platform at onecodex.com
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