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异源双链体影响文库大小的测定,但不影响靶向测序性能
PCR 扩增产生的伪影会导致 gDNA 文库质量明显下降。我们证明这些不会影响实验质量。
通过将 gDNA 片段化并将接头双链体连接到片段末端,为新一代测序 (NGS) 制备基因组 DNA (gDNA) 文库。文库中 gDNA 片段间的相互作用可能导致测定片段大小时发生错误。例如,如果在文库中执行了过多次的 PCR 循环,由部分同源分子间杂交导致的异源双链体就会形成。我们在此证明,异源双链体的存在能够以一种特定的检测方式改变 gDNA 文库的表观大小分布。我们还证明,尽管异源双链体对电泳图有影响,但它并不会实际改变测序插入的大小或其他 NGS 质量指标。
本白皮书中包括以下内容
异源双链 gDNA 文库的生成与分析
在传统的靶向富集实验中测定此类文库的效率
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