强化您的外显子组测序
外显子组测序是分析基因组蛋白质编码区的强大工具,覆盖人类基因组中约 1%–2% 的碱基。虽然这使得基因分析比全基因组测序更有效,但却遗漏了大的基因间区域--这可能会给检测拷贝数变异 (CNV) 带来挑战。
CNV 在许多遗传疾病中起着至关重要的作用,但标准外显子组测序缺乏均匀分布的探针来可靠地对其进行识别。
Twist CNV 骨架加标组合旨在通过向基因组中添加间隔规则的探针来改进 CNV 检测能力。提供三种分辨率级别 ——100 kb、50 kb 和 25 kb,这些检测组合可让研究人员根据自身具体需求精细调整CNV分析。
将 CNV 骨架加标组合整合到您的外显子组工作流程中非常简单,只需将其与您的外显子组组合混合,并遵循 Twist 的标准靶向富集方案即可。
| CNV 骨架加标组合: | 25 kb | 50 kb | 100 kb |
|---|---|---|---|
| 组合设计大小 (Mb) | 8.32 | 3.33 | 1.39 |
| SNV 和 INDEL 已检出 | 265138 | 207765 | 181956 |
| 所有 CNV 均已检出 | 472 | 446 | 411 |
| 小于 50 kb 的 CNV 被称为 | 417 | 385 | 361 |
| 平均靶向覆盖度 | 150 | 171 | 161 |
表 1. Twist CNV 骨架内标检测组合示例数据。采用已知含有拷贝数变异(CNV)的高度特征化样本集(1)和由 12 名健康个体组成的基线样本集,在 Illumina NovaSeq 6000 平台上以 2×150 bp 读长进行测序。测定了每个组合添加到 Twist 外显子组 2.0 plus 全面加标中后,在每个探针密度下被检出的 SNV、INDEL 和 CNV 的平均数量和测序深度。CNV 检出是通过市售软件解决方案进行的 (2)
(1)Coriell Institute 的 CNVPANEL01 - 人类 CNV 参考组合。
(2)eVai 平台(辅助工作流程),enGenome 软件。
