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Twist Bioscience HQ
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South San Francisco, CA 94080
用于微小残留病监测的超低频体细胞突变高灵敏度检测
微小/分子残留病（MRD）是指治疗干预后患者体内可能残留少量肿瘤细胞。检测这些残留物并监测其丰度是一种有前景的预后标志物检测，可识别有复发风险或需要辅助治疗的个人。由于缓解期间获得的样本中 ctDNA 丰度较低，因此 MRD 检测需要高度灵敏。此外，每个人都会有一组不同的体细胞变异，需要个性化的检测解决方案。因此，MRD 诊断需要具有高灵敏度和特异性的个性化 NGS 检测。
Twist Bioscience 为了满足这一需求并能够准确评估 MRD，而开发了 MRD Rapid 500 组合。本产品可帮助客户在短短六天内设计、制造并交付完全个性化的 MRD 组合（多达 500 个靶标）。
为了证明 Twist Rapid 500 MRD 组合的检测灵敏度，我们设计了五种定制 MRD 组合，专门靶向乳腺癌、肺癌、CRC、黑色素瘤和肾细胞癌中发现的体细胞变异。这些 MRD 组合的设计都包含 197 个靶标，每个组织来源有 3-5 个变异以及一系列携带突变。每个组合的探针序列旨在将变异等位基因纳入测试样本集中。为了创建样本集，我们将合成变异序列与片段化细胞系 gDNA（NA12878）混合，形成一个近似无细胞和循环肿瘤 DNA 图谱的人工样本。我们创建了五个频率水平，平均变异等位基因频率（VAF）为 0%（WT）、0.01%、0.05%、0.1% 和 2%。使用 UMI 接头制备文库，并使用 MRD 组合进行靶向富集。
在测序深度为 80,000 倍的前提下，变异检出结果显示，每个 MRD 组合的 0.01% VAF 样本中平均可以检测到 20 个 SNV 靶标，与 WT 质控样本明显不同。除了通过靶向替代等位基因来证明变异检出的准确性之外，我们也展示了通过靶向大量变异来检测极低水平（例如 0.01% VAF）的 MRD 特征的实用性。
总之，Twist MRD Rapid 500 组合的性能能够高度灵敏地检测超低频体细胞突变。
