Was ist, wenn ich die UMIs für das cfDNA Library Preparation Kit nicht benötige? Kann ich UDI-Adapter verwenden?
Mit dem Kit lassen sich cfDNA-Librarys sowohl mit universellen Adaptern für PCR mit UDI-Primern als auch mit UDI-Adaptern voller Länge für PCR-freie Anwendungen und WGS-Anwendungen vorbereiten (siehe UDI-Protokoll für cfDNA voller Länge:
| Produkt | Twist UDI Primer – TruSeq-kompatibel | Twist HT Universal Adapter System | Twist UDI-Adapter in voller Länge |
|---|---|---|---|
| Einzigartige Indizes | 16 oder 384 eindeutige Indizes | 3.072 eindeutige Indizes | 1.536 UDI-Adapter voller Länge |
| Index-Länge | 10 bp | 12 bp | 10 bp |
| Konzentration | 10 µM | 10 µM | 10 uM |
| Verfügbare(s) Format(e) | Röhrchen oder 96-Well-Platten | 96- oder 384-Well-Platten | 96-Well-Platten |
| Bevorzugte Verwendung | Die meisten Anwendungen | Anwendungen mit hohem Durchsatz | PCR-freie WGS |
Siehe https://www.twistbioscience.com/products/ngs/library-preparation/universal-adapter-system für weitere Informationen.
Darüber hinaus sollte die Molekularbiologie des Kits mit Adaptern und Primern anderer Anbieter funktionieren. Der Adapter muss jedoch einen 3’-T-Überhang enthalten, um die A/T-Ligation mit dem 3’-A-Überhang in den Library-Molekülen zu ermöglichen.
Der abschließende Library-Ertrag kann etwas geringer ausfallen, falls nicht die optimierte Lösung von Twist verwendet wird.
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