Paneles de secuenciación de última generación (NGS)

Las sondas de Twist para el enriquecimiento del objetivo son ADN bicatenario que se dirigen a ambas hebras para mejorar la sensibilidad. También se pueden usar para enriquecer objetivos a partir de bibliotecas de ADNc obtenidas a partir de ARN.

Sí. Contacte con customersupport@twistbioscience.com o con su administrador de cuentas para obtener más información.

Yes, Twist can design panels using 80bp, 100bp, and 120bp probe lengths.  However, it is recommended you consult with your local Twist Account Manager for more information.

No fabricamos sondas de ARN. Sin embargo, nuestras sondas de ADN se pueden utilizar para enriquecer objetivos de bibliotecas de ADNc elaboradas a partir de ARN.

No hay limitaciones de tamaño en los diseños de paneles personalizados.

Actualmente, estamos utilizando un modelo patentado para predecir si una sonda será o no difícil de detectar mediante la secuenciación de Illumina. Las entradas de este modelo incluyen contenido de GC, complejidad global (medida como el número de kmers distintos contenidos en una secuencia de sonda), complejidad local (medida como el número de kmers distintos dentro de una región limitada de una secuencia) y presencia de homopolímeros.

Generalmente, las sondas con contenido de GC > 85 %, homopolímeros de más de 20 nucleótidos o repeticiones en tándem de di o trinucleótidos de más de 30 nucleótidos serán difíciles de secuenciar.

Sí, además de diseñar paneles para fusiones y SNP, Twist también puede diseñar paneles para virus, MSI (inestabilidades de microsatélites), variantes estructurales, variantes de número de copias (CNV) e InDels (inserciones/eliminaciones).

Sí, Twist puede diseñar un panel personalizado para la secuenciación por metilación dirigida. An application note can be found here.

Puede seleccionar la base de datos de transcripción (RefSeq, Gencode, CCDS), especificar bases adicionales en intrones y elegir regiones para cubrir en cada gen.

Seleccione la opción de introducción manual e introduzca sus requisitos directamente en la tabla suministrada. Puede copiar y pegar de fuentes externas.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio, detención en la tabla proporcionada. También puede añadir anotaciones opcionales y especificar niveles de mosaico. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Introduzca las secuencias de sondas directamente en formato FASTA y compruebe que todas las sondas sean de entre 80 pb y 120 pb de longitud, y de la misma longitud.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio y detención, y proporcione opcionalmente los rsID. Especifique los niveles de mosaico según sea necesario. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Asegúrese de que todas las sondas enviadas sean correctas y estén finalizadas. Realice las ediciones necesarias antes de pasar al envío.

Si el genoma de referencia deseado no está disponible, puede introducir un genoma de referencia personalizado y proporcionar un enlace para que el equipo de diseño acceda. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

Seleccione “New Design (Nuevo diseño)” y proporcione un nombre exclusivo para su panel.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice nuestra hoja de envío White Glove/envío fuera de línea. Primero, descargue uno de nuestros formularios de envío, complete sus objetivos y luego proporcione sus datos junto con el formulario rellenado. Un miembro del equipo de Twist se pondrá en contacto con usted acerca de su solicitud.

Descargue el archivo de plantilla, rellénelo con los detalles del objetivo y cargue el archivo completado mediante la interfaz.

La longitud estándar de la sonda para un panel personalizado es de 120 pb; sin embargo, ofrecemos longitudes de sonda personalizadas (80, 100, 120 pb, por ejemplo). Todas las sondas de un panel deben tener la misma longitud.

En los sistemas de coordenadas basados en 0, la primera posición de una secuencia se cuenta como 0, no 1. Por ejemplo, en un sistema basado en 0, el primer nucleótido de un cromosoma está en la posición 0, el segundo, en la posición 1, etc. Esto es diferente de los sistemas de coordenadas basados en 1, en los que el primer nucleótido está en la posición 1. Muchas herramientas bioinformáticas, incluido el navegador del genoma de la USCC, utilizan coordenadas basadas en 0 para especificar ubicaciones genómicas.

Las funciones avanzadas incluyen opciones como el filtrado repetido, que están recomendadas para usuarios experimentados, ya que pueden afectar al rendimiento del panel.

Las opciones incluyen exones de codificación (predeterminada), todos los exones (codificación + UTR), el gen completo (exones + intrones) o regiones personalizadas.

Proporcione un identificador único para cada sonda y la secuencia de sondas utilizando solo bases A, T, C y G.

Introduzca las coordenadas genómicas en formato BED (crom., inicio, detención). Los SNP se pueden introducir como RSID o coordenadas en formato BED. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Proporcione sus datos de contacto para que nuestro equipo pueda ponerse en contacto con usted en caso de que tengan preguntas sobre su diseño. Una vez finalizado, pulse “Submit (Enviar)” para enviar su solicitud de diseño a nuestro equipo.

En Twist hemos desarrollado un filtro para eliminar las sondas con una superposición significativa con elementos genómicos repetitivos (por ejemplo, SINE/LINE). La eliminación de estas sondas es necesaria ya que pueden afectar negativamente al rendimiento del panel al capturar regiones fuera del objetivo no deseadas. La rigurosidad de filtrado repetido determina la rigurosidad del filtro en la eliminación de sondas que se superponen con elementos genómicos muy repetitivos. Las opciones incluyen High (Alta), Medium (Media, predeterminada) y Low (Baja) rigurosidad. Recomendamos que los usuarios sigan nuestra recomendación predeterminada de Medium (Media).

La herramienta de envío de paneles personalizados le permite crear paneles personalizados para el enriquecimiento del objetivo basado en la hibridación. Admite diseños que tengan como objetivo símbolos genéticos, coordenadas genómicas y secuencias de sondas.

El mosaico especifica la superposición entre las sondas. El valor predeterminado es un mosaico 1x (sin superposición), pero puede aumentarlo para las regiones que sean difíciles de enriquecer.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice la hoja de envío prémium.

Puede incluir símbolos genéticos, coordenadas genómicas, SNP o secuencias de sondas.

El número TE está incluido en el nombre del panel de cualquier panel diseñado anteriormente (por ejemplo, TE-91234567). El ID de envío en línea se encuentra en el correo electrónico de confirmación que recibió tras el envío (por ejemplo, OTE-91234567).

Si necesita ayuda adicional, póngase en contacto con nuestro equipo de asistencia mediante el enlace proporcionado en la herramienta. También puede acceder a vídeos y una guía explicativos del proceso de envío.

Su solicitud de diseño se enviará a nuestro equipo de bioinformáticos altamente capacitados para evaluarla y diseñarla individualmente.

Las sondas de Twist para el enriquecimiento del objetivo son ADN bicatenario que se dirigen a ambas hebras para mejorar la sensibilidad. También se pueden usar para enriquecer objetivos a partir de bibliotecas de ADNc obtenidas a partir de ARN.

Esta herramienta le permite introducir sus requisitos de diseño de panel personalizado al equipo de Twist. Su diseño no se crea dentro de esta herramienta.

Seleccione el hipervínculo Recorrido rápido en la barra lateral correspondiente a la sección correspondiente de la herramienta en la que se encuentra.

Seleccione el hipervínculo del video instructivo en la barra lateral correspondiente a la sección correspondiente de la herramienta en la que se encuentra.

Puede seleccionar la base de datos de transcripción (RefSeq, Gencode, CCDS), especificar bases adicionales en intrones y elegir regiones para cubrir en cada gen.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio, detención en la tabla proporcionada. También puede añadir anotaciones opcionales y especificar niveles de mosaico. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Introduzca las secuencias de sondas directamente en formato FASTA y compruebe que todas las sondas sean de entre 80 pb y 120 pb de longitud, y de la misma longitud.

Introduzca el cromosoma y las posiciones de inicio y detención, y proporcione opcionalmente los rsID. Especifique los niveles de mosaico según sea necesario. Asegúrese de que las coordenadas se basen en 0.

Asegúrese de que todas las sondas enviadas sean correctas y estén finalizadas. Realice las ediciones necesarias antes de pasar al envío.

Seleccione “New Design (Nuevo diseño)” y proporcione un nombre exclusivo para su panel.

These complex targets require sophisticated probe placement strategies depending on the nature of the event. Para orientarlos mejor, siga nuestro proceso de envío fuera de línea.

Select "Update Design", enter a new panel name, and provide your previous TE number or Online Submission ID and update instructions. Tenga en cuenta que la herramienta no recuperará objetivos anteriores de su diseño anterior.

Descargue el archivo de plantilla/ejemplo, rellénelo con los detalles del objetivo y cargue el archivo completado mediante la interfaz.

No hay limitaciones para el tamaño de un panel Twist.

Utilice la opción de destino Genes y use la configuración específica del gen para introducir las transcripciones que desea seleccionar.

Specific requirements, for example covering promoters or 5’ UTR’s for specific genes or transcripts can be specified by toggling the gene specific settings and filling the ‘Extras’ column.

Si ha cometido un error o ha olvidado incluir un objetivo en su diseño, comuníquese con su gerente de cuenta de Twist o contacte con customersupport@twistbioscience.com proporcionando el ID de su envío. Luego puede volver a enviar sus requisitos de diseño a través de la herramienta de envío.

Para realizar modificaciones a un envío anterior, utilice el ID de envío que le enviamos por correo electrónico y seleccione “Update Design (Actualizar diseño)” dentro de la herramienta. Necesitará introducir el ID del envío anterior y especificar los cambios solicitados.

Para ayudar con la cobertura de los SNPS de anclaje y ayudar en la alineación, se puede solicitar un mosaico más alto de 4X para estos objetivos. No hay garantía de que las sondas sean específicas para su gen principal de interés.

En este caso, seleccione “custom reference genome (genoma de referencia personalizado)” y proporcione un enlace al genoma de su elección. Asegúrese de que se pueda acceder al genoma de referencia.

Los objetivos que sabe que son difíciles de capturar, debido a extremos en el contenido de GC o la presencia de pseudogenes, por ejemplo, pueden beneficiarse de un mayor mosaico. Para estos objetivos, especifique un mosaico de 4X.

En los sistemas de coordenadas basados en 0, la primera posición de una secuencia se cuenta como 0, no 1. Por ejemplo, en un sistema basado en 0, el primer nucleótido de un cromosoma está en la posición 0, el segundo, en la posición 1, etc. Esto es diferente de los sistemas de coordenadas basados en 1, en los que el primer nucleótido está en la posición 1. Muchas herramientas bioinformáticas, incluido el navegador del genoma de la USCC, utilizan coordenadas basadas en 0 para especificar ubicaciones genómicas. Puede encontrar más información aquí.

Las funciones avanzadas incluyen opciones como el filtrado repetido, que están recomendadas para usuarios experimentados, ya que pueden afectar al rendimiento del panel.

Las opciones incluyen exones de codificación (predeterminada), todos los exones (codificación + UTR), el gen completo (exones + intrones) o regiones personalizadas.

Proporcione un identificador único para cada sonda y la secuencia de sondas utilizando solo bases A, T, C y G.

Proporcione sus datos de contacto para que nuestro equipo pueda ponerse en contacto con usted en caso de que tengan preguntas sobre su diseño. Una vez finalizado, pulse “Submit (Enviar)” para enviar su solicitud de diseño a nuestro equipo.

La herramienta de envío de paneles personalizados le permite crear paneles personalizados para el enriquecimiento del objetivo basado en la hibridación. Admite diseños que tengan como objetivo símbolos genéticos, coordenadas genómicas y secuencias de sondas.

El mosaico especifica la cantidad de sondas diferentes que cubren un nucleótido determinado en el objetivo enviado. El valor predeterminado es el mosaico 1X, que implica que las sondas se coloquen de extremo a extremo sin superposición, lo que garantiza que cada nucleótido objetivo esté cubierto por una sonda. En el mosaico 2X se introduciría una superposición entre las sondas para garantizar que cada nucleótido esté cubierto por 2 sondas. Le sugerimos que aumente el mosaico para las regiones difíciles de enriquecer.

El mosaico especifica la cantidad de sondas diferentes que cubren un nucleótido determinado en el objetivo enviado. El valor predeterminado es el mosaico 1X, que implica que las sondas se coloquen de extremo a extremo sin superposición, lo que garantiza que cada nucleótido objetivo esté cubierto por una sonda. En el mosaico 2X se introduciría una superposición entre las sondas para garantizar que cada nucleótido esté cubierto por 2 sondas. Le sugerimos que aumente el mosaico para las regiones difíciles de enriquecer.

Actualmente la herramienta admite diseños de ADN. Para los diseños de ARN o metilación, utilice nuestra hoja de envío White Glove/envío fuera de línea. La puede encontrar aquí.

You can include gene symbols/transcript accession IDs, genomic coordinates, SNPs, or probe sequences. Actualmente, los símbolos genéticos solo se admiten para genomas de referencia humanos.

Si necesita ayuda adicional, póngase en contacto con nuestro equipo de asistencia mediante el enlace proporcionado en la herramienta. También puede acceder a vídeos y una guía explicativos del proceso de envío.

Nos centramos en todas las transcripciones para garantizar una cobertura integral de todas las variaciones conocidas de un gen. Este enfoque captura todos los exones y variantes de empalme posibles, lo que proporciona flexibilidad para aplicaciones posteriores y reduce el riesgo de perder regiones relevantes. Dirigir la atención a todas las transcripciones es especialmente beneficioso cuando se desconoce la isoforma específica de interés o cuando se trabaja con diversos tipos de muestras u objetivos de investigación.

Cada base de datos tiene anotaciones únicas debido a diferencias en los modelos genéticos, definiciones de transcripciones o actualizaciones de genomas específicos. Al centrarnos en todos, garantizamos la cobertura más completa y relevante para su aplicación.

Sí, los archivos .bed de objetivos de Exome 2.0 para hg38 y hg19 están disponibles en el sitio web de Twist, en la sección Recursos técnicos, o puede hacer clic aquí.

Además de proporcionar paneles personalizados, Twist también ofrece los paneles fijos siguientes:

1. Exoma nuclear humano
   • 33 Mb de tamaño
   • Cubre el 99 % de las variantes ClinVar
2. Panel de exoma de ratón
   • Basado en el ensamblaje del genoma de ratón mm10
   • 37,7 Mb de tamaño
3. Exoma humano completo
   • 36,8 Mb de tamaño
   • Cubre >99 % de las bases de datos RefSeq, CCDS y GENCODE
4. Panel panviral
   • Contiene más de 600 000 sondas
   • Targets >1,000 viral pathogens
5. Panel del SARS-CoV-2
   • Targets about 30 kb viral genome with approximately 1,000 probes
   • Puede detectar una cantidad tan reducida como 10 copias del virus
6. Panel RefSeq humano
   • Añade 3,6 Mb de contenido al panel del exoma nuclear
7. Panel mitocondrial humano
   • Cubre 16 569 pb y 37 genes del genoma mitocondrial humano
   • Can be used as a primary panel or as a spike-in
8. Panel de investigaciones de virus respiratorios Twist
   • Contiene 41 047 sondas que cubren virus de los 6 clados virales principales
   • Mosaico 4x como mínimo para cada virus

Para obtener más información, haga clic aquí.