全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 和微阵列芯片研究发现异常甲基化模式与多种癌症相关。但 WGBS 成本高昂，涵盖了无信息区域，并且微阵列只检测所有 CpG 位点的一小部分。为了最大限度地降低成本，并实现大规模的甲基化组水平测定，Twist 设计了一种解决方案，可富集人类基因组内最新、注释的相关 CpG 位点。

Twist 人类甲基化组合与 Twist 新一代测序 (NGS) 甲基化检测系统相结合，是一个经过优化的端到端工作流程，旨在靶向超过 398 万个生物相关的 CpG 位点，在包括阴影覆盖度时，还可靶向额外的 261 万个生物相关的 CpG 位点。本文我们将介绍端到端解决方案的相关产品。Twist 人类甲基化组覆盖了 123 Mb 的人类增强子、启动子、转录因子结合位点和 CpG 岛的总探针空间（来自最新发布的数据库）。Twist 的组合设计方法采用预测建模，以减少甲基化测序应用中因缺乏与转换过程相关的序列复杂性而出现的问题。利用 Twist 系统演示的预捕获酶转化技术，可尽量减少 DNA 损伤，并提高文库质量。此外，Twist 新一代测序 (NGS) 甲基化检测系统还可对方案条件进行调整，确保不同条件下的灵活性。

在 150x 的原始覆盖度下，Twist 端到端解决方案的 Fold-80 碱基罚分为 1.54；30X 靶向碱基百分比为 90%；脱靶百分比为 5%。在 10X 的最小深度下，检测到 659 万个 CpG 位点，占人类基因组中发现的可用 CpG 位点的 23%。与先进的甲基化微阵列芯片方法相比，这一方法更优，后者只检测约 85 万个 CpG 位点。最后，研究发现 BWA-meth/MethylDackel 工作流程是比对测序片段、处理 SNP 和实现高质量 CpG 检出最稳健的方法。

本研究展示了一种高效的端到端方法，可检测各种应用中的全基因组甲基化模式。与 WGBS 相比，使用这种靶向富集系统降低了甲基化检测的成本，而且与微阵列芯片技术相比，还提高了差异甲基化检测的灵敏度。