La enfermedad mínima residual (MRD) es la presencia de un pequeño número de células cancerígenas malignas que permanecen en el cuerpo tras una intervención terapéutica exitosa. La MRD puede persistir a niveles bajos en pacientes que pueden estar en remisión o no mostrar ningún síntoma fenotípico. Los niveles detectables de MRD son un factor de riesgo de recurrencia, ya que las células cancerígenas en el cuerpo pueden metastatizar y proliferar con el tiempo. Aunque las tecnologías convencionales de vigilancia, como la obtención de imágenes radiográficas, son métodos muy sensibles, el número de células cancerígenas restantes puede ser tan pequeño que no las detecten hasta que aparezcan los síntomas de recurrencia.

El control de las MRD puede conseguirse mediante biopsias líquidas, que permiten realizar pruebas diagnósticas de sangre u otros fluidos corporales. Este enfoque tiene el potencial de detectar células cancerígenas residuales antes que los métodos de vigilancia estándar, lo que permite una intervención terapéutica precoz. Para ello, se utiliza el ADN tumoral circulante (ADNtc) como biomarcador en las pruebas de MRD de las biopsias líquidas. Un enfoque común es generar un perfil de variante del tumor principal de un paciente a través de la secuenciación de exomas completos o genomas completos justo antes del tratamiento. Entonces, se selecciona un subconjunto de variantes específicas del paciente de este tumor principal y se diseña un pequeño panel de enriquecimiento del objetivo (panel de MRD) contra estas variantes de interés. Después del tratamiento, las pruebas repetidas de MRD se utilizarán para controlar la recurrencia de la enfermedad del paciente a intervalos de tiempo establecidos, de modo que pueda evaluarse la reaparición en sangre de los biomarcadores de ADNtc seleccionados.

The Twist Bioscience MRD Rapid 500 Panel is a scalable target enrichment solution for monitoring minimal residual disease that leverages Twist’s silicon based DNA synthesis platform to design and manufacture capture panels for personalized medicine. Twist’s proprietary design algorithms and a streamlined manufacturing pipeline enable design automation, synthesis, and rapid turnaround time of as few as 6 business days from the time of order. Diseñe una red más amplia para caracterizar por completo la respuesta adyuvante a nivel genómico con paneles de MRD que van de 50 a 500 sondas por panel y son compatibles con el flujo de trabajo de preparación de bibliotecas de NGS y captura híbrida existente.

VENTAJAS

Velocidad y escalabilidad inigualables

  • Capture variantes de interés con paneles de 50 a 500 sondas
  • Solicite hasta 150 paneles de cada vez
  • Paneles enviados en 6 días laborables

Diseños de panel personalizados

  • Diseños de panel de archivo BED coordinado de objetivos de variantes
  • Filtre las secuencias de sondas sobre regiones repetitivas para mejorar el rendimiento de la captura
  • Ahorre en costes totales de secuenciación

Información del panel

  • Un único plex para 12 pruebas
  • Variantes: SNV e inserciones/eliminaciones pequeñas
  • CC: qPCR
  • Certificación ISO-13485
  • Método de entrega: tubos de matriz
  • Diseños compatibles con hg19 y hg38

Flujo de trabajo de laboratorio

  • Compatible con los flujos de trabajo de hibridación y preparación de bibliotecas Twist
  • Protocolo de hibridación recomendado: MRD Standard Hyb 2,0

Diseños de panel personalizados

Twist MRD Rapid 500 Panels make the most of your sequencing data by providing industry leading uniform capture technology and streamlined design process. Save on overall sequencing costs with exceptional off target and fold 80 capture performance rates. Controle todas las variantes de interés con cobertura para cada uno de sus objetivos.

Twist has designed five 200 probe MRD panels which specifically target somatic variants found in Breast, Lung, CRC, Melanoma and Renal Cell Carcinoma. Asimismo, Twist ha aprovechado su kit establecido de preparación mecánica de bibliotecas con el sistema de adaptadores de UMI Twist y un protocolo de enriquecimiento del objetivo recientemente optimizado para mejorar aún más el rendimiento del panel de MRD. 

Results show that the upgraded system dramatically improves small panel performance that can reduce the off-target rates in each panel to as low as 10–15% with uniform coverage across all targets of interest.

 

Eventos fuera de objetivo reducidos

El rendimiento del panel de captura, especialmente de paneles con pocas sondas, depende de la especificidad de las secuencias de sondas con respecto a las regiones objetivo del genoma. Las especies de sondas con elementos repetitivos superpuestos ubicados en todo el genoma pueden hibridizar no solo a regiones de interés, sino también a muchos otros fragmentos de biblioteca no deseados, lo que provoca el desperdicio de las secuencias. 

Twist MRD Rapid 500 Panels are designed using proprietary filtering algorithms that will screen probes from a panel if they are predicted to result in increased off target sequencing data. Las sondas con elementos repetitivos superpuestos pueden provocar eventos fuera de objetivo impredecibles. Sin los filtros para elementos repetitivos, como se muestra en la figura siguiente, la tasa fuera de objetivo podría ser moderada (panelA sin filtro) o alta (panelB sin filtro). Sin embargo, al filtrar las sondas problemáticas, las tasas fuera de objetivo son sistemáticamente bajas (filtro panelA y filtro panelB).

CÓDIGOS DE REFERENCIA DE LOS PRODUCTOS

105878

Panel Twist MRD Rapid 500, 12 pruebas

Puntos destacados del producto

Nombre de producto

Panel MRD Rapid 500, 12 pruebas

Número mínimo de sondas

50

Número máximo de sondas

500

Formato de archivo de entrada compatible

Plantilla de archivo BED de objetivos (consulte Recursos)

Número máximo de paneles por pedido

150

Control de calidad

qPCR

Método de entrega

tubos de matriz

Ensamblajes de genoma de diseño compatibles

hg19, hg38

Tiempo de respuesta

Paneles enviados en 6 días laborables

Panel MRD Rapid 500 Twist 

Guía de referencia para solicitar y diseñar paneles MRD Rapid 500 Twist
Soluciones de paneles personalizados Twist: Guía de decisiones

Protocolo de enriquecimiento del objetivo de hibridación estándar de Twist v2 para la aplicación MRD

Archivo BED, plantilla MRD Rapid 500 Twist

Soluciones de investigación biocientífica de Twist para la detección y monitorización temprana del cáncer

Detección de alta sensibilidad de mutaciones somáticas específicas de frecuencia ultrabaja para la monitorización de MRD

Solución para biopsias líquidas de NGS para la detección de MRD de alta sensibilidad
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