Twist cfDNA Library Preparation mit dem TrueAmp Polymerase Mix Kit dient zur Vorbereitung hochwertiger Librarys aus zirkulierender zellfreier DNA.
Das Twist cfDNA Library Preparation Kit ist unsere hochwertigste Libraryvorbereitungs-Lösung, die nicht nur robuste Leistung bei geringem Probeneinsatz, sondern auch hohe Konvertierungsraten bietet.
Leistungsfähige Technologie für zuverlässige, skalierbare cfDNA-Workflows
Der cfDNA-Workflow basiert auf optimierter Technologie für GC-Ausgleich und hochpräzise Amplifikation. Dieses Design liefert eine hohe Amplifikationsausbeute und minimiert gleichzeitig durch PCR eingeführte Fehler, die die Erkennung von Varianten mit niedriger Frequenz beeinträchtigen können.
Das Ergebnis sind einheitliche, hochwertige Librarys am Ende eines schnellen, 2-stündigen Workflows. Die Aptamer-basierte Hot-Start-Steuerung gewährleistet Stabilität bei Raumtemperatur für die automatisierte Einrichtung, und der 2×-Mastermix in einem einzigen Röhrchen vereinfacht sowohl WGS- als auch Target Enrichment-Workflows.
* Nur zu Forschungszwecken. Nicht für die Verwendung in diagnostischen oder klinischen Verfahren bestimmt
Twist TrueAmp Polymerase Mix
Geringe Verzerrung, hochpräzise Amplifikation, entwickelt für NGS-Workflows
Kundenerfahrung
„Wir haben genomische Analysen von genetischen Mutationen durchgeführt, die sich in soliden Organen ansammeln, und entwickeln ein Nachweissystem, das zuverlässig niederfrequente Varianten von somatischen Mutationen erkennen kann. By using the Twist cfDNA Library preparation kit, we not only obtain a library yield comparable to the conventional method from a small amount (1.5 ng) of fragmented DNA even if we reduce one less PCR cycle, but also increase the average coverage of the existing target capture sequence by 30% after constructing error-corrected reads using unique molecular indices. Twist's ligation process is simple and quick for library preparation and is expected to expand the application of molecular barcoding in trace systems." - Dr. Nobuyuki Kakiuchi
Associate Professor, The Hakubi Project, Abteilung für Pathologie und Tumorbiologie, Graduate School of Medicine, Universität Kyoto, Japan
*Die Ergebnisse sind spezifisch für die Institution, an der sie erzielt wurden, und spiegeln möglicherweise nicht die Ergebnisse wider, die an anderen Institutionen erzielt werden können.
Hochpräzise Amplifikation mit PCR
Dank hochpräziser Amplifikation weisen die mit Twist TrueAmp Polymerase vorbereiteten cfDNA-Librarys niedrige Substitutionsfehlerraten auf – quasi wie bei Methoden ohne PCR – und sind hinsichtlich aller gemessenen Basenänderungen mit PCR-freien cfDNA-Librarys vergleichbar. Der erweiterte Workflow gewährleistet das gleiche niedrige Fehlerprofil, das bei der PCR-freien Vorbereitung beobachtet wird.
Abbildung 1: Vergleichbarer Basensubstitutions-Fehlerraten mit und ohne TrueAmp-Amplifikation. Das Twist cfDNA Library Preparation Kit wurde verwendet, um Bibliotheken mit Twist cfDNA Pan-Cancer Referenzstandard V2 als Eingabematerial zu generieren. Um PCR-freie Bedingungen zu erzeugen, wurden während der Ligation Twist Full Length Unique Dual Index (UDI) Adapter verwendet. Die Bedingungen mit PCR wurden durch Verwendung von PCR Twist Universal Adaptern während der Ligation hergestellt. Der PCR-Aufbau wurde mit Twist TrueAmp Polymerase Mix und UDI-Primern über 6 Zyklen amplifiziert. Die Librarys wurden gepoolt, sequenziert und analysiert. Zwischen der PCR-freien und der TrueAmp-Library wurden vergleichbare Fehlerraten beobachtet.
Höhere Konvertierungsrate = Höhere Ausbeute
Nach der Generierung der Library wurden die Proben in 20 μl Wasser eluiert und 1 μl wurde mit dem QubitTM dsDNA Broad Range Kit quantifiziert.
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Höhere Empfindlichkeit und höhere Genauigkeit
Die Librarys wurden im Single-Plex-Verfahren mit einem benutzerdefinierten 50-kb-Onkologie-Panel erfasst, das auf 217 SNP-Variantenstellen im Pan-Cancer-Standardmaterial abzielte. Verpasste Varianten werden berechnet, indem Stellen mit weniger als 1 Variantenfamilie durch die Gesamtzahl der nachweisbaren Variantenstellen dividiert werden.
Verbessertes Duplexing = Höhere Komplexität
Die Librarys wurden im Single-Plex-Verfahren mit einem benutzerdefinierten 50-kb-Onkologie-Panel erfasst, das auf Variantenstellen im cfDNA-Standardmaterial mit aktueller oder aktualisierter TE-Empfehlung abzielte.
Geringer Input, nachgewiesen mit nativer cfDNA
Nach der Generierung der Library wurden die Proben in 20 μl Wasser eluiert und 1 μl wurde mit dem QubitTM dsDNA Broad Range Kit quantifiziert.
Twist Bioscience HQ
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080, USA
Gene
Oligo-Pools
NGS
Variant Libraries
Antikörperidentifizierung
IVDR-Lösungen
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