La propagación de brotes virales puede tener un impacto dramático en nuestro mundo. The emergence of the SARS-CoV-2 pandemic and epidemics such as the Mpox outbreak highlight the need for improved tools for detecting and surveilling novel viral pathogens. In order to address these, Twist has developed the Comprehensive Viral Research Panel which covers over 3,000 species of known viruses.
El diseño de este panel incorpora el uso del algoritmo CATCH (Compact Aggregation of Targets for Comprehensive Hybridization, agregación compacta de objetivos para una hibridación exhaustiva). Para detalles adicionales acerca de CATCH, consulte Metsky HC and Siddle KJ et al. Capturing sequence diversity in metagenomes with comprehensive and scalable probe design. Nature Biotechnology, 37(2), 160–168 (2019). doi: 10.1038/ s41587-018-0006-x
Detección de virus nuevos mediante el panel completo viral para investigación de Twist
De vectores a agentes accidentales: seguimiento de virus en biología
Descubra cómo un laboratorio está satisfaciendo la necesidad del sector mediante el panel completo viral para investigación de Twist
Hemos extraído secuencias de referencia de las bases de datos RefSeq, FluDB y VIPR para diseñar el 1 052 421 de sondas únicas que conforman el panel completo viral para investigación de Twist.
El panel abarca ampliamente cada familia viral que contenga al menos un virus que se sepa que afecta a los humanos, incluidos los adenovirus, coronavirus, flavivirus, norovirus, virus de la gripe, etc.
Además de los virus infecciosos que afectan a los humanos, el panel también abarca virus animales (por ejemplo, coronavirus del murciélago). Esto permite el descubrimiento de especies virales nuevas con independencia de su origen.
Su gran amplitud permite al panel completo viral para investigación de Twist detectar cepas virales nuevas y evolucionadas, incluidas las relacionadas con un brote en junio de 2020 de la gripe H1N1 entre trabajadores del sector porcino.
La selección natural de las glucoproteínas de la hemaglutinina (HA) de la gripe y de la espícula del coronavirus en animales han facilitado la transmisión zoonótica del SARS-CoV-2 y la gripe H1N1 a los humanos.
Aquí, mostramos que el panel completo viral para investigación de Twist puede utilizarse para detectar correctamente estas secuencias de difícil captura, lo que incluye la región de la espícula del recientemente descubierto coronavirus (RoBat-CoV GCCDC1 Singapore) y un segmento de HA aislada de un brote de junio de 2020 de gripe H1N1 entre trabajadores del sector porcino.
Nuestro panel proporcionó una cobertura >99,8 % de cada secuencia a una profundidad de al menos 1x.
Definimos la sensibilidad de no correspondencia del panel completo viral para investigación de Twist generando una serie de segmentos de HA con niveles definidos de variaciones de secuencias que varían del 5 % al 30 % con respecto a un segmento de HA de tipo salvaje.
La captura total se alcanzó con una cobertura 1x en muestras con una variación de secuencias de hasta el 10 %. Juntos, estos datos demostraron que el panel completo viral para investigación de Twist puede capturar secuencias virales muy evolucionadas.
El panel completo viral para investigación de Twist permite la detección múltiple de virus, lo que facilita aplicaciones metagenómicas en diferentes tipos de muestras.
En un análisis de coinfección, el panel capturó correctamente cuatro tipos de virus diferentes (astrovirus-ARNmc, virus BK-ADNbc, bocavirus-ADNmc y picobirnavirus-ARNbc) introducidos en ARN humano con tan solo 1,2 millones de lecturas.
El panel completo viral para investigación de Twist incluye el acceso a la herramienta de análisis web One Codex. Además de proporcionar asistencia al análisis, esta herramienta basada en la nube permite a los usuarios documentar sus esfuerzos destinados al descubrimiento de nuevos virus con informes imprimibles y figuras listas para su publicación.
One Codex simplifica el análisis de los datos de las secuencias obtenidos mediante el panel completo viral para investigación de Twist. Tras cargar los datos de las secuencias mediante una interfaz sencilla de arrastrar y colocar, los usuarios pueden generar un informe con los detalles del descubrimiento del nuevo virus en minutos. Los usuarios también pueden personalizar el flujo de trabajo bioinformático con sus propios umbrales de detección e interpretaciones.
La adquisición del panel completo viral para investigación de Twist incluye todo lo necesario para empezar a analizar sus resultados con One Codex, incluido un código de cupón e instrucciones detalladas. Learn more about this streamlined microbial analysis platform at onecodex.com
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