Paneles personalizados

La herramienta de envío de paneles personalizados le permite crear paneles personalizados para el enriquecimiento del objetivo basado en la hibridación. Admite diseños que tengan como objetivo símbolos genéticos, coordenadas genómicas y secuencias de sondas.

Seleccione “New Panel (Nuevo panel)” y proporcione un nombre exclusivo para su panel.

Introduzca las secuencias de sondas directamente en formato FASTA y compruebe que todas las sondas sean de entre 80 pb y 120 pb de longitud, y de la misma longitud.

Introduzca las coordenadas genómicas en formato BED (crom., inicio, detención). Los SNP se pueden introducir como RSID o coordenadas en formato BED. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio y detención, y proporcione opcionalmente los rsID. Especifique los niveles de mosaico según sea necesario. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Sí, Twist puede diseñar un panel personalizado para la secuenciación por metilación dirigida. Puede encontrar una nota de la aplicación aquí.

El número TE está incluido en el nombre del panel de cualquier panel diseñado anteriormente (por ejemplo, TE-91234567). El ID de envío en línea se encuentra en el correo electrónico de confirmación que recibió tras el envío (por ejemplo, TE-91234567).

La longitud estándar de la sonda para un panel personalizado es de 120 pb; sin embargo, ofrecemos longitudes de sonda personalizadas (80, 100, 120 pb, por ejemplo). Todas las sondas de un panel deben tener la misma longitud.

Puede incluir símbolos genéticos, coordenadas genómicas, SNP o secuencias de sondas.

Proporcione un identificador único para cada sonda y la secuencia de sondas utilizando solo bases A, T, C y G.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice nuestra hoja de envío White Glove/envío fuera de línea. Primero, descargue uno de nuestros formularios de envío, complete sus objetivos y luego proporcione sus datos junto con el formulario rellenado. Un miembro del equipo de Twist se pondrá en contacto con usted acerca de su solicitud.

Si necesita ayuda adicional, póngase en contacto con nuestro equipo de asistencia mediante el enlace proporcionado en la herramienta. También puede acceder a vídeos y una guía explicativos del proceso de envío.

Si el genoma de referencia deseado no está disponible, puede introducir un genoma de referencia personalizado y proporcionar un enlace para que el equipo de diseño acceda. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

Puede seleccionar la base de datos de transcripción (RefSeq, Gencode, CCDS), especificar bases adicionales en intrones y elegir regiones para cubrir en cada gen.

Seleccione la opción de introducción manual e introduzca sus requisitos directamente en la tabla suministrada. Puede copiar y pegar de fuentes externas.

Proporcione sus datos de contacto para que nuestro equipo pueda ponerse en contacto con usted en caso de que tengan preguntas sobre su diseño. Una vez finalizado, pulse “Submit (Enviar)” para enviar su solicitud de diseño a nuestro equipo.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice la hoja de envío prémium.

Si el genoma de referencia deseado no está disponible, puede introducir un genoma de referencia personalizado y proporcionar un enlace para que el equipo de diseño acceda. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

El mosaico especifica la superposición entre las sondas. El valor predeterminado es un mosaico 1x (sin superposición), pero puede aumentarlo para las regiones que sean difíciles de enriquecer.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio, detención en la tabla proporcionada. También puede añadir anotaciones opcionales y especificar niveles de mosaico. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Descargue el archivo de plantilla, rellénelo con los detalles del objetivo y cargue el archivo completado mediante la interfaz.

Asegúrese de que todas las sondas enviadas sean correctas y estén finalizadas. Realice las ediciones necesarias antes de pasar al envío.

Seleccione la opción de introducción manual e introduzca sus requisitos directamente en la tabla suministrada. Puede copiar y pegar de fuentes externas.

At Twist, we have developed a filter to remove probes which have significant overlap with repetitive genomic elements (eg. SINE/LINE). La eliminación de estas sondas es necesaria ya que pueden afectar negativamente al rendimiento del panel al capturar regiones fuera del objetivo no deseadas. La rigurosidad de filtrado repetido determina la rigurosidad del filtro en la eliminación de sondas que se superponen con elementos genómicos muy repetitivos. Las opciones incluyen High (Alta), Medium (Media, predeterminada) y Low (Baja) rigurosidad. Recomendamos que los usuarios sigan nuestra recomendación predeterminada de Medium (Media).

En los sistemas de coordenadas basados en 0, la primera posición de una secuencia se cuenta como 0, no 1. Por ejemplo, en un sistema basado en 0, el primer nucleótido de un cromosoma está en la posición 0, el segundo, en la posición 1, etc. Esto es diferente de los sistemas de coordenadas basados en 1, en los que el primer nucleótido está en la posición 1. Muchas herramientas bioinformáticas, incluido el navegador del genoma de la USCC, utilizan coordenadas basadas en 0 para especificar ubicaciones genómicas.

Las funciones avanzadas incluyen opciones como el filtrado repetido, que están recomendadas para usuarios experimentados, ya que pueden afectar al rendimiento del panel.

Introduzca las coordenadas genómicas en formato BED (crom., inicio, detención). Los SNP se pueden introducir como RSID o coordenadas en formato BED. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Sí, además de diseñar paneles para fusiones y SNP, Twist también puede diseñar paneles para virus, MSI (inestabilidades de microsatélites), variantes estructurales, variantes de número de copias (CNV) e InDels (inserciones/eliminaciones).

Las opciones incluyen exones de codificación (predeterminada), todos los exones (codificación + UTR), el gen completo (exones + intrones) o regiones personalizadas.

El número TE está incluido en el nombre del panel de cualquier panel diseñado anteriormente (por ejemplo, TE-91234567). El ID de envío en línea se encuentra en el correo electrónico de confirmación que recibió tras el envío (por ejemplo, OTE-91234567).

La herramienta de envío de paneles personalizados le permite crear paneles personalizados para el enriquecimiento del objetivo basado en la hibridación. Admite diseños que tengan como objetivo símbolos genéticos, coordenadas genómicas y secuencias de sondas.

Seleccione “New Panel (Nuevo panel)” y proporcione un nombre exclusivo para su panel.

Introduzca las secuencias de sondas directamente en formato FASTA y compruebe que todas las sondas sean de entre 80 pb y 120 pb de longitud, y de la misma longitud.

Introduzca las coordenadas genómicas en formato BED (crom., inicio, detención). Los SNP se pueden introducir como RSID o coordenadas en formato BED. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio y detención, y proporcione opcionalmente los rsID. Especifique los niveles de mosaico según sea necesario. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Sí, Twist puede diseñar un panel personalizado para la secuenciación por metilación dirigida. Puede encontrar una nota de la aplicación aquí.

El número TE está incluido en el nombre del panel de cualquier panel diseñado anteriormente (por ejemplo, TE-91234567). El ID de envío en línea se encuentra en el correo electrónico de confirmación que recibió tras el envío (por ejemplo, TE-91234567).

La longitud estándar de la sonda para un panel personalizado es de 120 pb; sin embargo, ofrecemos longitudes de sonda personalizadas (80, 100, 120 pb, por ejemplo). Todas las sondas de un panel deben tener la misma longitud.

Puede incluir símbolos genéticos, coordenadas genómicas, SNP o secuencias de sondas.

Proporcione un identificador único para cada sonda y la secuencia de sondas utilizando solo bases A, T, C y G.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice nuestra hoja de envío White Glove/envío fuera de línea. Primero, descargue uno de nuestros formularios de envío, complete sus objetivos y luego proporcione sus datos junto con el formulario rellenado. Un miembro del equipo de Twist se pondrá en contacto con usted acerca de su solicitud.

Si necesita ayuda adicional, póngase en contacto con nuestro equipo de asistencia mediante el enlace proporcionado en la herramienta. También puede acceder a vídeos y una guía explicativos del proceso de envío.

Si el genoma de referencia deseado no está disponible, puede introducir un genoma de referencia personalizado y proporcionar un enlace para que el equipo de diseño acceda. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

Puede seleccionar la base de datos de transcripción (RefSeq, Gencode, CCDS), especificar bases adicionales en intrones y elegir regiones para cubrir en cada gen.

Seleccione la opción de introducción manual e introduzca sus requisitos directamente en la tabla suministrada. Puede copiar y pegar de fuentes externas.

Proporcione sus datos de contacto para que nuestro equipo pueda ponerse en contacto con usted en caso de que tengan preguntas sobre su diseño. Una vez finalizado, pulse “Submit (Enviar)” para enviar su solicitud de diseño a nuestro equipo.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice la hoja de envío prémium.

Si el genoma de referencia deseado no está disponible, puede introducir un genoma de referencia personalizado y proporcionar un enlace para que el equipo de diseño acceda. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

El mosaico especifica la superposición entre las sondas. El valor predeterminado es un mosaico 1x (sin superposición), pero puede aumentarlo para las regiones que sean difíciles de enriquecer.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio, detención en la tabla proporcionada. También puede añadir anotaciones opcionales y especificar niveles de mosaico. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Descargue el archivo de plantilla, rellénelo con los detalles del objetivo y cargue el archivo completado mediante la interfaz.

Asegúrese de que todas las sondas enviadas sean correctas y estén finalizadas. Realice las ediciones necesarias antes de pasar al envío.

Seleccione la opción de introducción manual e introduzca sus requisitos directamente en la tabla suministrada. Puede copiar y pegar de fuentes externas.

At Twist, we have developed a filter to remove probes which have significant overlap with repetitive genomic elements (eg. SINE/LINE). La eliminación de estas sondas es necesaria ya que pueden afectar negativamente al rendimiento del panel al capturar regiones fuera del objetivo no deseadas. La rigurosidad de filtrado repetido determina la rigurosidad del filtro en la eliminación de sondas que se superponen con elementos genómicos muy repetitivos. Las opciones incluyen High (Alta), Medium (Media, predeterminada) y Low (Baja) rigurosidad. Recomendamos que los usuarios sigan nuestra recomendación predeterminada de Medium (Media).

En los sistemas de coordenadas basados en 0, la primera posición de una secuencia se cuenta como 0, no 1. Por ejemplo, en un sistema basado en 0, el primer nucleótido de un cromosoma está en la posición 0, el segundo, en la posición 1, etc. Esto es diferente de los sistemas de coordenadas basados en 1, en los que el primer nucleótido está en la posición 1. Muchas herramientas bioinformáticas, incluido el navegador del genoma de la USCC, utilizan coordenadas basadas en 0 para especificar ubicaciones genómicas.

Las funciones avanzadas incluyen opciones como el filtrado repetido, que están recomendadas para usuarios experimentados, ya que pueden afectar al rendimiento del panel.

Introduzca las coordenadas genómicas en formato BED (crom., inicio, detención). Los SNP se pueden introducir como RSID o coordenadas en formato BED. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Sí, además de diseñar paneles para fusiones y SNP, Twist también puede diseñar paneles para virus, MSI (inestabilidades de microsatélites), variantes estructurales, variantes de número de copias (CNV) e InDels (inserciones/eliminaciones).

Las opciones incluyen exones de codificación (predeterminada), todos los exones (codificación + UTR), el gen completo (exones + intrones) o regiones personalizadas.

El número TE está incluido en el nombre del panel de cualquier panel diseñado anteriormente (por ejemplo, TE-91234567). El ID de envío en línea se encuentra en el correo electrónico de confirmación que recibió tras el envío (por ejemplo, OTE-91234567).