DNA-Methylierung spielt durch die Regulierung der Genexpression beim Zellwachstum eine wichtige Rolle. In einigen Fällen kann eine anormale Cytosin-Methylierung zu karzinogen Veränderungen bei der Genexpression führen. Historisch ist es schwierig, diese Veränderungen in Patientenproben zu identifizieren. Obwohl die ein NGS von mit Natriumbisulfit behandelter DNA ein effizientes Mittel zum Nachweis methylierter Cytosine darstellt, ist der chemische Umwandlungsprozess schädlich und führt zu einer verzerrten GC-Abdeckung und geringer Komplexität. Die Empfindlichkeit solcher Protokolle ist daher eingeschränkt.