Minimal Residual Disease (MRD) ist das Vorhandensein einer kleinen Anzahl bösartiger Krebszellen, die nach erfolgreicher therapeutischer Intervention im Körper verbleiben. MRD kann bei Patienten, die sich möglicherweise in Remission befinden oder keine phänotypischen Symptome zeigen, auf niedrigem Niveau persistieren. Nachweisbare MRD-Werte sind ein Risikofaktor für ein Wiederauftreten, da die verbleibenden Krebszellen im Körper mit der Zeit metastasieren und sich vermehren können. Obwohl herkömmliche Überwachungstechnologien, wie z. B. radiologische Bildgebung, hochempfindliche Methoden sind, kann die Anzahl der verbleibenden Krebszellen so gering sein, dass sie möglicherweise nicht erkannt werden, bis Symptome eines erneuten Ausbruchs auftreten.

Die MRD-Überwachung kann mit Flüssigbiopsie erreicht werden, die diagnostische Tests von Blut oder anderen Körperflüssigkeiten ermöglicht. Dieser Ansatz hat das Potenzial, verbleibende Krebszellen früher als herkömmliche Überwachungsmethoden zu erkennen, was eine frühere therapeutische Intervention ermöglicht. Dazu wird zirkulierende Tumor-DNA (ctDNA) als Biomarker für MRD-Tests mit Flüssigbiopsie verwendet. Ein gängiger Ansatz besteht darin, kurz vor der Therapie ein Variantenprofil des Primärtumors eines Patienten durch Gesamtgenom- oder Gesamtexom-Sequenzierung zu erstellen. Aus diesem Primärtumor wird dann eine Teilmenge patientenspezifischer Varianten ausgewählt und ein kleines Target Enrichment-Panel (MRD-Panel) gegen diese relevanten Varianten entworfen. Nach der Behandlung werden wiederholte MRD-Tests verwendet, um das Wiederauftreten der Krankheit des Patienten in festgelegten Zeitintervallen zu überwachen, damit ein erneutes Auftreten der ausgewählten ctDNA-Biomarker im Blut bewertet werden kann.

The Twist Bioscience MRD Rapid 500 Panel is a scalable target enrichment solution for monitoring minimal residual disease that leverages Twist’s silicon based DNA synthesis platform to design and manufacture capture panels for personalized medicine. Twist’s proprietary design algorithms and a streamlined manufacturing pipeline enable design automation, synthesis, and rapid turnaround time of as few as 6 business days from the time of order. Mit MRD-Panels von 50 bis 500 Sonden pro Panel können Sie ein breiteres Netz auswerfen, um die Adjuvans-Reaktion auf genomischer Ebene vollständig zu charakterisieren, und sie sind mit dem bestehenden NGS-Libraryvorbereitungs- und Hybrid-Capture-Workflow von Twist kompatibel.

VORTEILE

Unübertroffene Skalierbarkeit und Geschwindigkeit

  • Erfassen Sie relevante Varianten mit Panels von 50 bis 500 Sonden
  • Bestellen Sie bis zu 150 Panels auf einmal
  • Panels werden innerhalb von 6 Werktagen geliefert

Kundenspezifische Panel-Designs

  • Paneldesigns aus der BED-Datei mit Varianten-Zielkoordinaten
  • Filtern Sie Sondensequenzen über repetitive Regionen, um die Capture-Leistung zu verbessern
  • Sparen Sie Gesamtkosten für die Sequenzierung

Panel-Informationen

  • Single-Plex für 12 Tests
  • Varianten: SNV und kleine Insertionen/Deletionen (Indels)
  • Qualitätskontrolle: qPCR
  • ISO-13485-zertifiziert
  • Liefermethode: Matrix-Röhrchen
  • Designs, die für hg19 und hg38 unterstützt werden

Labor-Workflow

  • Kompatibel mit Twist-Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungs-Workflows
  • Empfohlenes Hybridisierungsprotokoll: MRD Standard Hyb 2.0

Kundenspezifische Panel-Designs

Twist MRD Rapid 500 Panels make the most of your sequencing data by providing industry leading uniform capture technology and streamlined design process. Save on overall sequencing costs with exceptional off target and fold 80 capture performance rates. Überwachen Sie alle relevanten Varianten mit Abdeckung für jedes Ihrer Ziele.

Twist has designed five 200 probe MRD panels which specifically target somatic variants found in Breast, Lung, CRC, Melanoma and Renal Cell Carcinoma. Darüber hinaus hat Twist sein bewährtes Kit zur mechanischen Libraryvorbereitung mit dem Twist UMI-Adaptersystem und einem neu optimierten Target Enrichment-Protokoll genutzt, um die Leistung des MRD-Panels weiter zu verbessern. 

Results show that the upgraded system dramatically improves small panel performance that can reduce the off-target rates in each panel to as low as 10–15% with uniform coverage across all targets of interest.

 

Reduzierte Off-Target-Ereignisse

Die Leistung von Capture-Panels, insbesondere von Panels mit wenigen Sonden, hängt von der Spezifität der Sondensequenzen für die Target-Regionen im Genom ab. Sondenspezies, die repetitive Elemente überlappen, die sich im gesamten Genom befinden, können nicht nur mit relevanten Regionen hybridisieren, sondern auch mit vielen anderen, unerwünschten Library-Fragmenten, was zu verschwendeter Sequenzierung führt. 

Twist MRD Rapid 500 Panels are designed using proprietary filtering algorithms that will screen probes from a panel if they are predicted to result in increased off target sequencing data. Sonden mit überlappenden repetitiven Elementen können unvorhersehbare Off-Target-Ereignisse verursachen. Ohne repetitive Filter, wie in der Abbildung unten gezeigt, könnte die Off-Target-Rate moderat (PanelA kein Filter) oder hoch (PanelB kein Filter) sein. Dagegen sind die Off-Target-Raten durch das Herausfiltern der problematischen Sonden konstant niedrig (PanelA-Filter und PanelB-Filter).

PRODUKT-SKUs

105878

Twist MRD Rapid 500 Panel, 12 Test

Produkt-Highlights

Produktname

MRD Rapid 500 Panel, 12 Tests

Minimale Anzahl von Sonden

500

Maximale Anzahl von Sonden

50

Unterstütztes Eingabedateiformat

Target BED-Dateivorlage (siehe Ressourcen)

Maximale Panel-Anzahl pro Bestellung

150

Qualitätskontrolle

qPCR

Liefermethode

Matrix-Röhrchen

Unterstütztes Design von Genbaugruppen

hg19, hg38

Durchlaufzeit

Panels werden innerhalb von 6 Werktagen geliefert

Twist MRD Rapid 500 Panel 

Twist MRD Rapid 500 Panel – Bestell- und Designausgabe-Referenzhandbuch
Twist Kundenspezifische Panel-Lösungen: Entscheidungshilfe

Twist Target Enrichment Standard Hybridization v2 Protocol für MRD-Anwendung

Twist MRD Rapid 500 Vorlagen-BED-Datei

Forschungslösungen von Twist für die Krebsfrüherkennung und -überwachung

Hochempfindlicher Nachweis spezifischer extrem niederfrequenter somatischer Mutationen für die MRD-Überwachung

NGS Flüssigbiopsie-Lösung für eine hochempfindliche MRD-Erkennung
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