Erschließen Sie sich einen unerkundeten Enzym-Sequenzabschnitt für eine optimale Exploration

Unsere neuartigen Enzymsequenzen wurden aus verschiedenen nicht kultivierten mikrobiellen Einzelzellgenomen identifiziert und mit Hilfe von auf Machine Learning basierenden Modellen, die auf Strukturvorhersage, strukturbasiertem Clustering und Filterung beruhen, nach wünschenswerten Eigenschaften ausgewählt – diese Sequenzen werden Sie wahrscheinlich nirgendwo anders finden.


Transaminasen (TAs) sind Enzyme, die die Übertragung einer Aminogruppe von einem Aminodonor auf ein Keton oder Aldehyd katalysieren. Diese Fähigkeit, die stereoselektive Aminierung prochiraler Ketone zu erleichtern, ist für die pharmazeutische Produktion von großem Wert, da die Nachfrage nach chiralen Aminen als Bausteine für pharmazeutische Wirkstoffe (APIs) hoch ist.

 

Wir haben eine Untergruppe von TA-Enzymen identifiziert und eingegrenzt, die ihre Aktivität unter einer Vielzahl von extremen Bedingungen und bei vielen verschiedenen Substraten aufrechterhalten, was für den pharmazeutischen Herstellungsprozess nützlich ist.

 

Unser Screening-Kit ermöglicht die Auswahl funktionell relevanter Sequenzen mit der Möglichkeit, diese in Zukunft mit nachgeschalteten Enzym-Engineering-Ressourcen zu kombinieren, um einen effizienteren Weg für das Protein-Engineering zu schaffen.

So werden Enzyme für das Screening ausgewählt

Die bitBiome bit-GEM Datenbank ist die führende Ressource für durchsuchbare und gut nutzbare Mikroben-Genomsequenzen. Die bit-GEM Datenbank, die sich auf die stärksten mikrobiellen Ressourcen der Natur stützt, darunter Proben aus Umgebungen wie Erde, heißen Quellen, Meerwasser, Bergbaustandorten und anderen extremen Bedingungen, enthält eine Vielzahl von Gensequenzen, die mit der bitBiome Plattform für die Einzelzellsequenzierung erfasst wurden. Diese Sequenzierungsmethode gewährleistet eine tiefere Genomabdeckung und ermöglicht die Entdeckung der mikrobiellen „dunklen Materie“. Diese Sequenzen haben eine geringe Ähnlichkeit mit denen im öffentlichen Raum, so dass der Kunde die Freiheit hat, in diesem Sequenzabschnitt zu agieren.

HAUPTVORTEILE

Erschließen Sie sich unerkundete Enzym-Sequenzabschnitte

  • Tausende vorab auf Aktivität geprüfte Enzymkandidaten
  • Hohe Sequenzvielfalt zur Erfüllung spezifischer Bedürfnisse
  • Neuartige Sequenzen, die der Öffentlichkeit unbekannt sind, für mehr Handlungsfreiheit

Maximieren Sie Ihre Entwicklungsergebnisse

  • Screening durch vorselektierte neue Transaminase-Varianten, die für die Identifizierung von Treffern benötigt werden
  • Vielfältige Substratspezifität, einschließlich schwer zu handhabender sperriger Substrate 

Beratung durch Experten

  • bitBiome und Twist bieten zusammen alle Ressourcen, die für die weitere Generierung, Optimierung und Prüfung von Variant Librarys benötigt werden
  • Einfacher Zugang zu Experten, die Sie bei Ihren zukünftigen enzymtechnischen Bemühungen unterstützen

Schnelleres Screening mit Twist + bitBiome

Enzym-Screening-Kit      48 Enzymes for screening

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Scale-up verfügbar      Scale-up verfügbar

Im Folgenden werden die Enzyme aufgeschlüsselt, die mit verschiedenen Substraten unter den zuvor beschriebenen unterschiedlichen Bedingungen (verschiedene DMSO-Anteile, organische Lösungsmittel, Temperaturen und pH-Werte) getestet wurden.

Schnelleres Screening mit Twist + bitBiome

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Twist-bitBiome-Transaminase-Kit Enzymaktivität-Protokoll

bitBiome und Twist Transaminase-Enzym-Engineering

ALLGEMEINE INFORMATIONEN

Unsere Enzyme werden nicht nach einem bestimmten Reinheitsstandard hergestellt. Obwohl wir bemüht sind, sie von Zelltrümmern und Fermentationsbestandteilen zu trennen, können einige endogene Proteine und Puffersalze vorhanden sein. Diese zusätzlichen Komponenten erhöhen oftmals die Stabilität.

Wir setzen keine Verfallsdaten für Forschungsenzyme fest, die noch nicht in großem Maßstab produziert wurden. Unserer Erfahrung nach bleiben die meisten unserer Enzyme jedoch 2 Jahre lang stabil, wenn sie trocken bei -20 °C gelagert werden.

Die Enzyme des Kits weisen eine hohe Selektivität auf, die sich in der Regel zu etwa gleichen Teilen auf (R)- und (S)-Selektivität verteilt. Wir empfehlen, alle Enzyme zu screenen, anstatt sich nur auf die historische Notation zu verlassen (siehe die Selektivitätstabelle unten), da Substrate ungewöhnliche Konformationen annehmen können, die die Selektivität beeinflussen. Es ist zu beachten, dass das Vorhandensein von Nicht-Kohlenstoffatomen im Substrat (z. B. Halogene oder Schwefel) aufgrund der Cahn-Ingold-Prelog-Isomeren-Bezeichnungskonventionen zu einer entgegengesetzten Selektivität führen kann. Bitte beachten Sie die Selektivitätstabelle im Abschnitt Protokolle.

Die Stabilität und Aktivität von Transaminasen können aufgrund mehrerer voneinander abhängiger Faktoren, einschließlich verschiedener Substrate und Produkte, variieren. Nachfolgend finden Sie eine Tabelle mit typischen Leistungsparametern, die bei der weiteren Optimierung nach dem Screening hilfreich sein können.

PLANUNG IHRES SCREENING-EXPERIMENTS

 

Brenztraubensäure dient als allgemeiner Aminoakzeptor für die meisten Enzyme in diesem Kit und ist ideal für die Prüfung Ihres Reaktionssystems.

Typische Reaktionsbedingungen sind 25 mM Aminoakzeptor, 25 mM 2-(4-Nitrophenyl)ethan-1-amin (Aminoakzeptor), 100 mM Kaliumphosphatpuffer (pH 7,4) und 1 mM Pyridoxal-5-phosphat (PLP).

Wir empfehlen, das Screening zunächst in Kaliumphosphatpuffer bei pH 7,4 durchzuführen. Sobald ein oder mehrere Treffer identifiziert sind, können Puffertyp und pH-Wert optimiert werden. Die Selektivität ist in der Regel nicht pH-abhängig, die Aktivität kann jedoch variieren. Der Boratpuffer eignet sich für die Bewertung der Leistung bei hohem pH-Wert.

Die meisten der im Kit enthaltenen Enzyme bleiben mit bis zu 10 % v/v DMSO als Co-Lösungsmittel stabil.

Die Enzyme des Kits arbeiten effektiv in einem pH-Bereich von 7 bis 8,5, wobei eine kleine Teilmenge auch bei pH 9 bis 10 tolerant ist. Es wird nicht empfohlen, den pH-Wert unter 7,0 zu senken.

Die Varianten weisen eine unterschiedliche Stabilität auf, arbeiten aber im Allgemeinen zwischen 20 °C und 60 °C. Weitere Einzelheiten finden Sie in der Tabelle „Typische Parameter“.

FEHLERSUCHE

Wenn das Substrat in DMSO löslich ist und gleichmäßig in jedes Fläschchen gegeben werden kann, ist die teilweise Unlöslichkeit im Reaktionsgemisch in der Regel kein Problem.

Versuchen Sie, die Reaktion länger laufen zu lassen, die Temperatur zu erhöhen (auf 40 °C), die Substratkonzentration zu erhöhen und/oder die Enzymkonzentration zu erhöhen. Wenn die Probleme weiterhin bestehen, sollten Sie das Twist®-bitBiome® TA-Screening-Kit zu Rate ziehen oder Twist für weitere Optionen kontaktieren. Sie können auch eine Kontrollreaktion mit Brenztraubensäure als Aminoakzeptor durchführen, um Ihre Reaktionslösung zu überprüfen.

Erwägen Sie, die Reaktion früher abzubrechen oder das Screening mit einer geringeren Enzymmenge zu wiederholen. Bei Wiederholung die DMSO-Konzentration bei <10 % v/v halten.

Vorschläge zur Optimierung der Reaktionsbedingungen finden Sie in unseren FAQs zum Transaminase-Screening.

Typische Aminodonoren sind Alanin, Ethylamin, 1- und 2-Propylamin, 1- und 2-Butylamin und andere. Die Keton/Aldehyd-Form dieser Donoren fungiert auch als gute Aminoakzeptoren bei der chiralen Trennung.

Refer to our Transaminase Screening FAQs for answers to other questions you may have, or feel free to contact us.

 

HÄUFIG GESTELLTE FRAGEN ZUM SCREENING

Es wird empfohlen, die Lösungen am Tag des Experiments frisch zuzubereiten. Mit der Zeit können sowohl das Substrat als auch der Cofaktor abgebaut werden, was die Gesamtleistung der Reaktion beeinträchtigen kann. Wenn die Lösung aufbewahrt und wiederverwendet werden muss, sollte sie kühl und vor Licht geschützt aufbewahrt werden. Darüber hinaus empfehlen wir, die Leistung mit frischen Lösungen zu vergleichen, wann immer dies möglich ist.

Für viele Enzyme kann die Zugabe von 10 % v/v DMSO in das Reaktionsgemisch und die Erhöhung der Temperatur auf 40–45 °C die Löslichkeit des Substrats verbessern. In der Tabelle „Typische Parameter“ finden Sie die typischen Bedingungen, die die einzelnen Enzyme tolerieren. Darüber hinaus kann eine Erhöhung des pH-Werts die Löslichkeit verbessern, obwohl dies je nach Substrat unterschiedlich ist. Wir raten davon ab, den pH-Wert unter 7,0 zu senken. Eine Trübung des Reaktionsgemischs, die auf eine unvollständige Löslichkeit des Substrats hinweist, ist in der Regel akzeptabel und behindert die Reaktion nicht. Am besten fügen Sie das Substrat pur oder aus einer DMSO-Lösung (oder einem ähnlichen Lösungsmittel) hinzu, um eine gleichmäßige Verteilung über alle Reaktionen zu gewährleisten.

Im Allgemeinen ist es optimal, das Enzym zuzugeben, nachdem alle anderen Reagenzien und Lösungsmittel eingebracht wurden und die pH-Einstellung abgeschlossen ist. Falls möglich, lösen Sie das Enzym in Puffer auf, bevor Sie es dem Reaktionsgemisch hinzufügen. Gelegentlich kann eine Änderung der Reihenfolge der Reagenzienzugabe die Reaktionsleistung erheblich beeinflussen – sowohl positiv als auch negativ.

OPTIMIERUNG

Es ist von entscheidender Bedeutung, die inhärente Beschaffenheit des Substrats und des Produkts zu verstehen, da dies Eigenschaften sind, die das Enzym nicht verändern kann (z. B. Löslichkeit, pH-Wert und Temperaturstabilität). Außerdem ist es wichtig, Bedingungen zu vermeiden, die Nebenreaktionen begünstigen, zu nachgelagerten Problemen führen oder mit dem Substrat oder Produkt unverträglich sind. Bewerten Sie die Reaktionsleistung bei verschiedenen pH-Werten (empfohlen: pH 7,4, 9 und 10 unter Verwendung von Kaliumphosphatpuffer bei pH 7,4 und Natriumborat bei pH 9 und 10). Sobald ein optimaler pH-Wert bestimmt ist, untersuchen Sie die Auswirkungen der Temperatur auf die Reaktionsleistung (empfohlener Temperaturbereich: 30–55 °C). Darüber hinaus sollte die Reaktion bei höheren Substratkonzentrationen untersucht werden, um die Leistung zu optimieren. Wenn das Substrat in der Reaktionsmischung nicht löslich ist, kann dies zu einer Einschränkung des Substrat-Massentransfers führen. In solchen Fällen sollte die Zugabe eines solubilisierenden Co-Lösungsmittels geprüft werden. Die Toleranz der Lösungsmittelkonzentration ist in der Tabelle „Typische Parameter“ angegeben; neben DMSO können auch andere Lösungsmittel wie kurzkettige Alkohole, DMF, THF und Acetonitril untersucht werden.

QUALITÄTSKONTROLLE

Wir überprüfen die Aktivität jedes Enzyms in jeder Charge mit einer kolorimetrischen Standardmethode. Dadurch wird sichergestellt, dass jedes Enzym unseren Aktivitätsstandards entspricht und in Ihren Anwendungen zuverlässig funktioniert.

Wir messen das Pulverlysat der spezifischen Enzyme im Kit für jede Charge. Durch diese Messung wird sichergestellt, dass eine ausreichende Menge an Lysat vorhanden ist, was die Wirksamkeit unserer Kits garantiert.

Um die Umweltsicherheit zu gewährleisten, vergewissern wir uns, dass sich im Lysatpulver keine lebenden Expressionswirte (wie E. coli) befinden. Dieser Schritt ist entscheidend für die Sicherheit und Integrität unseres Produkts.

Wir führen strenge Tests durch, um die Haltbarkeit jeder Charge zu bestätigen. Dadurch wird sichergestellt, dass unsere Enzymkits für die Dauer der vorgesehenen Verwendung wirksam und stabil bleiben.

Die Abwesenheit von lebenden Expressionswirten wie E. coli im Lysatpulver ist wichtig, um eine mögliche Kontamination zu verhindern und die Sicherheit der Anwender und der Umwelt zu gewährleisten.

Eine kolorimetrische Methode ist eine Technik zur Bestimmung der Konzentration eines Enzyms auf der Grundlage seiner Farbänderung bei der Reaktion mit einem bestimmten Substrat. Sie wird verwendet, weil sie ein zuverlässiges und quantifizierbares Maß für die Enzymaktivität darstellt.

Entspricht eine Charge nicht unseren strengen Qualitätsstandards, wird sie nicht zum Verkauf freigegeben. Stattdessen werden weitere Analysen und Korrekturmaßnahmen durchgeführt, um etwaige Probleme zu beheben, bevor sie erneut für den Vertrieb in Betracht gezogen werden können.

Unsere Qualitätskontrollprozesse werden mit validierten Methoden und Geräten durchgeführt, die von geschultem Fachpersonal bedient werden. Darüber hinaus werden regelmäßig Audits und Überprüfungen durchgeführt, um die kontinuierliche Einhaltung von Industriestandards und bewährten Verfahren zu gewährleisten.

Ja, Kunden können detaillierte Qualitätskontrollberichte für ihre spezifische Charge anfordern. Diese Berichte bieten Transparenz und Sicherheit in Bezug auf die Qualität und Integrität des Enzymkits, das sie erhalten.

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