Warum treten in meiner cfDNA-Library-Amplifikation größere Spitzen auf?
Zu viele PCR-Zyklen können zu einer Überamplifikation führen. Sobald die PCR-Primer erschöpft sind, können die Library-Fragmente einzelsträngig sein oder Heteroduplexe bilden, die auf Kapillarelektrophorese-Geräten als hochmolekulare Fragmente erscheinen (Abbildung 3). Diese Spitzen unterscheiden sich von den dinukleosomalen Spitzen, die bei cfDNA zu erwarten sind und in frühen PCR-Zyklen auftreten. Wir empfehlen, mit der im Protokoll empfohlenen Anzahl an PCR-Zyklen zu beginnen (https://www.twistbioscience.com/products/ngs/library-preparation/universal-adapter-system) und die Anzahl der PCR-Zyklen zu reduzieren, wenn eine Überamplifikation beobachtet wird.
| 6 Zyklen | 7 Zyklen |
|---|---|
|
|
| 8 Zyklen | 9 Zyklen |
|---|---|
|
|
Abbildung 3. Kapillarelektropherogramm des Bioanalyzer High Sensitivity Assays (Agilent) zum Vergleich von Librarys amplifizierter cfDNA mit zunehmender Anzahl an PCR-Zyklen. Die Zyklen 8 und 9 weisen Phänotypen einer Überamplifikation auf.
War dieser Artikel hilfreich?
Ja
Nein
Sie haben noch Fragen? Kontakt
