Methylierung

Folgendes kann modifiziert werden, um das Hybrid Capture zu optimieren:

• Hybridisierungszeit – Beginnen Sie mit 2 Stunden, wie empfohlen, und ändern Sie die Dauer dann auf zwischen 30 Minuten und 4 Stunden.
• Fast Wash Buffer 1 Temperatur – Beginnen Sie mit 65 °C, zwischen 63–66 °C anpassen:

Die erwartete endgültige Ausbeute der Library liegt zwischen 50–75 ng/ul. Die Ausbeute hängt von der Qualität des Ausgangsinputs ab.

In diesem Kit sind CpG Methylated pUC19 DNA und Unmethylated Lambda DNA enthalten. Diese Kontrollen können verwendet werden, um die Effizienz der enzymatischen Umwandlung während der Libraryvorbereitung zu bestimmen.

HINWEIS: Interne Kontrollen sollten nicht ein Bestandteil des Capture-Workflows sein, außer wenn kontrollspezifische Sonden dem Anreicherungspanel hinzugefügt werden.

Siehe Tabelle: 

Wir empfehlen mindestens 10 bis 20 ng qualitativ hochwertige DNA und maximal 200 ng.

Ja. Multiplexing bis zu 8-Plex ist unterstützt. Wir empfehlen die Verwendung von 200 ng der Library bei Single-Plex und 1500 ng (oder jeweils 187,5 ng) für ein 8-Plex-Capture.

Wenn diese Reagenzien verwendet werden, hat dies auf die Hybridselektionsmetriken keinen Einfluss. Sie reduzieren Off-Target auf unterschiedliche Weise, je nach den benutzerdefinierten Zielregionen des Methylierungs-Panels und den Methylierungszuständen der hinzugefügten genomischen DNA. Bei einigen benutzerdefinierten Panels kann die Off-Target-Reduktion bis zu 50 % betragen.

Twist unterstützt die mechanische Fragmentierung für diese Anwendung nur beim Aufbau von Libraries, die einer Methylierungskonversion unterzogen werden sollen.

200 bis 300 bp

Nein. Hybrid Capture muss mit dem Twist Fast Hybridization System durchgeführt werden.

350 bis 450 bp

Folgendes kann modifiziert werden, um das Hybrid Capture zu optimieren:

• Hybridisierungszeit – Beginnen Sie mit 2 Stunden, wie empfohlen, und ändern Sie die Dauer dann auf zwischen 30 Minuten und 4 Stunden.
• Fast Wash Buffer 1 Temperatur – Beginnen Sie mit 65 °C, zwischen 63–66 °C anpassen:

Die erwartete endgültige Ausbeute der Library liegt zwischen 50–75 ng/ul. Die Ausbeute hängt von der Qualität des Ausgangsinputs ab.

In diesem Kit sind CpG Methylated pUC19 DNA und Unmethylated Lambda DNA enthalten. Diese Kontrollen können verwendet werden, um die Effizienz der enzymatischen Umwandlung während der Libraryvorbereitung zu bestimmen.

HINWEIS: Interne Kontrollen sollten nicht ein Bestandteil des Capture-Workflows sein, außer wenn kontrollspezifische Sonden dem Anreicherungspanel hinzugefügt werden.

Siehe Tabelle: 

Wir empfehlen mindestens 10 bis 20 ng qualitativ hochwertige DNA und maximal 200 ng.

Ja. Multiplexing bis zu 8-Plex ist unterstützt. Wir empfehlen die Verwendung von 200 ng der Library bei Single-Plex und 1500 ng (oder jeweils 187,5 ng) für ein 8-Plex-Capture.

Wenn diese Reagenzien verwendet werden, hat dies auf die Hybridselektionsmetriken keinen Einfluss. Sie reduzieren Off-Target auf unterschiedliche Weise, je nach den benutzerdefinierten Zielregionen des Methylierungs-Panels und den Methylierungszuständen der hinzugefügten genomischen DNA. Bei einigen benutzerdefinierten Panels kann die Off-Target-Reduktion bis zu 50 % betragen.

Twist unterstützt die mechanische Fragmentierung für diese Anwendung nur beim Aufbau von Libraries, die einer Methylierungskonversion unterzogen werden sollen.

200 bis 300 bp

Nein. Hybrid Capture muss mit dem Twist Fast Hybridization System durchgeführt werden.

350 bis 450 bp