ÜBERSICHT DATEN POPGEN AGRARGENOMIK RESSOURCEN
Übersicht

Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz

Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.

Entdecken Sie den Ansatz von Twist für die Ultrahochdurchsatz-Sequenzierung

integriert
Normalization by Ligation (NBL)
Eliminieren Sie die vorgelagerte Normalisierung
Keine Notwendigkeit für eine Zwischenquantifizierung
Arbeiten Sie mit Probenchargen, die eine große Bandbreite an Inputs enthalten (30 ng bis 300 ng)
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Poolen Sie nach der Ligationsreaktion 96 Proben in 8 Röhrchen
Miniaturisierte Reaktionsvolumina im Vorfeld
Reduzierung der nachgelagert eingesetzten Verbrauchsmaterialien
Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Konzipiert für Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Aufhebung der Multiplexing-Beschränkung pro Fluss-Zellreihe mit Indizierung mit ultrahohem Durchsatz
Erhöhen Sie die Kapazität um das 12-Fache mit der vorhandenen Laboreinrichtung*
Unterstützt 96 Proben pro Target-Enrichment-Reaktion

Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow

FlexPrep UHT Produktblatt

Sehen Sie die Produktspezifikationen und -daten für unser Libraryvorbereitungs-Kit mit dem größten Durchsatz ein.

Produktblatt herunterladen

FlexPrep für PopGen-Studien

Sehen Sie, wie FlexPrep eine Human-Genotypisierung mit hohem Durchsatz ermöglicht und dabei im Vergleich zu Arrays abschneidet.

App-Hinweis herunterladen

 

FlexPrep für Agrigenomik

Sehen Sie im Anwendungshinweis, wie ein Erfassungspanel von Twist mit FlexPrep im Vergleich zu einem 70k-Rinderarray abschneidet.

App-Hinweis herunterladen

 

 

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Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Was ist Normalization by Ligation?
Welche Probentypen und Arten von Demodaten stehen zum Download zur Verfügung?
Wie lauten die Empfehlungen für den DNA-Input und die Quantität?
Wie lauten die Empfehlungen für die DNA-Qualität?
Kann ich weniger als 192 Proben auf einmal vorbereiten?

Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz

Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.

Entdecken Sie den Ansatz von Twist für die Ultrahochdurchsatz-Sequenzierung

integriert
Normalization by Ligation (NBL)
Eliminieren Sie die vorgelagerte Normalisierung
Keine Notwendigkeit für eine Zwischenquantifizierung
Arbeiten Sie mit Probenchargen, die eine große Bandbreite an Inputs enthalten (30 ng bis 300 ng)
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Poolen Sie nach der Ligationsreaktion 96 Proben in 8 Röhrchen
Miniaturisierte Reaktionsvolumina im Vorfeld
Reduzierung der nachgelagert eingesetzten Verbrauchsmaterialien
Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Konzipiert für Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Aufhebung der Multiplexing-Beschränkung pro Fluss-Zellreihe mit Indizierung mit ultrahohem Durchsatz
Erhöhen Sie die Kapazität um das 12-Fache mit der vorhandenen Laboreinrichtung*
Unterstützt 96 Proben pro Target-Enrichment-Reaktion
FlexPrep UHT Produktblatt

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FlexPrep für PopGen-Studien

Sehen Sie, wie FlexPrep eine Human-Genotypisierung mit hohem Durchsatz ermöglicht und dabei im Vergleich zu Arrays abschneidet.

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FlexPrep für Agrigenomik

Sehen Sie im Anwendungshinweis, wie ein Erfassungspanel von Twist mit FlexPrep im Vergleich zu einem 70k-Rinderarray abschneidet.

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Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Was ist Normalization by Ligation?
Welche Probentypen und Arten von Demodaten stehen zum Download zur Verfügung?
Wie lauten die Empfehlungen für den DNA-Input und die Quantität?
Wie lauten die Empfehlungen für die DNA-Qualität?
Kann ich weniger als 192 Proben auf einmal vorbereiten?
DATEN
Integrierte Normalisierung eliminiert Schritte

Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an
Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.

Bildunterschrift
Einfachheit des Workflows

Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.

Abbildung
Normalisierte Ausbeute mit FlexPrep UHT*

Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.

Abbildung
Abstimmbare Abdeckung für Regionen von Interesse*

FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.

Target Enrichment mit einem 96-Plex
30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung
Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung
Durchschnitt +/- Standardabweichung
Ausgewählte Basen
Durchschnittliche Zielabdeckung
Chimären
Fold-80 Base Penalty
Erfasste Basen bei 10X
Erfasste Basen bei 20X
Erfasste Basen bei 0X
79,22 % +/- 0,54 %
32,74 +/- 4,78
1,31 % +/- 0,38 %
1,416 +/- 0,044
96,06 % +/- 0,94 %
85,41 % +/- 6,36 %
0,43 % +/- 0,04 %

*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

Integrierte Normalisierung eliminiert Schritte

Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an
Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.

Bildunterschrift
Einfachheit des Workflows

Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.

Abbildung
Normalisierte Ausbeute mit FlexPrep UHT*

Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.

Abbildung
Abstimmbare Abdeckung für Regionen von Interesse*

FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.

Target Enrichment mit einem 96-Plex
30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung
Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung
Durchschnitt +/- Standardabweichung
Ausgewählte Basen
Durchschnittliche Zielabdeckung
Chimären
Fold-80 Base Penalty
Erfasste Basen bei 10X
Erfasste Basen bei 20X
Erfasste Basen bei 0X
79,22 % +/- 0,54 %
32,74 +/- 4,78
1,31 % +/- 0,38 %
1,416 +/- 0,044
96,06 % +/- 0,94 %
85,41 % +/- 6,36 %
0,43 % +/- 0,04 %

*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

PopGen

FlexPrep für die Humanpopulationsgenomik

Dank seiner Fähigkeit, große Kohorten effizient und kostengünstig zu bearbeiten, ist FlexPrep in der Lage, die besonderen Bedürfnisse genomweiter Assoziationsstudien (GWAS), der Forschung zu genetischer Diversität und anderer Genomikprojekte mit hohem Durchsatz zu erfüllen.

Obwohl viele PopGen-Programme NGS-Technologien bereits bereitwillig übernommen haben, maximieren neue Tools wie FlexPrep die gesteigerten Durchsatzkapazitäten der heutigen Sequenzierungsplattformen und senken so die Kosten pro Datenpunkt.

NGS-Vorteile gegenüber herkömmlichen Plattformen für Variantenscreening-Studien

  NGS mit FlexPrep Standard NGS
Durchsatz Bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierungslauf; unterstützt 96-fache Anreicherung Verarbeitet in der Regel eine Bibliothek pro Well mit begrenzter Multiplexing-Fähigkeit
Workflow-Komplexität Normalisierung durch Ligation ermöglicht die Eingabe von DNA in 30-300 ng - keine Normalisierung erforderlich Mehr Vor- und Zwischenschritte, einschließlich Quantifizierung und Normalisierung
Verbrauchs­materialien Durch Probenpooling wird der Verbrauch von Spitzen und Reagenzien um das 12-fache reduziert Der vermehrte Einsatz von Spitzen und Reagenzien führt zu erhöhtem Abfallaufkommen und höheren Kosten

Sequenzierung

Element Biosciences

Durch die Nutzung des Trinity Freestyle™ Hybridization Kits maximiert FlexPrep die Durchsatzkapazitäten der Element-Sequenzer. Dieser Workflow kombiniert die Zeitersparnis des einfachen FlexPrep-Workflows mit der bedienfreien Zeit, die durch die Trinity-Anreicherungschemie direkt im Sequenzer ermöglicht wird.

Target Enrichment

Twist Genotypisierungs-Panel – Human 600k

Zielanreicherung

Twist Genotypisierungs-Panel – Human 600k erzielt hohe Übereinstimmung mit Array-Daten. Die genomweite Nicht-Referenz-Übereinstimmung (NRC), die nach der Imputation aller Daten (Sequenzierung oder Array) auf das Gencove v6.1 Imputations-Referenzpanel erzielt wurde.

Analyse

Gencove

Zur Optimierung von Human-Populationsgenomikstudien arbeitet Twist mit Gencove zusammen. Die Kombination von FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit mit der Imputationspipeline von Gencove ermöglicht eine äußerst zuverlässige Variantenbestimmung bei reduzierter Sequenzierungsabdeckung. Dies maximiert Effizienz und Durchsatz und ermöglicht Ihnen, mit außergewöhnlicher Genauigkeit und reduzierten Sequenzierungskosten wertvolle Erkenntnisse aus Genotypisierungsdaten zu gewinnen.

PopGen
FlexPrep UHT Produktblatt

Sehen Sie die Produktspezifikationen und -daten für unser Libraryvorbereitungs-Kit mit dem größten Durchsatz ein.

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FlexPrep für PopGen-Studien

Sehen Sie, wie FlexPrep eine Human-Genotypisierung mit hohem Durchsatz ermöglicht und dabei im Vergleich zu Arrays abschneidet.

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FlexPrep für Agrigenomik

Sehen Sie im Anwendungshinweis, wie ein Erfassungspanel von Twist mit FlexPrep im Vergleich zu einem 70k-Rinderarray abschneidet.

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FlexPrep für die Humanpopulationsgenomik

Dank seiner Fähigkeit, große Kohorten effizient und kostengünstig zu bearbeiten, ist FlexPrep in der Lage, die besonderen Bedürfnisse genomweiter Assoziationsstudien (GWAS), der Forschung zu genetischer Diversität und anderer Genomikprojekte mit hohem Durchsatz zu erfüllen.

Obwohl viele PopGen-Programme NGS-Technologien bereits bereitwillig übernommen haben, maximieren neue Tools wie FlexPrep die gesteigerten Durchsatzkapazitäten der heutigen Sequenzierungsplattformen und senken so die Kosten pro Datenpunkt.

NGS-Vorteile gegenüber herkömmlichen Plattformen für Variantenscreening-Studien

  NGS mit FlexPrep Standard NGS
Durchsatz Bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierungslauf; unterstützt 96-fache Anreicherung Verarbeitet in der Regel eine Bibliothek pro Well mit begrenzter Multiplexing-Fähigkeit
Workflow-Komplexität Normalisierung durch Ligation ermöglicht die Eingabe von DNA in 30-300 ng - keine Normalisierung erforderlich Mehr Vor- und Zwischenschritte, einschließlich Quantifizierung und Normalisierung
Verbrauchs­materialien Durch Probenpooling wird der Verbrauch von Spitzen und Reagenzien um das 12-fache reduziert Der vermehrte Einsatz von Spitzen und Reagenzien führt zu erhöhtem Abfallaufkommen und höheren Kosten

Sequenzierung

Element Biosciences

Durch die Nutzung des Trinity Freestyle™ Hybridization Kits maximiert FlexPrep die Durchsatzkapazitäten der Element-Sequenzer. Dieser Workflow kombiniert die Zeitersparnis des einfachen FlexPrep-Workflows mit der bedienfreien Zeit, die durch die Trinity-Anreicherungschemie direkt im Sequenzer ermöglicht wird.

Target Enrichment

Twist Genotypisierungs-Panel – Human 600k

Zielanreicherung

Twist Genotypisierungs-Panel – Human 600k erzielt hohe Übereinstimmung mit Array-Daten. Die genomweite Nicht-Referenz-Übereinstimmung (NRC), die nach der Imputation aller Daten (Sequenzierung oder Array) auf das Gencove v6.1 Imputations-Referenzpanel erzielt wurde.

Analyse

Gencove

Zur Optimierung von Human-Populationsgenomikstudien arbeitet Twist mit Gencove zusammen. Die Kombination von FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit mit der Imputationspipeline von Gencove ermöglicht eine äußerst zuverlässige Variantenbestimmung bei reduzierter Sequenzierungsabdeckung. Dies maximiert Effizienz und Durchsatz und ermöglicht Ihnen, mit außergewöhnlicher Genauigkeit und reduzierten Sequenzierungskosten wertvolle Erkenntnisse aus Genotypisierungsdaten zu gewinnen.

PopGen
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FlexPrep für PopGen-Studien

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FlexPrep für Agrigenomik

Sehen Sie im Anwendungshinweis, wie ein Erfassungspanel von Twist mit FlexPrep im Vergleich zu einem 70k-Rinderarray abschneidet.

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Agrargenomik

FlexPrep für Agrigenomik

Im Vergleich zu Mikroarrays, die herkömmlicherweise für agrargenomische Studien verwendet werden, ermöglichen die geringen Kosten, die Inhaltsflexibilität und die hohen Durchsatzkapazitäten von FlexPrep die Nutzung einer einzigen Plattform zur Genotypisierung, Markererkennung und Feinzuordnung. Im Vergleich zur herkömmlichen Libraryvorbereitung ist FlexPrep durch Verbesserungen wie der Selbstnormalisierung über Probentypen hinweg in der Lage, große Agrargenomikprojekte wie etwa Präzisionszucht, genomische Selektion und Abstammungsprüfungen anzugehen.

Vorteile der NGS gegenüber herkömmlichen Plattformen für Agrargenomik

  NGS mit FlexPrep Mikroarrays
Datenvollständig­keit  Umfassende Basenpaarauflösung über das gesamte Genom oder ausgewählte Regionen Beschränkt auf vorausgewählte Varianten; nicht gut geeignet für die Erkennung neuartiger Varianten
Anpassung des Inhalts Einfach anpassbare Panels mit schneller Bearbeitungszeit (TAT) – für beliebige Gene, Regionen oder Spezies Die Inhalte sind festgelegt oder teilweise anpassbar; Änderungen erfordern einen Neuentwurf und eine erneute Herstellung
Kosten und Durchsatz Geringere Kosten pro Probe bei großem Umfang dank Multiplexing (bis zu 1152 Proben pro Lauf) Schlechte Skalierbarkeit der Kosten bei großen Programmen oder über mehrere Spezies hinweg

 

Twist-Workflow für Agrigenomik

Extraktion

Twist DNA Reinigungs-Kit

Das Twist DNA Extraktions-Kit-Modul optimiert die Probenvorbereitung, indem es selbst anspruchsvolle, „verschmutzte“ Proben direkt in die FlexPrep-Libraryvorbereitung einbezieht. Das Kit basiert auf einer innovativen Single-Wash-Extraktionschemie und macht den herkömmlichen Bindungs-Wasch-Elutionszyklus überflüssig, wodurch sich der Zeitaufwand, die Verwendung von Verbrauchsmaterialien und die Komplexität des Arbeitsablaufs reduzieren.

Das Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP-Kit wird als gebündelter Workflow mit FlexPrep angeboten und vereinfacht die DNA-Extraktion ohne Qualitätseinbußen.

Extraktion

Sequenzierung

Element Biosciences

Durch die Nutzung des Trinity Freestyle™ Hybridization Kits maximiert FlexPrep die Durchsatzkapazitäten der Element-Sequenzer. Dieser Workflow kombiniert die Zeitersparnis des einfachen FlexPrep-Workflows mit der bedienfreien Zeit, die durch die Anreicherung direkt im Sequenzer dank Trinity ermöglicht wird.

Analyse

Curio Genomics

Skalieren Sie Ihre Agrargenomik-Forschung mit dem FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit für Low-Pass-Sequenzierung und Curio Genomics für optimierte Analysen. Die flexible Libraryvorbereitung von Twist lässt sich nahtlos in die Plattform von Curio Genomics integrieren, die eine Hochdurchsatzverarbeitung und effiziente Imputation bietet und so eine kostengünstige Genotypisierung großer Populationen ermöglicht.

 

Curio Genomics

Gencove

Die Kombination von FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit mit der Imputationspipeline von Gencove ermöglicht eine äußerst zuverlässige Variantenbestimmung bei reduzierter Sequenzierungsabdeckung. Dies maximiert Effizienz und Durchsatz und ermöglicht Ihnen, mit außergewöhnlicher Genauigkeit und reduzierten Sequenzierungskosten wertvolle Erkenntnisse aus Genotypisierungsdaten zu gewinnen.

gencove

FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP-Kit

Optimieren Sie die Probenvorbereitung und behandeln Sie verschmutzte Proben mit einem nahtlosen Extraktions- und Libraryvorbereitungs-Workflow.

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FlexPrep für PopGen-Studien

Sehen Sie, wie FlexPrep eine Human-Genotypisierung mit hohem Durchsatz ermöglicht und dabei im Vergleich zu Arrays abschneidet.

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FlexPrep für Agrigenomik

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FlexPrep für Agrigenomik

Im Vergleich zu Mikroarrays, die herkömmlicherweise für agrargenomische Studien verwendet werden, ermöglichen die geringen Kosten, die Inhaltsflexibilität und die hohen Durchsatzkapazitäten von FlexPrep die Nutzung einer einzigen Plattform zur Genotypisierung, Markererkennung und Feinzuordnung. Im Vergleich zur herkömmlichen Libraryvorbereitung ist FlexPrep durch Verbesserungen wie der Selbstnormalisierung über Probentypen hinweg in der Lage, große Agrargenomikprojekte wie etwa Präzisionszucht, genomische Selektion und Abstammungsprüfungen anzugehen.

Vorteile der NGS gegenüber herkömmlichen Plattformen für Agrargenomik

  NGS mit FlexPrep Mikroarrays
Datenvollständig­keit  Umfassende Basenpaarauflösung über das gesamte Genom oder ausgewählte Regionen Beschränkt auf vorausgewählte Varianten; nicht gut geeignet für die Erkennung neuartiger Varianten
Anpassung des Inhalts Einfach anpassbare Panels mit schneller Bearbeitungszeit (TAT) – für beliebige Gene, Regionen oder Spezies Die Inhalte sind festgelegt oder teilweise anpassbar; Änderungen erfordern einen Neuentwurf und eine erneute Herstellung
Kosten und Durchsatz Geringere Kosten pro Probe bei großem Umfang dank Multiplexing (bis zu 1152 Proben pro Lauf) Schlechte Skalierbarkeit der Kosten bei großen Programmen oder über mehrere Spezies hinweg

 

Twist-Workflow für Agrigenomik

Extraktion

Twist DNA Reinigungs-Kit

Das Twist DNA Extraktions-Kit-Modul optimiert die Probenvorbereitung, indem es selbst anspruchsvolle, „verschmutzte“ Proben direkt in die FlexPrep-Libraryvorbereitung einbezieht. Das Kit basiert auf einer innovativen Single-Wash-Extraktionschemie und macht den herkömmlichen Bindungs-Wasch-Elutionszyklus überflüssig, wodurch sich der Zeitaufwand, die Verwendung von Verbrauchsmaterialien und die Komplexität des Arbeitsablaufs reduzieren.

Das Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP-Kit wird als gebündelter Workflow mit FlexPrep angeboten und vereinfacht die DNA-Extraktion ohne Qualitätseinbußen.

Extraktion

Sequenzierung

Element Biosciences

Durch die Nutzung des Trinity Freestyle™ Hybridization Kits maximiert FlexPrep die Durchsatzkapazitäten der Element-Sequenzer. Dieser Workflow kombiniert die Zeitersparnis des einfachen FlexPrep-Workflows mit der bedienfreien Zeit, die durch die Anreicherung direkt im Sequenzer dank Trinity ermöglicht wird.

Analyse

Curio Genomics

Skalieren Sie Ihre Agrargenomik-Forschung mit dem FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit für Low-Pass-Sequenzierung und Curio Genomics für optimierte Analysen. Die flexible Libraryvorbereitung von Twist lässt sich nahtlos in die Plattform von Curio Genomics integrieren, die eine Hochdurchsatzverarbeitung und effiziente Imputation bietet und so eine kostengünstige Genotypisierung großer Populationen ermöglicht.

 

Curio Genomics

Gencove

Die Kombination von FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit mit der Imputationspipeline von Gencove ermöglicht eine äußerst zuverlässige Variantenbestimmung bei reduzierter Sequenzierungsabdeckung. Dies maximiert Effizienz und Durchsatz und ermöglicht Ihnen, mit außergewöhnlicher Genauigkeit und reduzierten Sequenzierungskosten wertvolle Erkenntnisse aus Genotypisierungsdaten zu gewinnen.

gencove

FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP-Kit

Optimieren Sie die Probenvorbereitung und behandeln Sie verschmutzte Proben mit einem nahtlosen Extraktions- und Libraryvorbereitungs-Workflow.

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