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IVDR 解决方案
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超高通量测序的简化工作流程
Twist 的 FlexPrepTM UHT 文库制备试剂盒为群体研究、农业基因组学和其他超高通量应用提供了传统基于微阵列技术的新一代测序替代方案。通过将 Twist 的 Normalization by LigationTM (NBL) 技术与酶切片段化相结合，试剂盒可对各种 DNA 起始量进行内置的样本归一化处理，从而降低了典型样本处理步骤的成本和复杂性。早期的样本条形码可将 12 个独立样本汇集到一个反应中，从而简化工作流程，提高效率。
产品亮点
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Normalization by Ligation (NBL)
- 消除前期归一化
- 无需进行中间定量
- 使用多种起始量（30 ng 至 300 ng）处理样本批次
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尽早汇集样本可节约成本
- 连接反应后，将 96 个样本集中到 8 个试管中
- 上游反应体积微型化
- 减少下游消耗品
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专为超高容量混样建库而设计
- 利用超高通量标签功能，消除每个流动槽通道的混样建库限制
- 利用现有实验室设置将容量提高 12 倍*
- 每个靶向富集反应可支持 96 个样本
仅供研究使用。不适用于任何诊断或临床程序。
*Based on a 8 well vs 96 well workflow
常见问题解答
Normalization by LigationTM is Twist’s proprietary technology to eliminate upfront normalization and intermediate quantitation, which allows work with sample batches using a wide range of inputs (30 ng to 300 ng).
Gencove data and internal bovine ear clip data are available. At launch, we support Human and Bovine. Contact Customer Support to access this data.
The recommended input amount is 30 ng - 300 ng, which should produce ≥ 1000 ng of final library with fragment sizes between 400-450 bp. Fragmentation size is dependent upon fragmentation time. For details, please refer to the Twist FlexPrep UHT Library Prep Protocol.
The Twist FlexPrep UHT Library Preparation Kit is compatible with DNA of different quality, where the kit has been tested with FFPE of various quality and degraded DNA. Contact Customer Support if you have additional questions
可以，该试剂盒可处理 12 个样本单位，最多可处理 192 个样本。这些试剂盒每批最多可处理 192 个和 1152 个样本。如果您希望一次处理分别少于 192 个和 1152 个，我们建议用重复样本填充孔板的剩余部分，这样，测序结果的可信度更高。
综合归一化消除步骤
Twist FlexPrepTM UHT 文库制备试剂盒采用了一种新的 Normalization by LigationTM 方法，无需进行 前期和中期样本定量，简化了您的测序工作流程。
简化工作流程
在一个孔中为一个样本制备片段化和连接反应。The adapters used during ligation contain inline barcodes that allow for the pooling of all 12 wells in a row of a 96-well plate. 单个池通过 PCR 添加标签 (UDI) 制备，由此进行池级拆分。Sequencing throughput can be maximized by running up to 1,152 samples in a single sequencing run from one FlexPrep kit. This increased efficiency can translate to cost and consumables savings.
使用 FlexPrep UHT* 的标准化产量
输入不同 DNA 质量的新一代测序读数深度归一化。每个文库识别的总测序片段计数的百分比是在按双端唯一标签和嵌入条形码拆分后计算的。Average with perfect normalization is estimated at 1.04% (100/96).
目标区域的可调覆盖度*
FlexPrep UHT 生成的高复杂度文库在靶向富集后具有均一覆盖度。In combination with Twist Custom Panels, FlexPrep offers tunable coverage of SNPs, k-mers, structural variants, and other genomic areas of interest. 对富集材料进行测序后，将数据截取至平均 75x 的覆盖度。报告了 Picard 的关键靶向富集指标。
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Target Enrichment using a 96-plex 30 ng to 300 ng gDNA Mass Input into Library Preparation |
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|---|---|
| 在 75x 原始靶标覆盖度下的指标 | 平均 +/- 标准差 |
| 选定碱基 | 79.22% +/- 0.54% |
| 平均靶向覆盖度 | 32.74 +/- 4.78 |
| 嵌合体 | 1.31% +/- 0.38% |
| Fold 80 碱基罚分 | 1.416 +/- 0.044 |
| 覆盖度为 10X 的碱基 | 96.06% +/- 0.94% |
| 覆盖度为 20X 的碱基 | 85.41% +/- 6.36% |
| 覆盖度为 0X 的碱基 | 0.43% +/- 0.04% |
用于人类群体基因组学的 FlexPrep
With its ability to handle large cohorts efficiently and cost-effectively, FlexPrep is designed to meet the unique needs of genome-wide association studies (GWAS), genetic diversity research, and other high-throughput genomic projects.
尽管很多 PopGen 项目都已采用了 NGS 技术，但 FlexPrep 等新工具可以尽量提高当今测序平台的通量，降低每个数据点的成本。
新一代测序与传统变异筛选研究平台的优势对比
NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP |
标准 NGS |
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|---|---|---|
| 通量 | Up to 1,152 samples in a single sequencting rub;supports 96-plex | 利用有限的多重富集，每个孔通常可处理一个文库 |
| 工作流程复杂度 | 连接反应归一化，支持 30-300 ng 量级 DNA 输入 - 无需归一化 | 更多前期和中间步骤，包括定量、归一化 |
| 耗材使用量 | 样本混合使吸头和试剂使用量降低 12 倍 | 吸头和试剂使用量增加，造成浪费量和成本增加 |
测序
Element Biosciences-1
通过运用 Trinity Freestyle™ 杂交试剂盒，FlexPrep 最大限度地提升了 Element 测序仪的通量能力。该工作流程将 FlexPrep 简易工作流程节省的时间与测序仪上 Trinity 富集化学技术实现的免操作时间相结合。
靶向富集
Twist Genotyping Panel - Human 600k
Twist Genotyping Panel - Human 600k achieves high concordance with array data. 将所有数据（测序或阵列）插补至 Gencove 6.1 版插补参比组合后获得的全基因组非参比一致性 (NRC)。
分析
Gencove
For streamlining human population genomics studies, Twist has partnered with Gencove. 将 FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit 与 Gencove 的填补流程相结合，能够在降低测序覆盖度的情况下实现高置信度的变异检测，同时最大化效率和通量，让您能够以极高的准确性从基因分型数据中获得有价值的见解，且降低测序成本。
用于农业基因组学的 FlexPrep
与传统上用于农业基因组学研究的基因芯片相比，FlexPrep 凭借其低成本、内容灵活性和高通量能力，可通过单一平台实现基因分型、标志物发现与精细定位。When compared to standard library preparation, workflow improvements like self-normalization across sample types allows FlexPrep to tackle large agrigenomic projects like precision breeding, genomic selection, and parentage testing.
农业基因组学中 NGS 与传统平台的优势对比
NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP |
基因芯片 |
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|---|---|---|
| 数据完整性 | Comprehensive,base-pair resolution across genome or selected regions | Limited to pre selected variants;not well-suited for novel variant detection. |
| 内容定制 | Easily customizable panels with fast TAT - target any genes,regions, or species | Content is fixed or semi-custom;change require redesign and new manufacturing |
| 成本和产量 | Lower cost per sample at scale due to multiplexing (up to 1152 samle per ) | 成本在大型项目或涉及多个物种时难以有效控制 |
Twist 的农业基因组学研究工作流程
提取
Twist DNA 纯化试剂盒
Twist DNA 纯化试剂盒模块通过将具有挑战性的“污染”样本直接引入 FlexPrep 文库制备流程，简化了样本制备步骤。该试剂盒基于创新的单洗提取化学，消除了传统的结合-洗涤-洗脱循环，减少了实际操作时间、耗材用量和工作流程复杂性。
Sold as a bundled workflow with FlexPrep, the Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP Kit simplifies DNA extraction without compromising quality.
测序
Element Biosciences
By leveraging the Trinity Freestyle™ Hybridization Kit, FlexPrep maximizes the throughput capabilities of Element sequencers. 该工作流程将 FlexPrep 简易工作流程节省的时间与测序仪上 Trinity 富集化学技术实现的免操作时间相结合。
分析
Curio Genomics
Scale your agrigenomics research with FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit for low-pass sequencing and Curio Genomics for streamlined analysis. 借助 Curio Genomics 平台，Twist 灵活的文库制备无缝集成，提供高通量处理和高效填充，从而能够在大量群体中实现经济高效的基因分型。
Gencove
将 FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit 与 Gencove 的填补流程相结合，能够在降低测序覆盖度的情况下实现高置信度的变异检测，同时最大化效率和通量，让您能够以极高的准确性从基因分型数据中获得有价值的见解，且降低测序成本。
基于泛基因组的经济高效的平台，用于基因型推断、QTL 定位和育种支持
Twist FlexPrep UHT 文库制备试剂盒：样本拆分指南
Twist FlexPrep UHT 文库制备试剂盒数据表
使用 Twist 进行故障排除 - FlexPrep UHT 文库制备最佳实践
Twist Bioscience HQ
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080
