¿Puedo ajustar el cociente SPRI tras la ligadura con respecto a los 0,9X recomendados?
Sí, la ligasa sintetizada no se basa en agentes aglomerantes, como el PEG, para una ligadura máxima. El PEG no es compatible con la automatización, aumenta la variabilidad/viscosidad y afecta a la posterior purificación basada en perlas (SPRI). Recomendamos una SPRI 0,9X como el coeficiente óptimo para la recuperación de ADNlc (~150-167 pb). Para fragmentos de ADNlc más cortos, recomendamos aumentar el coeficiente de SPRI a 1,0X o 1,1X (figura 2).
Figura 2. Visualización de tamaños de inserto de bibliotecas de ADNg dividido mecánicamente NA12878 (Corriell) procesado con el flujo de trabajo del kit de preparación de bibliotecas de ADNlc mediante coeficientes SPRI diferentes “de 0,8x a 1,1x”, en comparación con un kit de referencia.
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