液体活检利用血液中的游离 DNA (cfDNA)，可以在早期阶段检测出癌症。然而，由于需要精确地辨别恶性和良性遗传标记以及疾病监测所需的灵敏度，这些标记的开发具有挑战性。特定参考材料的配制和利用对于这些检测方法的成功开发至关重要。

Twist Bioscience 最初推出的 Twist 泛癌 cfDNA 标准物质是一种 cfDNA 模拟参考材料。这种材料具有广泛的 ctDNA 变异株，与 cfDNA 片段的大小和分布非常相似。它包括合成打印的变异体，如单核苷酸变异 (SNV)、插入缺失 (INDEL) 和结构变异 (SV)。参照标准品包括 84 个基因，涵盖其中超过 400 个变异位点（包括按文献整理的临床相关变异位点）。尽管功能全面，但第一个版本也有缺点。从供体来源的 cfDNA 中提取野生型 (WT) 背景的方法会产生伪影，从而限制了对某些位点的低 VAF (<0.1%) 进行检测的能力。

我们开发了 Twist 泛癌参考标准的增强版，它提供了稳定的背景基因型，并降低了背景误差率。通过使用 Twist 标准 V2 靶向富集系统和针对临床相关变异的定制捕获组合来评估这种新的参考标准，最低变异阳性标准的测量 VAF 与 WT 背景之间存在明显的差异。此外，并列分析表明，此标准 (V2) 的误差率明显低于其前身 (V1) 和其他市场竞争者。重要的是，它的准确性与原生 cfDNA 非常接近，我们证明它是对特定变异检测方法进行“空白极限”(LoB) 研究的合适底物。更新后的参考材料采用多种变异等位基因频率 (VAF) 稀释，并使用液滴数字 PCR (ddPCR) 和下一代测序 (NGS) 进行表征。

总之，Twist 泛癌 cfDNA 参考标准 V2 对于使用高度多路复用的基于 NGS 的检测和 qPCR/dPCR 方法的检测开发人员和临床实验室来说是一项宝贵的资产。这种参考标准为临床研究中更有效的液体活检铺平了道路。