Kann ich nach der Ligation den empfohlenen SPRI-Faktor von 0,9× anpassen?
Ja, die modifizierte Ligase benötigt keine Crowding-Mittel, wie z. B. PEG, um eine maximale Ligation zu erreichen. PEG eignet sich nicht für die Automatisierung, erhöht die Variabilität/Viskosität und beeinflusst die nachgelagerte Bead-basierte Aufreinigung (SPRI). Für die cfDNA-Wiederherstellung ist ein cfDNA-Faktor von 0,9× ideal (~150–167 bp). Bei kürzeren cfDNA-Fragmenten empfiehlt sich ein höherer SPRI-Faktor von 1,0× oder 1,1× (Abbildung 2).
Abbildung 2. Visualisierung von Library-Fragmentgrößen mechanisch gescherter gDNA NA12878 (Coriell), die den Workflow des cfDNA-Libraryvorbereitungs-Kits unter Verwendung verschiedener SPRI-Faktoren (0,8–1,1×) durchlaufen haben, im Vergleich zu einem Benchmark-Kit.
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