Twist Bioscience HQ
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080
Preparación del pedido
- ¿Qué longitudes hay disponibles para los fragmentos de genes multiplexados?
- ¿Puede Twist diseñar mis flancos por mí si tengo previsto utilizar la clonación por restricción?
- ¿Puedo enviar secuencias a Twist con bases degeneradas?
- ¿Existen requisitos de complejidad para los MGF?
- ¿Cuál es el precio habitual de los fragmentos de genes multiplexados?
- ¿Cuál es el tiempo de entrega (TAT) para los fragmentos de genes multiplexados?
- ¿Cómo debo diseñar los flancos constantes que Twist utilizará para la amplificación por PCR?
- ¿Qué control de calidad (CC) se realiza sobre el grupo de fragmentos?
- ¿Puedo pedir un grupo con varios conjuntos de flancos?
- ¿Cómo puedo comprar fragmentos de genes multiplexados?
¿Qué longitudes hay disponibles para los fragmentos de genes multiplexados?
- La longitud del fragmento puede oscilar entre 301 y 500 nucleótidos (incluidos los flancos constantes).
- La longitud total del fragmento no puede superar los 500 nucleótidos, incluidos los flancos constantes que se utilizarán para la amplificación por PCR. Las secuencias flanqueantes deben tener al menos 20-25 pb de longitud, lo que permitirá hasta 460 pb de región de codificación variable.
- La variación de la longitud de los fragmentos del más corto al más largo no debe superar los 80 pb (por ejemplo, si el fragmento más largo tiene 400 pb, el más corto debe tener más de 320 pb).
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¿Puede Twist diseñar mis flancos por mí si tengo previsto utilizar la clonación por restricción?
Sí, podemos añadir flancos estándar de Twist a sus fragmentos que pueden utilizarse con clonación por restricción.
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¿Puedo enviar secuencias a Twist con bases degeneradas?
No, solo podemos sintetizar secuencias que contienen las cuatro bases estándar A, C, G y T. El uso de bases degeneradas (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N) no está permitido. No obstante, si desea tener las cuatro bases (o un subconjunto de bases) en una posición determinada en un fragmento, puede diseñar fragmentos independientes, cada uno con una base diferente en el sitio de interés.
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¿Existen requisitos de complejidad para los MGF?
No existen requisitos de complejidad para los MGF. No obstante, algunas características pueden dar lugar a resultados que no sean óptimos:
- Características como las repeticiones directas y las secuencias conservadas compartidas por todas las variantes pueden provocar cierta recombinación durante la amplificación.
- Los homopolímeros largos (>20 pb) pueden provocar algunas pérdidas durante la amplificación.
- Las horquillas fuertes pueden dar lugar a una amplificación deficiente, lo que puede conducir a una subrepresentación o pérdida de esas variantes.
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¿Cuál es el precio habitual de los fragmentos de genes multiplexados?
El precio depende del nivel de complejidad (tamaño del grupo) y del rango de longitud del fragmento (301-350 nucleótidos, 351-400 nucleótidos, 401-450 nucleótidos y 451-500 nucleótidos).
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¿Cuál es el tiempo de entrega (TAT) para los fragmentos de genes multiplexados?
El tiempo de entrega para los fragmentos de genes multiplexados es de 8 a 12 días laborables.
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¿Cómo debo diseñar los flancos constantes que Twist utilizará para la amplificación por PCR?
Tenga en cuenta las reglas estándar para el diseño de cebadores:
- Longitud de 20-25 pb
- 35-70 % de contenido de G/C
- Temperatura de fusión (Tm) de 55-60 °C
- Los pares de cebadores deben tener una Tm con una diferencia de 5 °C entre sí
- Los pares de cebadores no deben tener regiones complementarias
- Evitar sitios internos de unión del cebador en la región variable
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¿Qué control de calidad (CC) se realiza sobre el grupo de fragmentos?
- La electroforesis capilar se realiza en el grupo final para determinar la pureza de la muestra. Al menos el 90 % de las moléculas del grupo deben tener la longitud esperada.
- La cuantificación basada en fluorescencia se realiza en la muestra final para garantizar que haya al menos 200 ng de material.
- Twist no realiza ninguna secuenciación en el grupo, y no garantiza la calidad en términos de representación o tasa de error. No obstante, hemos visto durante el desarrollo que la mayoría de los grupos tienen un percentil 90/10 de <3 y una tasa de error media de ~1:2000.
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¿Puedo pedir un grupo con varios conjuntos de flancos?
No, todos los fragmentos del grupo deben tener las mismas secuencias de flancos. Se pueden conseguir varios conjuntos de flancos solicitando varios grupos. Como alternativa, puede diseñar un único grupo con flancos internos que sean diferentes y flancos externos que sean universales para que Twist los utilice para la amplificación. A continuación, puede amplificar los subgrupos; aunque esto conlleva el riesgo inherente de sesgar la uniformidad y/o quedarse sin material de plantilla.
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¿Cómo puedo comprar fragmentos de genes multiplexados?
Paso 1: Descargue el formulario de envío de MGF y rellene todos los campos para el diseño de su MGF.
Paso 2: Suba aquí el formulario de envío cumplimentado.
Si tiene algún problema o alguna consulta, póngase en contacto con nosotros por correo electrónico (customersupport@twistbioscience.com) o chat.
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¿Qué longitudes hay disponibles para los fragmentos de genes multiplexados?
- La longitud del fragmento puede oscilar entre 301 y 500 nucleótidos (incluidos los flancos constantes).
- La longitud total del fragmento no puede superar los 500 nucleótidos, incluidos los flancos constantes que se utilizarán para la amplificación por PCR. Las secuencias flanqueantes deben tener al menos 20-25 pb de longitud, lo que permitirá hasta 460 pb de región de codificación variable.
- La variación de la longitud de los fragmentos del más corto al más largo no debe superar los 80 pb (por ejemplo, si el fragmento más largo tiene 400 pb, el más corto debe tener más de 320 pb).
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¿Puede Twist diseñar mis flancos por mí si tengo previsto utilizar la clonación por restricción?
Sí, podemos añadir flancos estándar de Twist a sus fragmentos que pueden utilizarse con clonación por restricción.
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¿Puedo enviar secuencias a Twist con bases degeneradas?
No, solo podemos sintetizar secuencias que contienen las cuatro bases estándar A, C, G y T. El uso de bases degeneradas (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N) no está permitido. No obstante, si desea tener las cuatro bases (o un subconjunto de bases) en una posición determinada en un fragmento, puede diseñar fragmentos independientes, cada uno con una base diferente en el sitio de interés.
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¿Existen requisitos de complejidad para los MGF?
No existen requisitos de complejidad para los MGF. No obstante, algunas características pueden dar lugar a resultados que no sean óptimos:
- Características como las repeticiones directas y las secuencias conservadas compartidas por todas las variantes pueden provocar cierta recombinación durante la amplificación.
- Los homopolímeros largos (>20 pb) pueden provocar algunas pérdidas durante la amplificación.
- Las horquillas fuertes pueden dar lugar a una amplificación deficiente, lo que puede conducir a una subrepresentación o pérdida de esas variantes.
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¿Cuál es el precio habitual de los fragmentos de genes multiplexados?
El precio depende del nivel de complejidad (tamaño del grupo) y del rango de longitud del fragmento (301-350 nucleótidos, 351-400 nucleótidos, 401-450 nucleótidos y 451-500 nucleótidos).
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¿Cuál es el tiempo de entrega (TAT) para los fragmentos de genes multiplexados?
El tiempo de entrega para los fragmentos de genes multiplexados es de 8 a 12 días laborables.
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¿Cómo debo diseñar los flancos constantes que Twist utilizará para la amplificación por PCR?
Tenga en cuenta las reglas estándar para el diseño de cebadores:
- Longitud de 20-25 pb
- 35-70 % de contenido de G/C
- Temperatura de fusión (Tm) de 55-60 °C
- Los pares de cebadores deben tener una Tm con una diferencia de 5 °C entre sí
- Los pares de cebadores no deben tener regiones complementarias
- Evitar sitios internos de unión del cebador en la región variable
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¿Qué control de calidad (CC) se realiza sobre el grupo de fragmentos?
- La electroforesis capilar se realiza en el grupo final para determinar la pureza de la muestra. Al menos el 90 % de las moléculas del grupo deben tener la longitud esperada.
- La cuantificación basada en fluorescencia se realiza en la muestra final para garantizar que haya al menos 200 ng de material.
- Twist no realiza ninguna secuenciación en el grupo, y no garantiza la calidad en términos de representación o tasa de error. No obstante, hemos visto durante el desarrollo que la mayoría de los grupos tienen un percentil 90/10 de <3 y una tasa de error media de ~1:2000.
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¿Puedo pedir un grupo con varios conjuntos de flancos?
No, todos los fragmentos del grupo deben tener las mismas secuencias de flancos. Se pueden conseguir varios conjuntos de flancos solicitando varios grupos. Como alternativa, puede diseñar un único grupo con flancos internos que sean diferentes y flancos externos que sean universales para que Twist los utilice para la amplificación. A continuación, puede amplificar los subgrupos; aunque esto conlleva el riesgo inherente de sesgar la uniformidad y/o quedarse sin material de plantilla.
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¿Cómo puedo comprar fragmentos de genes multiplexados?
Paso 1: Descargue el formulario de envío de MGF y rellene todos los campos para el diseño de su MGF.
Paso 2: Suba aquí el formulario de envío cumplimentado.
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