Zellfreie DNA wird in einem hochspezifischen biologischen Prozess erzeugt, der ein charakteristisches Fragmentierungslängenprofil ergibt. Daher empfehlen wir, eine Library vorzubereiten, die das Größenprofil in keiner Weise verändert: unter Verwendung des „Mechanical Fragmentation Library Prep Kit“ ohne zusätzliche Fragmentierungsbehandlung. Unsere Library-Insertionsgrößen sehen hervorragend aus, wenn wir diese Methode anwenden.

 

Wir haben Twist Utopia-Adapter ausgiebig für die cfDNA-Proben verwendet; sie eignen sich hervorragend für Duplex-Konsens und gute Einschätzungen der Mutationsraten.

 

Wenn kein „Mechanical Fragmentation Library Prep Kit“ verfügbar ist, kann das Enzymatic Fragmentation Library Prep Kit verwendet werden, und es können Schritte unternommen werden, um die Aktivität der enzymatischen Fragmentierung zu minimieren:

Assemblieren Sie Fragmentierungs-, Endreparatur- und A-Tailing-Reaktionen auf Eis.

Überspringen Sie die Fragmentierungsinkubation bei 32 °C im Thermocycler: fahren Sie direkt mit 65 °C für das A-Tailing fort.

Heizen Sie den Thermocycler für das A-Tailing auf 65 °C vor.

Übertragen Sie die assemblierten Reaktionen direkt vom Eis in den auf 65 °C vorgeheizten Thermocycler.