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下一代测序技术 (NGS) 的进步通过增加每次运行产生的数据,不断降低测序成本。测序成本的降低使群体水平基因组实验成为可能,有助于研究和诊断遗传疾病。尽管测序仪不断进步,但高效的 NGS 文库制备仍受到处理单个样本所需的成本和工作量的阻碍。为了公平地分配测序读数,需要对文库进行量化和汇集,而随着样本数量的增加,这将变得非常繁琐、昂贵和耗时。我们提出了一种简化的 NGS 文库制备技术,该技术无需逐个样本进行处理标准化,并能在流程早期汇集样本,从而大大简化了工作流程,并在不影响数据质量的情况下,将连接后样本处理吞吐量提高了 48 倍。
这种高通量工作流程建立在对样本进行酶切片段化的基础上,然后利用带有内嵌条形码的新型标准化接头将样本转化为可测序文库。文库标准化是在连接步骤中通过接头实现的,文库转换不受 DNA 输入质量的影响 (20-200 ng, CV < 20%),与基于 qPCR 的汇集方法相当。接头上包含最多 48 个内联条形码,可统一连接到样本以进行简单的解复用。内联条形码的设计允许灵活地汇集样本,最多可将 48 个样本以模块化方式汇集在一起。使用标准化接头和内联条形码,可在接头连接后立即进行汇集,大大减少了清理和 PCR 反应的次数。这种格式还可在单次测序运行中使用双端唯一标签测序引物连接后支持多达数万个文库。Finally, multiplexed PCR amplification artifacts can be reduced using this workflow. 文库转换具有一致性,非常适合低通滤波器全基因组测序 (WGS) 和用于变异调用的靶向测序(> 20 倍覆盖率)。
这种新的文库制备工艺采用了一种新技术,可减少动手时间并提高效率。曾经对每个样本进行单独处理的流程,现在可以汇集在一起,同时确保平等转换,而不受 DNA 质量输入的影响。此工作流程大大推进了文库制备的实验过程,与测序仪器的通量进步相得益彰。
