Kit 96-plex LP Twist

El kit está configurado para gestionar hasta 96 muestras en cada lote. Los pocillos vacíos en la placa “A” no se pueden guardar para un lote posterior, por lo que no llenar la placa del todo reduciría su rentabilidad. 

Si desea procesar menos de 96 muestras de una vez, recomendamos llenar el resto de la placa con duplicados de muestras, lo que proporcionaría aún mayor confianza en los resultados de la secuenciación.  

El kit es compatible con plataformas Illumina. Prepara bibliotecas bicatenarias con adaptadores de secuencia completa de Illumina, previstos para la secuenciación de extremos emparejados o sueltos. En este momento, las bibliotecas finales no son compatibles para su uso con otra tecnología de secuenciación.

Nuestros kits 96-plex tienen una validez de un año desde el momento de su fabricación. 

Sí. En este caso, el índice TruSeq i7 de ARN pequeño de 6 nucleótidos de Illumina, que identifica la placa, no se debe leer. No haga una lectura de indexación ni use la opción “--use-bases-mask” (usar máscara de bases) para ignorar la lectura de índice de 6 nt. Esto debería conllevar un único set de archivos FASTQ para el ciclo de secuenciación completo. Vea la guía de desmultiplexación para obtener más información.

Se deben usar las secuencias del adaptador TruSeq para el recorte del adaptador durante la desmultiplexación a nivel de placa de bcl2fastq2/bclconvert de Illumina. La herramienta de desmultiplexación fgbio le permitirá recortar el código de barras en línea en R1 y los aleatorizadores sintéticos en lecturas durante la desmultiplexación a nivel de muestra.

En este momento, no es posible comprar cajas y componentes por separado.

El kit contiene dos placas de cebador para usar durante la reacción “A”. La placa de GC alto incluye cebadores aleatorios ajustados para >50 % de contenido de GC, mientras que la placa de GC bajo incluye cebadores ajustados para <50 % de contenido de GC. Los usuarios pueden optimizar su flujo de trabajo usando cualquiera de estas placas o combinándolas en una proporción 1:1 para tener un 40-60 % de GC. 

No en este momento.

Use la concentración de carga recomendada por defecto para la plataforma de secuenciación que usted utilice. Se debería determinar la molaridad usando el análisis de intervalo del principal pico objetivo del Agilent Bioanalyzer. Diluya en función de esa cuantificación, no el modo de tamaño de pico o la estimación de molaridad por defecto.  

La desmultiplexación de bibliotecas de 96-plex Twist es diferente al proceso estándar. Los distintos códigos de barras de las muestras están en línea como parte de R1, en lugar de en la ubicación estándar i5. Debido a esto, las herramientas bcl2fastq2 y BCLconvert de Illumina no reconocen el código de barras de la muestra individual y, en su lugar, combinan todos los pocillos juntos en un único archivo FASTQ a nivel de placa durante la desmultiplexación, basándose en el índice sencillo i7. 

Para resolver esto, los usuarios de 96-plex deben seguir un proceso de desmultiplexación de dos pasos. Primero, los archivos BCL por ciclo deben convertirse en un FASTQ a nivel de placa y, luego, debe seguir una segunda conversión de los archivos FASTQ a nivel de placa en archivos FASTQ específicos de la muestra. Recomendamos usar el software de código abierto fgbio DemuxFastqs para producir FASTQ por muestra. Vea la guía de desmultiplexación en el sitio web de Twist para obtener más información.

The Twist 96-Plex Library Preparation Kit can be found on Twist’s eCommerce site.  In the SARS application, search for either 104951 or 104950; this will bring up the Twist 96-Plex Library Preparation Kit, 4x96 samples ($4,300) or 10x96 samples ($9,600).

El kit proporciona todos los reactivos necesarios para preparar hasta 960 bibliotecas listas para secuenciador; no obstante, los clientes tendrán que proporcionar el equipamiento de laboratorio y los reactivos habituales, como puntas de pipetas, un soporte magnético y EDTA. Dispone de una lista completa en el protocolo.  

El cliente también es responsable de proporcionar recursos informáticos para la desmultiplexación. Twist proporciona una guía para realizar la desmultiplexación de muestras.

Ofrecemos dos configuraciones de tamaño de kit.

La primera es suficiente para hasta 960 muestras; el kit contiene suficientes reacciones para diez placas de 96 pocillos. No hace falta usar todo el kit de una vez, aunque se recomienda usar un mínimo de una placa por ciclo de secuenciación.

Our newest configuration is a 4x96 configuration kit that can do 384 samples. This kit offers the same workflow and per-sample cost benefits as the 10x96 kit, but provides a lower overall price and sample volume that may be more suitable for new customers looking to try out the product or for customers with discrete projects involving less than 960 samples. 

Puede encontrar más información sobre el producto en el sitio web de Twist, incluidos enlaces a la hoja de producto, el protocolo y la guía sobre desmultiplexación. 

Sí, pero la desmultiplexación se debe hacer de forma independiente, una por cada tipo de biblioteca. Vea la guía de desmultiplexación para obtener instrucciones concretas.

La cantidad de introducción recomendada es 50 ng, que debería producir unos 200 ng de biblioteca final. Este resultado variará en función de las condiciones de selección del tamaño de las microesferas utilizadas. Se recomienda introducir ADN de alto peso molecular. Recomendamos evitar muestras degradadas, como FFPE, con este kit.

El protocolo de preparación de bibliotecas 96-plex está en el sitio web de Twist. 

Como el mecanismo de cambio de índice está ligado al cambio de adaptador, no es probable que ello afecte a las bibliotecas de 96-plex, ya que utilizan un código de barras en línea. Además, el paso final de selección del tamaño basado en las microesferas durante la preparación de la biblioteca debería minimizar la presencia de adaptadores sueltos en la biblioteca final.

El kit está configurado para gestionar hasta 96 muestras en cada lote. Los pocillos vacíos en la placa “A” no se pueden guardar para un lote posterior, por lo que no llenar la placa del todo reduciría su rentabilidad. 

Si desea procesar menos de 96 muestras de una vez, recomendamos llenar el resto de la placa con duplicados de muestras, lo que proporcionaría aún mayor confianza en los resultados de la secuenciación.  

El kit es compatible con plataformas Illumina. Prepara bibliotecas bicatenarias con adaptadores de secuencia completa de Illumina, previstos para la secuenciación de extremos emparejados o sueltos. En este momento, las bibliotecas finales no son compatibles para su uso con otra tecnología de secuenciación.

Nuestros kits 96-plex tienen una validez de un año desde el momento de su fabricación. 

Sí. En este caso, el índice TruSeq i7 de ARN pequeño de 6 nucleótidos de Illumina, que identifica la placa, no se debe leer. No haga una lectura de indexación ni use la opción “--use-bases-mask” (usar máscara de bases) para ignorar la lectura de índice de 6 nt. Esto debería conllevar un único set de archivos FASTQ para el ciclo de secuenciación completo. Vea la guía de desmultiplexación para obtener más información.

Se deben usar las secuencias del adaptador TruSeq para el recorte del adaptador durante la desmultiplexación a nivel de placa de bcl2fastq2/bclconvert de Illumina. La herramienta de desmultiplexación fgbio le permitirá recortar el código de barras en línea en R1 y los aleatorizadores sintéticos en lecturas durante la desmultiplexación a nivel de muestra.

En este momento, no es posible comprar cajas y componentes por separado.

El kit contiene dos placas de cebador para usar durante la reacción “A”. La placa de GC alto incluye cebadores aleatorios ajustados para >50 % de contenido de GC, mientras que la placa de GC bajo incluye cebadores ajustados para <50 % de contenido de GC. Los usuarios pueden optimizar su flujo de trabajo usando cualquiera de estas placas o combinándolas en una proporción 1:1 para tener un 40-60 % de GC. 

No en este momento.

Use la concentración de carga recomendada por defecto para la plataforma de secuenciación que usted utilice. Se debería determinar la molaridad usando el análisis de intervalo del principal pico objetivo del Agilent Bioanalyzer. Diluya en función de esa cuantificación, no el modo de tamaño de pico o la estimación de molaridad por defecto.  

La desmultiplexación de bibliotecas de 96-plex Twist es diferente al proceso estándar. Los distintos códigos de barras de las muestras están en línea como parte de R1, en lugar de en la ubicación estándar i5. Debido a esto, las herramientas bcl2fastq2 y BCLconvert de Illumina no reconocen el código de barras de la muestra individual y, en su lugar, combinan todos los pocillos juntos en un único archivo FASTQ a nivel de placa durante la desmultiplexación, basándose en el índice sencillo i7. 

Para resolver esto, los usuarios de 96-plex deben seguir un proceso de desmultiplexación de dos pasos. Primero, los archivos BCL por ciclo deben convertirse en un FASTQ a nivel de placa y, luego, debe seguir una segunda conversión de los archivos FASTQ a nivel de placa en archivos FASTQ específicos de la muestra. Recomendamos usar el software de código abierto fgbio DemuxFastqs para producir FASTQ por muestra. Vea la guía de desmultiplexación en el sitio web de Twist para obtener más información.

The Twist 96-Plex Library Preparation Kit can be found on Twist’s eCommerce site.  In the SARS application, search for either 104951 or 104950; this will bring up the Twist 96-Plex Library Preparation Kit, 4x96 samples ($4,300) or 10x96 samples ($9,600).

El kit proporciona todos los reactivos necesarios para preparar hasta 960 bibliotecas listas para secuenciador; no obstante, los clientes tendrán que proporcionar el equipamiento de laboratorio y los reactivos habituales, como puntas de pipetas, un soporte magnético y EDTA. Dispone de una lista completa en el protocolo.  

El cliente también es responsable de proporcionar recursos informáticos para la desmultiplexación. Twist proporciona una guía para realizar la desmultiplexación de muestras.

Ofrecemos dos configuraciones de tamaño de kit.

La primera es suficiente para hasta 960 muestras; el kit contiene suficientes reacciones para diez placas de 96 pocillos. No hace falta usar todo el kit de una vez, aunque se recomienda usar un mínimo de una placa por ciclo de secuenciación.

Our newest configuration is a 4x96 configuration kit that can do 384 samples. This kit offers the same workflow and per-sample cost benefits as the 10x96 kit, but provides a lower overall price and sample volume that may be more suitable for new customers looking to try out the product or for customers with discrete projects involving less than 960 samples. 

Puede encontrar más información sobre el producto en el sitio web de Twist, incluidos enlaces a la hoja de producto, el protocolo y la guía sobre desmultiplexación. 

Sí, pero la desmultiplexación se debe hacer de forma independiente, una por cada tipo de biblioteca. Vea la guía de desmultiplexación para obtener instrucciones concretas.

La cantidad de introducción recomendada es 50 ng, que debería producir unos 200 ng de biblioteca final. Este resultado variará en función de las condiciones de selección del tamaño de las microesferas utilizadas. Se recomienda introducir ADN de alto peso molecular. Recomendamos evitar muestras degradadas, como FFPE, con este kit.

El protocolo de preparación de bibliotecas 96-plex está en el sitio web de Twist. 

Como el mecanismo de cambio de índice está ligado al cambio de adaptador, no es probable que ello afecte a las bibliotecas de 96-plex, ya que utilizan un código de barras en línea. Además, el paso final de selección del tamaño basado en las microesferas durante la preparación de la biblioteca debería minimizar la presencia de adaptadores sueltos en la biblioteca final.