Benutzerdefinierte Panels

Mit dem Custom Panel Submission Tool können Sie benutzerdefinierte Panels für die hybridisierungsbasierte Target Enrichment erstellen. Es unterstützt Designs, die auf Gensymbole, genomische Koordinaten, SNPs und Sondensequenzen abzielen.

Wählen Sie „Neues Panel“ und geben Sie Ihrem Panel einen eindeutigen Namen.

Geben Sie Sondensequenzen direkt im FASTA-Format ein und stellen Sie sicher, dass alle Sonden zwischen 80 und 120 BP lang und gleich lang sind.

Geben Sie genomische Koordinaten im BED-Format (chr, start, stop) ein. SNPs können als RSIDs oder Koordinaten im BED-Format eingegeben werden. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Geben Sie das Chromosom sowie die Start- und Stopppositionen ein und geben Sie optional rsIDs an. Geben Sie nach Bedarf Kachelebenen an. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Ja, Twist kann ein kundenspezifisches Panel für das Targeted Methylation Sequencing entwerfen. Hier finden Sie einen Anwendungshinweis.

Die TE-Nummer ist im Panelnamen jedes zuvor entworfenen Panels enthalten (z. B. TE-91234567). Die Online-Einreichungs-ID finden Sie in der Bestätigungs-E-Mail, die Sie nach der Übermittlung erhalten haben (z. B. TE-91234567).

Die Standard-Sondenlänge für ein benutzerdefiniertes Panel beträgt 120 bp. Wir bieten jedoch kundenspezifische Sondenlängen an (z. B. 80 bp, 100 bp, 120 bp). Alle Sonden in einem Panel müssen gleich lang sein.

Sie können Gensymbole, Genomkoordinaten, SNPs oder Sondensequenzen einschließen.

Geben Sie für jede Sonde und die Sondensequenz eine eindeutige Kennung an, indem Sie nur die Basen A, T, C und G verwenden.

Derzeit unterstützt das Tool DNA-Designs. Verwenden Sie für RNA- oder Methylierungsdesigns bitte unser White Glove Submission Sheet/die Offline-Einreichung. Laden Sie zunächst eines unserer Einreichungsformulare herunter, füllen Sie Ihre Targets aus und übermitteln Sie dann Ihre Angaben zusammen mit dem ausgefüllten Formular. Ein Mitglied des Twist Teams wird sich dann mit Ihnen in Verbindung setzen, um Ihre Anfrage zu bearbeiten.

Wenn Sie weitere Hilfe benötigen, wenden Sie sich über den im Tool bereitgestellten Link an unser Supportteam. Sie haben außerdem Zugriff auf Videoanleitungen und einen Tourguide, der Sie durch den Einreichungsprozess führt.

Wenn Ihr gewünschtes Referenzgenom nicht verfügbar ist, können Sie ein benutzerdefiniertes Referenzgenom eingeben und dem Designteam einen Link für den Zugriff bereitstellen. Bitte stellen Sie sicher, dass auf das Referenzgenom zugegriffen werden kann.

Sie können die Transkriptdatenbank (RefSeq, Gencode, CCDS) auswählen, zusätzliche Basen in Introns angeben und Regionen auswählen, die innerhalb jedes Gens abgedeckt werden sollen.

Wählen Sie „Manuelle Eingabe“ und geben Sie Ihre Anforderungen direkt in die dafür vorgesehene Tabelle ein. Sie können Daten aus externen Quellen kopieren und einfügen.

Geben Sie Ihre Kontaktdaten an, damit unser Team Sie bei Fragen zu Ihrem Design kontaktieren kann. Klicken Sie nach Abschluss auf „Senden“, um Ihre Designanfrage an unser Team zu senden.

Derzeit unterstützt das Tool DNA-Designs. Verwenden Sie für RNA- oder Methylierungsdesigns bitte unser White Glove Submission Sheet.

Wenn Ihr gewünschtes Referenzgenom nicht verfügbar ist, können Sie ein benutzerdefiniertes Referenzgenom eingeben und dem Designteam einen Link für den Zugriff bereitstellen. Bitte stellen Sie sicher, dass auf das Referenzgenom zugegriffen werden kann.

Durch Kacheln wird die Überlappung zwischen den Sonden festgelegt. Die Standardeinstellung ist 1X-Kachelung (keine Überlappung), Sie können die Kachelung jedoch für schwer anzureichernde Bereiche erhöhen.

Tragen Sie die Chromosomen-, Start- und Stopppositionen in die bereitgestellte Tabelle ein. Sie können auch optionale Anmerkungen hinzufügen und Kachelebenen angeben. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Laden Sie die Vorlagendatei herunter, füllen Sie sie mit Ihren Zieldetails aus und laden Sie die ausgefüllte Datei über die Schnittstelle hoch.

Stellen Sie sicher, dass alle übermittelten Ziele korrekt und endgültig sind. Nehmen Sie alle erforderlichen Änderungen vor, bevor Sie mit der Übermittlung fortfahren.

Wählen Sie „Manuelle Eingabe“ und geben Sie Ihre Anforderungen direkt in die dafür vorgesehene Tabelle ein. Sie können Daten aus externen Quellen kopieren und einfügen.

At Twist, we have developed a filter to remove probes which have significant overlap with repetitive genomic elements (eg. SINE/LINE). Das Entfernen dieser Sonden ist notwendig, da sie durch die Erfassung unerwünschter Bereiche außerhalb des Ziels die Leistung des Panels negativ beeinflussen können. Die Stringenz der Wiederholungsfilterung bestimmt die Stringenz des Filters zum Entfernen von Sonden, die sich mit stark repetitiven genomischen Elementen überschneiden. Zu den Optionen gehören „Hoch“, „Mittel“ (Standard) und „Niedrig“. Wir empfehlen Benutzern, bei unserer Standardempfehlung „Mittel“ zu bleiben.

In 0-basierten Koordinatensystemen wird die erste Position in einer Sequenz als 0 gezählt und nicht als 1. Beispielsweise befindet sich in einem 0-basierten System das erste Nukleotid eines Chromosoms an der Position 0, das zweite an der Position 1 und so weiter. Dies unterscheidet sich von 1-basierten Koordinatensystemen, bei denen sich das erste Nukleotid an der Position 1 befindet. Viele Bioinformatik-Tools, einschließlich des UCSC Genome Browsers, verwenden 0-basierte Koordinaten zur Angabe genomischer Standorte.

Zu den erweiterten Funktionen gehören Optionen wie Wiederholungsfilterung, die erfahrenen Benutzern empfohlen werden, da sie die Leistung des Panels beeinträchtigen können.

Geben Sie genomische Koordinaten im BED-Format (chr, start, stop) ein. SNPs können als RSIDs oder Koordinaten im BED-Format eingegeben werden. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Ja, Twist kann nicht nur Panels für Fusionen und SNPs entwerfen, sondern auch Panels für Viren, MSIs (Mikrosatelliteninstabilitäten), Strukturvarianten, Kopienzahlvarianten (CNVs) und Insertionen/Deletionen.

Zu den Optionen gehören codierende Exons (Standard), alle Exons (Codierung + UTRs), das ganze Gen (Exons + Introns) oder benutzerdefinierte Regionen.

Die TE-Nummer ist im Panelnamen jedes zuvor entworfenen Panels enthalten (z. B. TE-91234567). Die Online-Übermittlungs-ID finden Sie in der Bestätigungs-E-Mail, die Sie nach der Übermittlung erhalten haben (z. B. OTE-91234567).

Mit dem Custom Panel Submission Tool können Sie benutzerdefinierte Panels für die hybridisierungsbasierte Target Enrichment erstellen. Es unterstützt Designs, die auf Gensymbole, genomische Koordinaten, SNPs und Sondensequenzen abzielen.

Wählen Sie „Neues Panel“ und geben Sie Ihrem Panel einen eindeutigen Namen.

Geben Sie Sondensequenzen direkt im FASTA-Format ein und stellen Sie sicher, dass alle Sonden zwischen 80 und 120 BP lang und gleich lang sind.

Geben Sie genomische Koordinaten im BED-Format (chr, start, stop) ein. SNPs können als RSIDs oder Koordinaten im BED-Format eingegeben werden. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Geben Sie das Chromosom sowie die Start- und Stopppositionen ein und geben Sie optional rsIDs an. Geben Sie nach Bedarf Kachelebenen an. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Ja, Twist kann ein kundenspezifisches Panel für das Targeted Methylation Sequencing entwerfen. Hier finden Sie einen Anwendungshinweis.

Die TE-Nummer ist im Panelnamen jedes zuvor entworfenen Panels enthalten (z. B. TE-91234567). Die Online-Einreichungs-ID finden Sie in der Bestätigungs-E-Mail, die Sie nach der Übermittlung erhalten haben (z. B. TE-91234567).

Die Standard-Sondenlänge für ein benutzerdefiniertes Panel beträgt 120 bp. Wir bieten jedoch kundenspezifische Sondenlängen an (z. B. 80 bp, 100 bp, 120 bp). Alle Sonden in einem Panel müssen gleich lang sein.

Sie können Gensymbole, Genomkoordinaten, SNPs oder Sondensequenzen einschließen.

Geben Sie für jede Sonde und die Sondensequenz eine eindeutige Kennung an, indem Sie nur die Basen A, T, C und G verwenden.

Derzeit unterstützt das Tool DNA-Designs. Verwenden Sie für RNA- oder Methylierungsdesigns bitte unser White Glove Submission Sheet/die Offline-Einreichung. Laden Sie zunächst eines unserer Einreichungsformulare herunter, füllen Sie Ihre Targets aus und übermitteln Sie dann Ihre Angaben zusammen mit dem ausgefüllten Formular. Ein Mitglied des Twist Teams wird sich dann mit Ihnen in Verbindung setzen, um Ihre Anfrage zu bearbeiten.

Wenn Sie weitere Hilfe benötigen, wenden Sie sich über den im Tool bereitgestellten Link an unser Supportteam. Sie haben außerdem Zugriff auf Videoanleitungen und einen Tourguide, der Sie durch den Einreichungsprozess führt.

Wenn Ihr gewünschtes Referenzgenom nicht verfügbar ist, können Sie ein benutzerdefiniertes Referenzgenom eingeben und dem Designteam einen Link für den Zugriff bereitstellen. Bitte stellen Sie sicher, dass auf das Referenzgenom zugegriffen werden kann.

Sie können die Transkriptdatenbank (RefSeq, Gencode, CCDS) auswählen, zusätzliche Basen in Introns angeben und Regionen auswählen, die innerhalb jedes Gens abgedeckt werden sollen.

Wählen Sie „Manuelle Eingabe“ und geben Sie Ihre Anforderungen direkt in die dafür vorgesehene Tabelle ein. Sie können Daten aus externen Quellen kopieren und einfügen.

Geben Sie Ihre Kontaktdaten an, damit unser Team Sie bei Fragen zu Ihrem Design kontaktieren kann. Klicken Sie nach Abschluss auf „Senden“, um Ihre Designanfrage an unser Team zu senden.

Derzeit unterstützt das Tool DNA-Designs. Verwenden Sie für RNA- oder Methylierungsdesigns bitte unser White Glove Submission Sheet.

Wenn Ihr gewünschtes Referenzgenom nicht verfügbar ist, können Sie ein benutzerdefiniertes Referenzgenom eingeben und dem Designteam einen Link für den Zugriff bereitstellen. Bitte stellen Sie sicher, dass auf das Referenzgenom zugegriffen werden kann.

Durch Kacheln wird die Überlappung zwischen den Sonden festgelegt. Die Standardeinstellung ist 1X-Kachelung (keine Überlappung), Sie können die Kachelung jedoch für schwer anzureichernde Bereiche erhöhen.

Tragen Sie die Chromosomen-, Start- und Stopppositionen in die bereitgestellte Tabelle ein. Sie können auch optionale Anmerkungen hinzufügen und Kachelebenen angeben. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Laden Sie die Vorlagendatei herunter, füllen Sie sie mit Ihren Zieldetails aus und laden Sie die ausgefüllte Datei über die Schnittstelle hoch.

Stellen Sie sicher, dass alle übermittelten Ziele korrekt und endgültig sind. Nehmen Sie alle erforderlichen Änderungen vor, bevor Sie mit der Übermittlung fortfahren.

Wählen Sie „Manuelle Eingabe“ und geben Sie Ihre Anforderungen direkt in die dafür vorgesehene Tabelle ein. Sie können Daten aus externen Quellen kopieren und einfügen.

At Twist, we have developed a filter to remove probes which have significant overlap with repetitive genomic elements (eg. SINE/LINE). Das Entfernen dieser Sonden ist notwendig, da sie durch die Erfassung unerwünschter Bereiche außerhalb des Ziels die Leistung des Panels negativ beeinflussen können. Die Stringenz der Wiederholungsfilterung bestimmt die Stringenz des Filters zum Entfernen von Sonden, die sich mit stark repetitiven genomischen Elementen überschneiden. Zu den Optionen gehören „Hoch“, „Mittel“ (Standard) und „Niedrig“. Wir empfehlen Benutzern, bei unserer Standardempfehlung „Mittel“ zu bleiben.

In 0-basierten Koordinatensystemen wird die erste Position in einer Sequenz als 0 gezählt und nicht als 1. Beispielsweise befindet sich in einem 0-basierten System das erste Nukleotid eines Chromosoms an der Position 0, das zweite an der Position 1 und so weiter. Dies unterscheidet sich von 1-basierten Koordinatensystemen, bei denen sich das erste Nukleotid an der Position 1 befindet. Viele Bioinformatik-Tools, einschließlich des UCSC Genome Browsers, verwenden 0-basierte Koordinaten zur Angabe genomischer Standorte.

Zu den erweiterten Funktionen gehören Optionen wie Wiederholungsfilterung, die erfahrenen Benutzern empfohlen werden, da sie die Leistung des Panels beeinträchtigen können.

Geben Sie genomische Koordinaten im BED-Format (chr, start, stop) ein. SNPs können als RSIDs oder Koordinaten im BED-Format eingegeben werden. Bitte stellen Sie sicher, dass die Koordinaten 0-basiert sind.

Ja, Twist kann nicht nur Panels für Fusionen und SNPs entwerfen, sondern auch Panels für Viren, MSIs (Mikrosatelliteninstabilitäten), Strukturvarianten, Kopienzahlvarianten (CNVs) und Insertionen/Deletionen.

Zu den Optionen gehören codierende Exons (Standard), alle Exons (Codierung + UTRs), das ganze Gen (Exons + Introns) oder benutzerdefinierte Regionen.

Die TE-Nummer ist im Panelnamen jedes zuvor entworfenen Panels enthalten (z. B. TE-91234567). Die Online-Übermittlungs-ID finden Sie in der Bestätigungs-E-Mail, die Sie nach der Übermittlung erhalten haben (z. B. OTE-91234567).