RNA-Seq 文库制备概述

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). 整个转录组文库可直接测序,进行综合分析。它们还可作为 Twist RNA 靶向富集工作流程的输入,与我们的 RNA 外显子组、RNA 融合靶向富集组合或定制设计的 RNA 富集组合一起使用,这些组合将 NGS 的覆盖范围集中在编码区,从而实现基因表达分析、融合检测以及通过单次检测鉴定编码变体(右图)。

RNA-Seq 文库制备工作流程

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. 将 RNA 分割后反转录为 cDNA,然后进行单步第二链合成和加 A-尾,从而节省时间和程序步骤。最后,通过连接 Twist 高质量 UMI 或通用接头 (UDI) 并进行扩增来构建文库。

RNA 外显子组

Twist RNA 外显子组、Twist RNA 文库制备和 Twist 靶向富集提供了可靠的工具,可利用从各种来源(包括 FFPE)中提取的 RNA 生成转录组测序数据。RNA 外显子组不仅增加了信号,而且检测相同数量的基因需要的测序读取更少。因此能够检测低表达靶标,这些靶标对于准确了解生物样本的转录状态至关重要。此外,RNA 外显子组的外显子感知设计方式具有检测亚型和连接位点的能力,而传统的设计方法可能会丢失这些功能。这种完整的测序解决方案可以产生高度复杂和均一的测序读数,用于人类转录组蛋白质编码序列的 RNA 测序分析。

专为人类转录组设计

  • 靶向 35.8 Mb 碱基、19,708 个基因和 63,215 种亚型
  • 使用来自 Gencode 和 RefSeq 的序列构建
  • 全转录组富集超过 1.8 倍

专为 RNA 构建的靶向富集

  • 外显子感知探针,针对蛋白质编码区、融合和亚型而设计
  • 每个样本的读取次数更少,能够检测更多的样本
  • 与 FFPE 和低 RNA 起始量样本兼容

更多靶标,更少读数

Twist RNA 外显子组在不同起始量的 FFPE 和通用人类参考 RNA 中以更少的读数检测更多靶标。All libraries were prepared with the Twist RNA Library Prep

RNA 融合

基因融合通常在多种癌症类型中充当致癌驱动突变。快速准确地检测这些融合可以为临床行动提供信息并推动治疗决策。Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合试剂盒是一种基于 RNA 的富集组合,与传统方法相比,它提供了优化灵敏的靶向方法来研究基因融合。

该组合包括与大约 30 种癌症类型相关的 160 个融合基因。The fusion genes were selected by CeGaT, a leading genetic diagnostic and sequencing company located in Europe. 该设计不仅用于检测已知的基因融合,还用于识别新的基因融合。

该组合通过优化和验证,可与 Twist RNA 文库制备试剂盒配合使用,以实现完整的端到端工作流程的卓越性能。基于 RNA 的富集方法具有高捕获效率,可提高检测的灵敏度。该组合非常适合用于筛选肿瘤学样本,为确定治疗方案提供信息或发现用于肿瘤分类的新型融合*。

可靠地富集 RNA 基因融合

  • 与 CeGaT 合作设计专业内容
  • 使用 Twist RNA 文库制备试剂盒优化的工作流程
  • Twist 核心富集技术大幅提高捕获效率

组合设计

  • 160 fusion associated genes with 66 genes in the breakpoint design
  • 7394 Probes
  • 涵盖多种不同的癌症类型

*注:The Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB is ISO-13485 certified.

利用 RNA 测序(融合)靶向分子嵌合体
释放 RNA-seq 的力量:利用 Twist 解决方案进行优化
RNA 测序的热门应用

用于使用 cDNA 文库富集转录本变异的 RNA 外显子组组合

Twist RNA 测序工作流程解决方案
Twist RNA 外显子组产品说明书

评估靶向 RNA 测序工作流程对 NSCLC FFPE 样本进行变异识别的效果

高效、外显子感知的RNA捕获方法,用于检测基因表达和新型融合

Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 - 基因列表
Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 - 融合靶点
Twist RNA 外显子组

Twist 纯化磁珠安全数据表
Twist RNA 外显子组安全数据表
Twist RNA 文库制备试剂盒安全数据表
Twist rRNA 和 Globin 去除试剂盒安全数据表

使用 UMI 接头系统的 Twist RNA 文库制备
使用通用接头系统的 Twist RNA 文库制备
使用 UMI 接头系统的 Twist rRNA 和 Globin 去除以及 RNA 文库制备
使用通用接头系统的 Twist rRNA 和 Globin 去除以及 RNA 文库制备
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