Gene Synthesis Resources

Twist Bioscience confirma que la política sigue todos los requisitos del marco de cribado para la síntesis de ácidos nucleicos de la Oficina de Política de Ciencia y Tecnología de los Estados Unidos (OSTP).

Download the attestation here .

Twist Bioscience envía sus productos de ADN deshidratados o resuspendidos en tubos de microcentrífuga de 2 ml, placas de 96 pocillos o placas de 384 pocillos. El ADN deshidratado se envía a temperatura ambiente y el ADN resuspendido se envía congelado.

El ADN bicatenario y los oligonucleótidos monocatenarios son estables en la mayoría de las condiciones de almacenamiento de laboratorio estándar. Sin embargo, es importante considerar las prácticas recomendadas siguientes para mantener la alta calidad del ADN sintetizado por Twist Bioscience.

Twist recommends storing dried DNA for the following durations based on storage condition:

• Temperatura ambiente durante 3 meses.
• 4 °C durante 12 meses.
• -20 °C durante 24 meses.
• -80 °C para conservación a largo plazo.

Directrices de resuspensión

• Para la resuspensión, centrifugue brevemente el tubo o la placa antes su apertura, y resuspenda en amortiguador Tris-EDTA (TE) libre de nucleasas, pH 8,0 o Tris-HCl 10 mM, pH 8,0 hasta la concentración deseada.
• Se recomienda una concentración de al menos 10 ng/μl para la dilución de la solución madre, pero la concentración óptima deberá determinarse en función de la aplicación deseada.
• Prepare alícuotas de la solución madre y separe las alícuotas de trabajo para limitar las posibilidades de contaminación y reducir el número de ciclos de congelación/descongelación.
• Use alícuotas de trabajo tan pronto como sea posible después de la preparación y minimice la exposición a altas temperaturas.

ADN resuspendido

La resuspensión está disponible para algunos productos. Su ADN puede llegar en uno de los amortiguadores siguientes. Recomendamos centrifugar brevemente el tubo o la placa antes de su apertura.

• Elution buffer: 2 mM Tris-Cl, pH 8.5
• TE buffer: 10 mM Tris-Cl pH 8.0, 1 mM EDTA
• TE Buffer low EDTA: 10 mM Tris-Cl pH 8.0, 0.1 mM EDTA
• Agua

No recomendamos la conservación prolongada en agua.

Twist recommends storing resuspended DNA for the following durations based on storage condition:

• Temperatura ambiente durante 3 meses.
• 4 °C durante 12 meses.
• -20 °C durante 24 meses.
• -80 °C para conservación a largo plazo.

Todos nuestros productos de síntesis de genes clonados están verificados por secuencia NGS.

Los fragmentos de genes no se verifican mediante secuenciación de última generación (NGS). Con una tasa de error baja para la síntesis de genes, estimamos que necesitará secuenciar aproximadamente 3, 4 o 6 colonias para fragmentos de genes de 600, 1200 o 1800 pb respectivamente con el fin de obtener un clon de secuencia perfecta con un 99 % de confianza.

Gene products are typically delivered as a dried-down product unless otherwise specified.

Los genes clonados se entregan clonados en un vector del catálogo de Twist o en su propio vector personalizado. Gene Fragments are delivered as linear, double stranded sequences with or without flanking adapters.

Entregamos las secuencias de genes en placas de 96/384 pocillos. For small orders of fewer than 10 genes, the genes can be delivered in tubes at no additional cost. Para pedidos con 10 o más genes, los pedidos de tubos tienen un coste adicional de 50 USD por pedido.

Los productos de ADN de Twist se secan y se envían en placas de 96/384 pocillos o en tubos de microcentrífuga de 2 ml. Aunque los ADN bicatenarios son estables en la mayoría de las condiciones de almacenamiento estándar, recomendamos lo siguiente para mantener un ADN de alta calidad:

• Una vez recibido, centrifugue brevemente el tubo o la placa, y resuspenda el ADN en amortiguador Tris-EDTA (TE) sin nucleasa, pH 8,0 o Tris-HCl 10 mM, pH 8,0 hasta la concentración deseada.
• No recomendamos la resuspensión en agua.
• Se recomienda una concentración de al menos 10 ng/ul para una solución madre, pero será necesario determinar la concentración óptima según la aplicación deseada.
• Prepare alícuotas de la solución madre y separe las alícuotas de trabajo para limitar las posibilidades de contaminación y reducir el número de ciclos de congelación/descongelación.
• Para un almacenamiento a largo plazo, congele el ADN a -20 °C hasta un máximo de un año o a -80 °C para un almacenamiento aún más prolongado.

Resuspension guideline can be found here .

Sí, hay un cargo adicional de 10 USD por gen.

Twist puede clonar productos de síntesis de genes de hasta 5000 pb en cualquiera de los vectores de nuestro catálogo. También ofrecemos clonación en su propio vector personalizado.

El único vector proporcionado por Twist que contiene una secuencia Kozak es pTwist ENTR Kozak. Todos los vectores restantes de clonación, expresión y estructura principal de anticuerpos ofrecidos por Twist Bioscience NO contienen secuencias Kozak o péptido señal (líder). Twist recomienda incluir una Kozak (GCCGCCACC o variante) junto con una secuencia señal cuando se planea expresar proteínas en sistemas de expresión de mamíferos.

No, en este momento, Twist no tiene vectores de expresión en plantas; sin embargo, podemos incorporar un vector personalizado siempre que cumpla con nuestros requisitos.

Puede encontrar la tabla de precios para los productos de genes clonados haciendo clic aquí.

If you need to contact your Account Manager regarding pricing, their contact information is available in eCommerce under Account.

Puede encontrar la tabla de precios para los productos de fragmentos de gen haciendo clic aquí.

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Puede utilizar los siguientes métodos para clonar fragmentos de genes con adaptadores:

• Restriction digestion/Ligation - place restriction sites inside of the Twist adapters for easy cloning.
• Type IIS or Golden Gate - place restriction sites inside of the Twist adapters for easy cloning.
• TOPO cloning (blunt-end) - the adapter sequences will be cloned in as well.
• Gateway cloning - add attB sites to the ends of your sequence.

For more information, click here.

Para los fragmentos de genes con adaptadores, los adaptadores universales se sintetizan en los extremos de cada fragmento. Los adaptadores tienen una longitud de 21-22 nucleótidos. Los fragmentos con estos adaptadores son compatibles con varios métodos de ensamblaje, a saber, clonación por restricción, digestión/ligadura, puerta de enlace, Golden Gate y TOPO.

La adición de sitios de restricción dentro de los adaptadores se puede utilizar para eliminar los adaptadores. La clonación TOPO funcionará, pero dejará los adaptadores.

SECUENCIAS DE ADAPTADORES

Para pedidos recibidos antes del 9 de agosto de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
Adaptador 3': AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5’ – GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – insert – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG – 3'

Para pedidos recibidos entre el 9 de agosto de 2021 y el 1 de noviembre de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
Adaptador 3': AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5’-CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT–inserto–AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG-3'

Para pedidos recibidos después del 2 de noviembre de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': CAATCCGCCCTCACTACAACCG
Adaptador 3': CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5’-CAATCCGCCCTCACTACAACCG–inserto–CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA-3'

* Los adaptadores son secuencias cortas añadidas a cada extremo del inserto como parte de nuestro proceso de síntesis. Los fragmentos de gen sin estos adaptadores también están disponibles durante el proceso de pago.

If you have any questions about your order, please contact us at customersupport@twistbioscience.com.

Sí, los fragmentos de genes pasan por una limpieza basada en microesferas; sin embargo, los fragmentos cortos pueden arrastrarse en pequeñas cantidades.

Para pedidos recibidos antes del 9 de agosto de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
Adaptador 3': AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5’ – GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – insert – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG – 3'

Para pedidos recibidos entre el 9 de agosto de 2021 y el 1 de noviembre de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
Adaptador 3': AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5’-CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT–inserto–AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG-3'

Para pedidos recibidos después del 2 de noviembre de 2021, las secuencias del adaptador son como sigue:

Adaptador 5': CAATCCGCCCTCACTACAACCG
Adaptador 3': CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5’-CAATCCGCCCTCACTACAACCG–inserto–CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA-3'

* Los adaptadores son secuencias cortas añadidas a cada extremo del inserto como parte de nuestro proceso de síntesis. Los fragmentos de gen sin estos adaptadores también están disponibles durante el proceso de pago.

If you have any questions about your order, please contact us at customersupport@twistbioscience.com.

Aquí hay una lista de organismos que son compatibles con la optimización de codones en nuestro sitio web:

• Arabidopsis thaliana
• Aspergillus niger
• Aspergillus oryzae
• Bacillus subtilis
• Brassica napus
• Caenorhabditis elegans
• Cricetulus griseus (CHO)
• Drosophila melanogaster
• Escherichia coli
• Glycine max
• Homo sapiens
• Hypocrea jecorina
• Medicago sativa
• Mus musculus
• Nicotiana tabacum
• Petunia x hybrida
• Pichia pastoris
• Pisum sativum
• Rattus norvegicus
• Saccharomyces cerevisiae
• Solanum tuberosum
• Spodoptera frugiperda
• Streptomyces coelicolor A3(2)
• Sus scrofa
• Toxoplasma gondii
• Xenopus laevis
• Yarrowia lipolytica
• Zea mays

If you do not see your specific organism, contact customersupport@twistbioscience.com.

Actualmente, no podemos sintetizar genes que son calificados como imposibles. Hay varios factores que hacen que nuestro algoritmo califique un gen como imposible y los parámetros específicos son exclusivos de la secuencia del gen. Nuestro algoritmo está patentado y se ha desarrollado mediante aprendizaje automático. Además del aprendizaje automático, nuestro algoritmo tiene en cuenta los siguientes factores:

• %GC 25-65 %
• Longitud máxima del homopolímero < 10
• Baja homología

Una combinación única de lo anterior es un reflejo de la puntuación de secuencia genética específica de imposible.

Para mantener la expresión de proteínas de tipo salvaje:

• Evitamos el uso de codones raros (aquellos con una frecuencia de codones < 8 %).
• Nos aseguramos de que las secuencias no tengan horquillas fuertes (ΔG < -8) en los primeros 48 pares de bases de las secuencias resultantes.
• Verificamos ambas hebras para asegurarnos de que no contengan los sitios de corte de enzimas que nos pidió que evitáramos.
• Evitamos la introducción de secuencias promotoras internas a las secuencias de expresión evitando la creación de sitios de unión fuerte a sigma70.
• Evitamos secuencias que creen sitios de unión fuerte a ribosomas (GGAGG y TAAGGAG).
• Evitamos secuencias que creen secuencias terminadoras (TTTTT o AAAAA).

Para mejorar la probabilidad de éxito en la fabricación:

• No introduciremos ninguna repetición de más de 20 pares de bases.
• Evitamos series de homopolímeros de 10 o más bases.
• Evitamos secuencias ajustadas que crean un % de GC global de menos del 25 % o de más del 65 % y ventanas de GC locales (50 pb) de menos del 35 % o de más del 65 %.

Tenga en cuenta que la optimización de codones es útil para mejorar las posibilidades de una síntesis exitosa, no la expresión de proteínas.

Los problemas de síntesis se deben principalmente a la presencia de estructuras repetitivas, contenido de GC extremo y homopolímeros. Utilizamos un método de aprendizaje automático para determinar la probabilidad de éxito. Por este motivo, en la mayoría de los casos no se puede apuntar a una única razón que justifique el rechazo de una secuencia. La complejidad o el rechazo suelen deberse, más bien, a una combinación de características que aportan a una secuencia un determinado nivel de complejidad. Las únicas normas de aplicación estricta son las siguientes:

• Evitar homopolímeros >= 14 bp
• No incluir CcdB (sistema de toxinas-antitoxinas de tipo II)

Si surge algún problema, recomendamos no realizar, o reducir al mínimo, las repeticiones, las regiones con contenido de GC extremo y los homopolímeros. Destacaremos las regiones más problemáticas si su secuencia es compleja, no se puede construir, o contiene secuencias que entran en conflicto con nuestros procesos internos.

Después de enviar sus secuencias de genes a nuestro sitio web, se calificarán automáticamente para determinar la viabilidad del ensamblaje:

Estándar: No se han encontrado errores. Se ha determinado que la secuencia del gen es de complejidad general “estándar” (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.).

Compleja: No se han encontrado errores. Existen algunas complejidades en la secuencia (por ejemplo, longitud, contenido de GC, homología, etc.), pero no se prevé ningún problema para sintetizar su gen. En raras ocasiones, las secuencias pueden experimentar un aumento del tiempo de entrega o riesgo de fallo de fabricación.

Error: La secuencia del gen contiene errores. Haga clic en la secuencia para obtener más detalles sobre cómo resolverlos.

No aceptada: La secuencia contiene elementos que imposibilitan su síntesis. Vea las explicaciones detalladas que acompañan al mensaje de error o consulte las “Directrices de diseño”.

Acerca del sistema de puntuación

Nuestro sistema de puntuación adopta un modelo de aprendizaje automático que analiza y combina múltiples parámetros de secuencia (es decir, porcentaje global de GC, longitud máxima de homopolímero, longitud máxima de repetición, longitud de secuencia, densidad de repetición, etc.). Este modelo se ha entrenado utilizando nuestros datos históricos de fabricación y proporciona una estimación más precisa del resultado satisfactorio de la producción de genes y anticuerpos.

Acerca de los mensajes de PROBLEMAS

Warnings: Se asocian con el riesgo de fallos, según la predicción del modelo de aprendizaje automático. Cuanto mayor sea el número de advertencias, mayor será la probabilidad de obtener una puntuación de “No aceptada”.

Errores: No están asociados a la complejidad de los genes y pueden solucionarse corrigiendo el diseño de estos últimos.

Our website will accept amino acid sequences and convert them to a DNA sequence for synthesis. At the upload sequences page, select the Amino Acid Sequence option.

Make sure your input only contains Amino Acid one-letter characters. We support only the standard 20 one-letter code characters.

Un “ * ” al final de las secuencias de aminoácidos marca un codón de detención (no agregamos codones de detención automáticamente).

Se seleccionarán los codones utilizados con más frecuencia, en función de la tabla de uso de codones que elija.

Si no ve su organismo específico, contacte con customersupport@twistbioscience.com para obtener ayuda.

Nota para genes clonados: No todos los vectores de expresión Twist contienen maquinaria de expresión estándar antes del punto de inserción. Recomendamos verificar la secuencia de la estructura de plásmido final haciendo clic en Download Sequences (Descargar secuencias) después de seleccionar el vector deseado.

Los clientes tienen la opción de solicitar grupos de oligonucleótidos, fragmentos de genes y genes clonados.

El tamaño de los oligonucleótidos (ADN monocatenario lineal) en un grupo de oligonucleótidos puede variar de 20 pb a 300 pb.

Los fragmentos de genes son ADN bicatenario lineal que puede variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.

Los genes clonados son ADN bicatenario que se ha clonado en uno de los vectores Twist o en un vector personalizado proporcionado por el cliente. Los genes clonados pueden variar en tamaño entre 300 pb y 5000 pb de longitud.