本文档用于指导如何使用 Twist 人甲基化组检测组合处理 Twist NGS 甲基化检测工作流程所生成的新一代测序 (NGS) 数据。

液体活检可减轻癌症患者的疾病负担，前景广阔。通过游离 DNA 的癌症早期检测，视野最为广阔，需要高度特异性。液体活检的另一个重要应用是持续疾病监测，需要高灵敏度。检测开发需要分析验证，必须监测检测的持续性能。上述检测需要参照标准品为特定突变等位基因频率，用于评估特异性和灵敏度。在过去，获得参照标准品是寻找或改造突变细胞系的过程，需要耗费很大功夫。在此，对合成参照标准品的设计、生产和质量控制进行描述：Twist 泛癌症参照标准品，利用 Twist 专有的 DNA 印迹平台开发，可选择常见和罕见癌症靶标，进行分析验证，选择范围广泛。参照标准品精确模拟游离 DNA 的大小分布和含量，主峰为 167 bp，次峰为 334 bp。背景 cfDNA 来源于单个供体，通过 NGS 进行高度表征。参照标准品包括 84 个基因，包含其中超过 400 个变异位点（包括按文献整理的临床相关变异位点）。包含其他组合范围突变，有助于对捕获组合进行故障排除。突变 DNA 在 167 bp ± 5 bp 处合成扩增，并在位点上具有广泛的重叠，如此可产生相对于突变位点位置的 DNA 末端多样性。单独合成并定量突变位点，并使之均匀合并。NGS 质量控制分多个步骤实施，确保质量。最终产品可提供突变等位基因频率 (VAF) 梯度稀释。使用液滴数字 PCR (ddPCR) 对梯度稀释进行质量控制，确保突变等位基因频率的精密度。Twist 泛癌种参照标准品为基于 NGS 的检测开发人员提供了一个有价值的解决方案，以便为各种癌症突变寻求参照标准品，并将液体活检试验的应用推向常规临床实践。