Verbesserter Methylierungsnachweis für Flüssigbiopsie-Workflows

Flüssigbiopsie-Technologien sind dabei, die Landschaft der Krebsfrüherkennung und -überwachung zu verändern. Flüssigbiopsien bieten einen minimalinvasiven Ansatz und ermöglichen die Analyse von zirkulierenden Biomarkern wie cfDNA (zellfreie DNA), die wertvolle Informationen über krebsassoziierte genetische und epigenetische Veränderungen enthalten. Unter diesen Biomarkern sind DNA-Methylierungsänderungen ein vielversprechender Weg, um verschiedene Krebsarten mit hoher Spezifität und Sensitivität zu identifizieren und zu verfolgen.

Trotz ihres Potenzials stellt die Arbeit mit cfDNA aufgrund ihrer begrenzten Menge und ihrer ausgeprägten Fragmentierungsmuster eine besondere Herausforderung dar. Most cfDNA fragments are approximately 167 bp in length, reflecting their nucleosome-bound origin. Diese Fragmentierung führt zu:

• Low stop-start diversity, resulting in more unique molecules called as duplicate sequencing reads
• Reduced library complexity, which can hinder assay sensitivity

Diese inhärenten Eigenschaften machen herkömmliche Methylierungsnachweisworkflows für die cfDNA-Analyse weniger effektiv, so dass fortschrittliche Tools und Techniken erforderlich sind, die auf diese Einschränkungen zugeschnitten sind.

Die Twist Methylated UMI Adapter verbessern cfDNA-Methylierungsworkflows, indem sie eine genaue Deduplizierung durch eindeutige molekulare Identifikatoren (Unique Molecular Identifiers, UMIs) ermöglichen und so falsche Duplikataufrufe in Proben mit geringer Diversität reduzieren. Ihr Design gewährleistet die Kompatibilität mit EM-Seq-Protokollen, bewahrt die Fragmentlänge, maximiert die verwertbaren Daten und führt zu einer verbesserten Target-Abdeckung und Reproduzierbarkeit, wodurch sie zu einem wichtigen Instrument für hochzuverlässige Methylierungsstudien werden.