Controles sintéticos

Our mpox virus controls are not ISO certified. To respond quickly to the public health need, we decided to launch the controls without an ISO certification. However, we are open to getting these SKUs ISO certified.  Please let us know if you are interested in ISO certification.

Twist provides a suite of research tools and NGS products, including custom controls and reference standards for mpox, respiratory diseases including coronaviruses, influenza viruses, paramyxoviruses and enteroviruses as well as liquid biopsy and cancers. If your product of interest is not included in our offering, like panels or controls, please contact your sales manager or customer support at customersupport@twistbioscience.com.  We will help you with potential custom solutions.

The Twist Synthetic human mpox controls have a concentration within 50% to 200% of the targeted 100,000 copies/µl as determined by ddPCR (T1 assay), or between 50,000 to 200,000 copies/µL. The Certificate of Analysis document reports out at least 100,000 copies/µL fragments concentration with a range of 25% to 400%, or 25,000 - 400,000 copies/µL per fragment.

Cada uno de los controles de la mpox contiene 100 µl a fragmentos 1 x 10^5 copias/µl.

Las secuencias de la mpox se proporcionan bajo petición. Si tiene alguna duda, póngase en contacto con customersupport@twistbioscience.com.

• Twist Synthetic hMPXV Control 1 (EPI_ISL_13056236) 106051 (componente)/106056 (producto acabado)
• Twist Synthetic hMPXV Control 2 (NCBI:ON585037) 106055 (componente)/106059 (producto acabado)

Cada control cubre un 80-85 % del genoma del virus de la mpox.

Los controles se envían congelados con hielo seco. La temperatura de conservación recomendada es de -80 °C, pero los controles se pueden conservar a -20 °C para un almacenamiento a corto plazo.

Los controles de la mpox están validados y son compatibles con los protocolos de los CDC. Puede encontrar los protocolos de los CDC aquí.

We recommend starting with 1 µL per reaction and adjusting usage based on the results.

Hay dos clados: Congo Basin Clade (Control 1) and West Africa Clade (Control 2). Control 1 contains 154 fragments, while Control 2 contains 151 fragments. Each of the fragments is around 1.8kb.

Los controles de la mpox son controles de ADN bicatenario, de modo que cualquier compra que se realice desde fuera de EE. UU. requiere una licencia de exportación por cuestiones de bioseguridad. For US-based shipping, an export license will not be needed but please work with your NGS Account Manager to generate a quote and place an order. If you are based outside of the US, please contact customersupport@twistbioscience.com and provide your name and institution’s name and address.  Our customer support team will work with you to get your export license granted.

Repetitive sequences, areas of extremely high or low GC content, and homopolymers are excluded in the genome. It is challenging to target those regions.

Los controles y el panel de ARN del SARS-CoV-2 de Twist son para uso exclusivo en investigación.

The buffer used in SARS-CoV-2 RNA controls is 10 mM Tris-HCl and 0.1 mM EDTA with pH 8.0.

La vida útil de los controles de ARN es de 24 meses a partir de la fecha de fabricación. 

Las 456 variantes están almacenadas en un tubo.

Los controles para ADNlc Twist son ADN bicatenario. They are a mixture of synthetic “ctDNA” molecules designed and printed with Twist technology and spiked into the background cfDNA to form each specific VAF (variant allele frequency) level.

El estándar contiene muchas variantes difíciles de detectar, lo que incluye variantes estructurales e INDEL que van de 1 pb a 30 pb. La detección de las variantes individuales puede depender de qué alineador y configuración de alineación esté usando el cliente. These hard-to-detect variants are intended for experienced customers with their own analysis pipeline. Los SNV y las INDEL pequeñas (por ejemplo, 5 pb o menores) son más fáciles de detectar para los clientes.

The Twist background cfDNA high-fidelity non-amplified DNA is derived from our proprietary fragmentation process, and we have observed an extremely low mutation rate compared to competitor material.

Una vez preparado en una biblioteca con índices, no habrá problema en combinar este control con muestras de pacientes para una secuenciación simultánea.

Twist performs whole exome sequencing for the background cfDNA and utilizes a target capture on the 5% material, in addition to a ddPCR on the intermediate VAFs.

Twist performed a literature search to arrive at a list of curated, clinically-relevant (i.e. actionable) cancer-associated variants, as well as using the COSMIC database as a reference, where matching entries are available.  It includes the many prevalent variants in adult solid tumors. Las 456 variantes se dan en 85 genes únicos. Twist also separately annotates the set of clinically relevant variants (>140 of variants).

La configuración de variantes y su referencia precisa y secuencia alternativa se indican en el sitio web de Twist.

Twist ejecuta la NGS de enriquecimiento del objetivo en la VAF del 0 % y el 5 % para garantizar la detección y no detección, respectivamente, en todos los sitios de variantes. Asimismo, se confirman seis sitios en todos los niveles de VAF a través de ddPCR.

The Twist cfDNA is sourced from an immortalized cell line, which enables us to create large production lots with consistent lot to lot genotypes and performance.

Twist recomienda utilizar TE con bajo contenido en EDTA, que es Tris 10 mM pH 8, EDTA 0,1 mM. Si debe evitarse el EDTA por compatibilidad con los pasos posteriores, puede utilizarse el tampón de elución Qiagen (Tris-HCl 10 mM, pH 8).

Esta deleción se produce en el gen ATM en un contexto genómico con 10 T consecutivas. These consecutive Ts make the locus a "slippery" sequence, where the DNA polymerase replicating a copy of the genome can have the template strand slip relative to the strand being synthesized, leading to an INDEL.

The same effect has a high likelihood of occurring by the same mechanism when a PCR polymerase copies the sequence during library prep PCR. Así, es especialmente probable que este locus forme espontáneamente la secuencia de la variante debido al ciclo de PCR durante la preparación ordinaria de bibliotecas.

Cuando el alelo no está presente, cualquier muestra genómica humana (incluido el estándar de referencia pantumoral) mostrará una VAF elevada para esta mutación debido al error de PCR. (En la VAF pantumoral del 0 %, se muestra a una VAF superior al 99,8 % de otros sitios de variantes en el estándar). Thus, the background noise is higher due to the genomic context, meaning the Limit of Blank (LoB) of this variant is likely higher than other loci due to the sequence context.

Cuando el alelo está presente, la frecuencia alélica verdadera se añadirá “sobre” el nivel de ruido del locus, lo que significa que probablemente esta variante tendrá un nivel de detección (LoD) más alto que otros sitios de variantes.

El uso de adaptadores UMI (como los adaptadores UMI Twist) y el colapso de consenso o colapso dúplex puede ayudar a reducir el ruido en este locus debido al error de PCR en la preparación de las bibliotecas.

Las 456 variantes están confirmadas por NGS (tanto para una VAL del 0 % como del 5 %), y el 0,1 %, el 0,25 %, el 0,5 %, el 1 % y el 2 % se generan a partir de la dilución del 0 % y del 5 %. We selected a set of six representative and relevant variants across 0% to 5% VAFs for ddPCR, showing quantitative formulations and a continuous serial dilution.

El kit completo contiene 7. Si un tubo individual es de 3 ug, es un único tubo. La configuración de 300 ng de 2 tubos incluye 2 tubos.

Twist recomienda empezar por 30 ng de entrada inicial. El intervalo típico para una prueba de biopsias líquidas es de 20-30 ng.

Los fragmentos de las variantes son moléculas de ADN bicatenario con extremos romos. 

Twist ha comprobado que el material fuera un estándar apto en protocolos de preparación de bibliotecas de reparación de extremos y adición de cola de A (ERAT) sin fragmentación, así como en los protocolos de amplicones como ddPCR y qPCR. El rendimiento del estándar de referencia pantumoral v2 es similar al del v1 y a cualquier otra entrada de ADNbc en la preparación de bibliotecas.

La similitud del ADNlc de fondo de tipo salvaje Twist se deriva de líneas celulares y se trata con nuestro método patentado para que sea muy similar al perfil de fragmentación del ADNlc natural, que se caracteriza por un pico mononucleosómico pronunciado y un pico dinucleosómico secundario.

El ADN libre circulante se genera en un proceso biológico muy específico que da lugar a un perfil de longitud de fragmento característico. Por lo tanto, recomendamos preparar una biblioteca que no cambie el perfil de tamaño de ninguna manera: utilizando el “Kit de preparación de bibliotecas de fragmentación mecánica Twist” sin ningún tratamiento de fragmentación adicional. El tamaño de las inserciones de nuestra biblioteca es magnífico cuando utilizamos ese método. Hemos utilizado ampliamente los adaptadores UMI Twist en las muestras de ADNlc y funcionan muy bien para el consenso dúplex y para obtener buenas evaluaciones de las tasas de mutación.