Empfiehlt sich für die Input-cDNA vor der Libraryvorbereitung eine Qualitätsprüfung?
Es empfiehlt sich eine Analyse der Größenverteilung der Input-cfDNA mittels eines Gelelektrophorese-Assays, wie z. B. des Bioanalyzer High Sensitivity DNA Kit (Agilent). Dadurch lässt sich sicherstellen, dass die cfDNA frei ist von hochmolekularer (HMW) DNA, die als Carry-over-Kontamination aus der cfDNA-Extraktion vorliegen kann. HMW-DNA wirkt sich negativ auf die Quantifizierungsgenauigkeit der cfDNA-Input-Mengen aus (Abbildung 1). Darüber empfiehlt sich für eine genaue DNA-Quantifizierung eine Quantifizierung der Input-cfDNA mittels eines hochsensitiven dsDNA-Assays von Qubit (Thermo Fisher Scientific).
| cfDNA mit Carry-over-HMW-DNA | cfDNA nach Elektrophorese |
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Abbildung 1. Kapillarelektropherogramm gemäß Bioanalyzer High Sensitivity Assay (Agilent) zum Vergleich von cfDNA inklusive Carry-over-HMW-DNA mit aufgereinigter cfDNA.
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