ÜBERSICHT DATEN BESTELLINFORMATIONEN RESSOURCEN
ÜBERSICHT

Hochempfindliches synthetisches Referenzmaterial für die Entwicklung und Prozesskontrolle von Flüssigbiopsie-Assays

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 ist ein umfassendes Tool, das Wissenschaftler sowohl bei der Entwicklung als auch bei der Qualitätsüberwachung klinisch relevanter Varianten für die Entwicklung von NGS-basierten Assays unterstützt. Darüber hinaus können Forscher diese Referenzstandards nutzen, um zwei wesentliche analytische Parameter zu definieren: die Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und die Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) für ihre Assays. Dieses Referenzmaterial besteht aus zellfreier Wildtyp(WT)-Hintergrund-DNA (cfDNA) einer Zelllinie und synthetischen Oligos, die mutierte Allele tragen, und bietet die Präzision und Empfindlichkeit, die für die Erforschung der Entwicklung von Flüssigbiopsie-Assays erforderlich sind. 

Breite Variantenabdeckung

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 bietet eine umfangreiche Auswahl an zirkulierenden Tumor-DNA-Varianten (ctDNA). Diese Varianten spiegeln die Größe und Verteilung von cfDNA-Fragmenten genau wider, was sie zu einem unverzichtbaren Werkzeug für die genaue Simulation realer Szenarien machen kann. Er umfasst synthetisch gedruckte Varianten, einschließlich Einzelnukleotidvarianten (SNVs), Insertionen und Deletionen (INDELs) und Strukturvarianten (SVs).

Umfassende Variantenstellen

Mit über 400 Variantenstellen, die sich über 84 Gene erstrecken, einschließlich in der Literatur kuratierter, klinisch relevanter Varianten, fördert dieser Referenzstandard einen umfassenden Ansatz für die cfDNA-Analyse. Er befähigt Wissenschaftler, ein breites Spektrum genetischer Variationen im Zusammenhang mit Krebs zu erkennen.

Ermöglichen Sie den LoD- und LoB-Aufbau

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 wurde sorgfältig entwickelt, um Sie bei der Bestimmung der analytischen Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und der Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) Ihrer Assays zu unterstützen. Mit dieser wichtigen Funktion können Sie die niedrigsten nachweisbaren Mengen an Zielvarianten definieren und eine Basislinie für die Assay-Empfindlichkeit festlegen.

Niedrige Hintergrundfehlerrate

Vergleichsanalysen zeigen, dass der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 im Vergleich zu seinem Vorgänger (v1) und anderen Konkurrenzprodukten eine deutlich geringere Fehlerrate aufweist. 

Kompatibilität und Vielseitigkeit

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2-Standard lässt sich nahtlos in die Target-Enrichment-Systeme und benutzerdefinierten Capture-Panels von Twist integrieren. Das Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set besteht aus 7 einzelnen Röhrchen mit 300 ng pro Röhrchen für jedes der 7 verschiedenen VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist bietet jede einzelne VAF auch in einer kleineren 600-ng- und einer größeren 3-ug-Konfiguration an.

Umfassender Nachweis von Tumorvarianten
Umfassender Nachweis von Tumorvarianten
456 einzigartige natürlich vorkommende Tumorvarianten
132 klinisch relevante Varianten
84 unterschiedliche krebsassoziierte Gene
Außergewöhnliche Empfindlichkeit der Hintergrund-DNA
Außergewöhnliche Empfindlichkeit der Hintergrund-DNA
Hintergrund-cfDNA, abgeleitet von nicht amplifizierter Zelllinien-DNA
Natürlicher cfDNA nachempfundenes DNA-Größen- und Postsequenzierungsprofil
Hohe Präzision und Flexibilität
Hohe Präzision und Flexibilität
Sieben Prozentsätze individueller Allelvarianten zur Auswahl in großen und kleinen Konfigurationen
Verifikation der VAF-Konzentrationen mittels digitaler PCR
Erhältlich: anwenderfreundliches Test-Set für alle VAF-Konzentrationen

* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

Hochempfindliches synthetisches Referenzmaterial für die Entwicklung und Prozesskontrolle von Flüssigbiopsie-Assays

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 ist ein umfassendes Tool, das Wissenschaftler sowohl bei der Entwicklung als auch bei der Qualitätsüberwachung klinisch relevanter Varianten für die Entwicklung von NGS-basierten Assays unterstützt. Darüber hinaus können Forscher diese Referenzstandards nutzen, um zwei wesentliche analytische Parameter zu definieren: die Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und die Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) für ihre Assays. Dieses Referenzmaterial besteht aus zellfreier Wildtyp(WT)-Hintergrund-DNA (cfDNA) einer Zelllinie und synthetischen Oligos, die mutierte Allele tragen, und bietet die Präzision und Empfindlichkeit, die für die Erforschung der Entwicklung von Flüssigbiopsie-Assays erforderlich sind. 

Breite Variantenabdeckung

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 bietet eine umfangreiche Auswahl an zirkulierenden Tumor-DNA-Varianten (ctDNA). Diese Varianten spiegeln die Größe und Verteilung von cfDNA-Fragmenten genau wider, was sie zu einem unverzichtbaren Werkzeug für die genaue Simulation realer Szenarien machen kann. Er umfasst synthetisch gedruckte Varianten, einschließlich Einzelnukleotidvarianten (SNVs), Insertionen und Deletionen (INDELs) und Strukturvarianten (SVs).

Umfassende Variantenstellen

Mit über 400 Variantenstellen, die sich über 84 Gene erstrecken, einschließlich in der Literatur kuratierter, klinisch relevanter Varianten, fördert dieser Referenzstandard einen umfassenden Ansatz für die cfDNA-Analyse. Er befähigt Wissenschaftler, ein breites Spektrum genetischer Variationen im Zusammenhang mit Krebs zu erkennen.

Ermöglichen Sie den LoD- und LoB-Aufbau

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 wurde sorgfältig entwickelt, um Sie bei der Bestimmung der analytischen Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und der Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) Ihrer Assays zu unterstützen. Mit dieser wichtigen Funktion können Sie die niedrigsten nachweisbaren Mengen an Zielvarianten definieren und eine Basislinie für die Assay-Empfindlichkeit festlegen.

Niedrige Hintergrundfehlerrate

Vergleichsanalysen zeigen, dass der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 im Vergleich zu seinem Vorgänger (v1) und anderen Konkurrenzprodukten eine deutlich geringere Fehlerrate aufweist. 

Kompatibilität und Vielseitigkeit

Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2-Standard lässt sich nahtlos in die Target-Enrichment-Systeme und benutzerdefinierten Capture-Panels von Twist integrieren. Das Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set besteht aus 7 einzelnen Röhrchen mit 300 ng pro Röhrchen für jedes der 7 verschiedenen VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist bietet jede einzelne VAF auch in einer kleineren 600-ng- und einer größeren 3-ug-Konfiguration an.

Umfassender Nachweis von Tumorvarianten
Umfassender Nachweis von Tumorvarianten
456 einzigartige natürlich vorkommende Tumorvarianten
132 klinisch relevante Varianten
84 unterschiedliche krebsassoziierte Gene
Außergewöhnliche Empfindlichkeit der Hintergrund-DNA
Außergewöhnliche Empfindlichkeit der Hintergrund-DNA
Hintergrund-cfDNA, abgeleitet von nicht amplifizierter Zelllinien-DNA
Natürlicher cfDNA nachempfundenes DNA-Größen- und Postsequenzierungsprofil
Hohe Präzision und Flexibilität
Hohe Präzision und Flexibilität
Sieben Prozentsätze individueller Allelvarianten zur Auswahl in großen und kleinen Konfigurationen
Verifikation der VAF-Konzentrationen mittels digitaler PCR
Erhältlich: anwenderfreundliches Test-Set für alle VAF-Konzentrationen

* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

DATEN
Fragment-Profil-Vergleich des Twist Reference Standard mit Referenzstandards anderer Anbieter

DNA-Fragmentanalyse des Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2, nativer cfDNA und Referenzstandards anderer Anbieter, angeglichen für maximale Peakhöhe. Twist-Standards weisen eine Größenverteilung auf, die nativer cfDNA nachempfunden ist, einschließlich eines markanten mononukleosomalen Peaks und dinukleosomalen Peaks.

Vergleich
Schematische Darstellung des Designs synthetischer DNA-Varianten

Varianten-DNA-Moleküle liegen über dem genomischen Locus der Variante (violette gestrichelte Linie mit Stern) mit ausgedehnter Überlappung und sorgen so für eine hohe Abdeckung sowie für hohe Fragment- und Standortvielfalt der Variantenstelle relativ zu den Termini des DNA-Moleküls. 

 

Schematische Darstellung
Vergleich der Hintergrund-Mutationsrate

Die Analyse der Hintergrundmutationsraten ist definiert als die Rate von Nicht-Keimbahnvarianten, die in Duplex-Konsensus-Reads aus einer Target-Enrichment-WT-Probe erkannt wurden, und wurde für den Twist cfDNA v2-Standard, native cfDNA, einen DNA-Standard eines anderen Anbieters und den Twist cfDNA v1-Standard durchgeführt. Die Hintergrund-Fehlerrate von Twist Pan-Cancer v2 ist ähnlich wie bei nativer cfDNA und aufgrund eines zuverlässigen Produktionsprozesses niedriger als beim Vorgänger v1 und bei dem Konkurrenzprodukt.

 

Vergleich der Hintergrund-Mutationsrate
Insertion/Deletion-Größenverteilung

Visualisierung der Insertion/Deletion-Größe der in den Referenzstandards enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN über ein Histogramm der Binbreite 1, wobei negative Zahlen Deletionen und positive Zahlen Insertionen sind. SNVs werden nicht angezeigt. Die enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN erfassen ein breites Größenspektrum und ermöglichen so eine umfassende Analyse der INSERTIONEN/DELETIONEN-Erkennungsleistung. INSERTIONEN/DELETIONEN umfassen Deletionen von 30 bp und Insertionen von 15 bp.

Insertion/Deletion-Größenverteilung
Varianten-Calling im Target-Enrichment-Workflow

Durchschnittliche Varianten-Allel-Häufigkeit (Variant Allele Frequency, VAF), die von NGS in verschiedenen Referenzstandard-VAFs erkannt wurde (dargestellt auf einer logarithmischen Skala). Die Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards wurden mit einem benutzerdefinierten Panel erfasst, das auf 215 in den Standards gefundene Einzelnukleotidvarianten (Single Nucleotide Variants, SNVs) abzielte, und vor der UMI-Deduplizierung auf eine 80.000-fache Rohabdeckung sequenziert. Die von NGS ermittelten mittleren VAFs spiegeln auf allen getesteten Ebenen nahezu die beabsichtigte VAF wider und erleichtern so ein einfaches Assay-Benchmarking.

 

Varianten-Calling
Fragment-Profil-Vergleich des Twist Reference Standard mit Referenzstandards anderer Anbieter

DNA-Fragmentanalyse des Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2, nativer cfDNA und Referenzstandards anderer Anbieter, angeglichen für maximale Peakhöhe. Twist-Standards weisen eine Größenverteilung auf, die nativer cfDNA nachempfunden ist, einschließlich eines markanten mononukleosomalen Peaks und dinukleosomalen Peaks.

Vergleich
Schematische Darstellung des Designs synthetischer DNA-Varianten

Varianten-DNA-Moleküle liegen über dem genomischen Locus der Variante (violette gestrichelte Linie mit Stern) mit ausgedehnter Überlappung und sorgen so für eine hohe Abdeckung sowie für hohe Fragment- und Standortvielfalt der Variantenstelle relativ zu den Termini des DNA-Moleküls. 

 

Schematische Darstellung
Vergleich der Hintergrund-Mutationsrate

Die Analyse der Hintergrundmutationsraten ist definiert als die Rate von Nicht-Keimbahnvarianten, die in Duplex-Konsensus-Reads aus einer Target-Enrichment-WT-Probe erkannt wurden, und wurde für den Twist cfDNA v2-Standard, native cfDNA, einen DNA-Standard eines anderen Anbieters und den Twist cfDNA v1-Standard durchgeführt. Die Hintergrund-Fehlerrate von Twist Pan-Cancer v2 ist ähnlich wie bei nativer cfDNA und aufgrund eines zuverlässigen Produktionsprozesses niedriger als beim Vorgänger v1 und bei dem Konkurrenzprodukt.

 

Vergleich der Hintergrund-Mutationsrate
Insertion/Deletion-Größenverteilung

Visualisierung der Insertion/Deletion-Größe der in den Referenzstandards enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN über ein Histogramm der Binbreite 1, wobei negative Zahlen Deletionen und positive Zahlen Insertionen sind. SNVs werden nicht angezeigt. Die enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN erfassen ein breites Größenspektrum und ermöglichen so eine umfassende Analyse der INSERTIONEN/DELETIONEN-Erkennungsleistung. INSERTIONEN/DELETIONEN umfassen Deletionen von 30 bp und Insertionen von 15 bp.

Insertion/Deletion-Größenverteilung
Varianten-Calling im Target-Enrichment-Workflow

Durchschnittliche Varianten-Allel-Häufigkeit (Variant Allele Frequency, VAF), die von NGS in verschiedenen Referenzstandard-VAFs erkannt wurde (dargestellt auf einer logarithmischen Skala). Die Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards wurden mit einem benutzerdefinierten Panel erfasst, das auf 215 in den Standards gefundene Einzelnukleotidvarianten (Single Nucleotide Variants, SNVs) abzielte, und vor der UMI-Deduplizierung auf eine 80.000-fache Rohabdeckung sequenziert. Die von NGS ermittelten mittleren VAFs spiegeln auf allen getesteten Ebenen nahezu die beabsichtigte VAF wider und erleichtern so ein einfaches Assay-Benchmarking.

 

Varianten-Calling
BESTELLINFORMATIONEN
PRODUKT-SKUs

107576

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set, 300-ng-Kit

107577

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 % (WT), 3 ug

107578

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 3 ug

107579

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 3 ug

107580

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 3 ug

107581

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 3 ug

107582

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 3 ug

107583

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 3 ug

107584

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 %, 600 ng

107585

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 600 ng

107586

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 600 ng

107587

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 600 ng

107588

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 600 ng

107589

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 600 ng

107590

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 600 ng

* Das Set umfasst jeweils 7 VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % bei 300 ng pro Röhrchen

* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

PRODUKT-SKUs

107576

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set, 300-ng-Kit

107577

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 % (WT), 3 ug

107578

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 3 ug

107579

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 3 ug

107580

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 3 ug

107581

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 3 ug

107582

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 3 ug

107583

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 3 ug

107584

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 %, 600 ng

107585

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 600 ng

107586

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 600 ng

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Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 600 ng

107588

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 600 ng

107589

Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 600 ng

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Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 600 ng

* Das Set umfasst jeweils 7 VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % bei 300 ng pro Röhrchen

* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

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