对急性呼吸道感染相关病毒病原体测序的认识
根据宿主环境的不同,呼吸道可能含有多种共生和病原体生物。仅检测一个物种可能无法最全面地反映样本的生物分析情况。Twist 呼吸道病毒研究组合能够对呼吸道病毒病原体进行富集和测序,使研究人员能够检测病毒种类并获得病毒基因组的序列信息。
此外,急性呼吸道感染的症状可能与其他呼吸道病毒的症状重叠。Twist 呼吸道病毒研究组合可以帮助研究人员确定感染原因并识别合并感染。
发现感染来源
根据宿主环境的不同,呼吸道可能含有多种共生和病原体生物。仅检测一个物种可能无法最全面地反映样本的生物分析情况。Twist 呼吸道病毒研究组合能够对呼吸道病毒病原体进行富集和测序,使研究人员能够检测病毒种类并获得病毒基因组的序列信息。
此外,急性呼吸道感染的症状可能与其他呼吸道病毒的症状重叠。Twist 呼吸道病毒研究组合可以帮助研究人员确定感染原因并识别合并感染。
该面板的设计采用了 CATCH(用于全面杂交的目标紧凑聚合)算法。有关 CATCH 的更多详细信息,请参阅 Metsky HC 和 Siddle KJ 等人的《利用全面、可扩展的探针设计捕捉元基因组中的序列多样性》。Nature Biotechnology, 37(2), 160–168 (2019). doi: 10.1038/ s41587-018-0006-x
病毒病原体的 NGS 靶向富集
单次检测常见的人类呼吸道病原体
该组合中的 41,047 个探针根据 GenBank 数据库汇编而成,研究人员能够通过其将 COVID-19 症状与其他呼吸道疾病(流感相关和非流感相关)的症状区分开来。Twist 呼吸道病毒研究组合能够富集这些病毒序列,以进行高分辨率 NGS。这样一来,即使对于具有挑战性的样本,也能高灵敏度地检测到至少 100 个拷贝的病毒物质,富集超过 5000x,并且富集后 1X 或更高基因组的覆盖度超过 99.9%。
检测来自不同病毒家族的病毒标准品
Each Twist Synthetic Viral Control was spiked into 50 ng of human carrier RNA at 1,000,000 copies prior to cDNA synthesis. 对于每个标准品,我们标注了中靶病毒读长的百分比、输入以上的倍数富集、整个基因组的中位覆盖度、覆盖度至少为 30x 的碱基百分比以及模板长度。病毒基因组在所有基因组片段中按模板长度(从短到长)排序。在大多数情况下,我们发现超过 70% 的读长来自这些文库中的病毒基因组,比加标内容物至少富集了 2500 倍。
通过多重分析来提高通量,降低成本
使用多重和单重杂交反应,比较使用 Twist 合成病毒质控品在不同病毒滴度下捕获的中靶病毒读长百分比。第一张图比较了每个文库 1,000,000 个拷贝的多重和单重杂交反应,第二张图比较了每个文库 100、10,000 和 1,000,000 个拷贝的多重和单重杂交反应。使用 Twist 标准靶向富集工作流程和 Twist 呼吸道病毒研究组合捕获每个病毒质控品。该数据表明,当使用 Twist 呼吸道病毒研究组合时,8 重捕获可提供与单重捕获相当的高效富集。
One Codex 分析
Twist 呼吸道病毒研究组合可访问 One Codex 云端工具。它是研究和临床应用的理想之选,因为它可用于创建可发表的视觉图像和可打印的报告,有助于实验室准备实验室开发测试。
使用 Twist 呼吸道病毒研究组合时,所有客户均可访问 One Codex 分析平台。该平台是研究和临床应用案例的理想之选,包括制作可发表的视觉图像、可共享的报告和其他分析工具。在购买该组合时,您将获得在 One Codex 平台上进行样本分析的入门指导和积分。Learn more about this microbial sample analysis solution at One Codex.
