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INFORMACIÓN GENERAL DETECCIÓN DE VIRUS ANÁLISIS DE DATOS PEDIDOS Y ESPECIFICACIONES RECURSOS
INFORMACIÓN GENERAL

The Coronavirus pandemic led to a rapid response from the viral research and therapeutics community around the world. Estos equipos de investigación necesitan herramientas genómicas sólidas y fiables para clasificar y caracterizar muestras virales. Twist ofrece paneles de enriquecimiento del objetivo por NGS para uso exclusivo en investigación para la detección y caracterización del virus SARS-CoV-2. El panel tiene como objetivo unos genomas virales de 30 kb con aproximadamente 1000 sondas, diseñados contra el genoma del SARS-CoV-2 (GenBank: MN908947.3).

detección
Detección muy sensible
Detección de tan solo 10 copias de material viral con un enriquecimiento >100 000
Secuenciación
Más información sobre secuencias
Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor
Capacidad para identificar mutaciones virales
monitor
Para la supervisión y vigilancia del entorno
Evalúe la evolución viral con el paso del tiempo
Realice un seguimiento del origen de las cepas y los patrones de transmisión
When Detection Isn't Enough

Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]). 

  • Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra 
  • Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor 
  • Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas 
  • El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.  
     

Twist con el software de análisis de Biotia

 

The Coronavirus pandemic led to a rapid response from the viral research and therapeutics community around the world. Estos equipos de investigación necesitan herramientas genómicas sólidas y fiables para clasificar y caracterizar muestras virales. Twist ofrece paneles de enriquecimiento del objetivo por NGS para uso exclusivo en investigación para la detección y caracterización del virus SARS-CoV-2. El panel tiene como objetivo unos genomas virales de 30 kb con aproximadamente 1000 sondas, diseñados contra el genoma del SARS-CoV-2 (GenBank: MN908947.3).

detección
Detección muy sensible
Detección de tan solo 10 copias de material viral con un enriquecimiento >100 000
Secuenciación
Más información sobre secuencias
Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor
Capacidad para identificar mutaciones virales
monitor
Para la supervisión y vigilancia del entorno
Evalúe la evolución viral con el paso del tiempo
Realice un seguimiento del origen de las cepas y los patrones de transmisión
When Detection Isn't Enough

Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]). 

  • Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra 
  • Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor 
  • Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas 
  • El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.  
     

Twist con el software de análisis de Biotia

 

DETECCIÓN DE VIRUS

NGS para la detección de virus

La secuenciación de última generación (NGS) ofrece una identificación específica y de alto rendimiento de diferentes tipos de muestras, incluida la sangre, los hisopos nasales, las heces, etc. Sin embargo, en el caso de las infecciones virales, la secuenciación directa puede resultar un reto debido a la concentración extremadamente baja de los virus de interés y la presencia de una gran cantidad de otros elementos del huésped. La captura del objetivo utilizando sondas de hibridación basadas en el ADN para aislar secuencias específicas de una muestra genómica mixta puede aumentar la sensibilidad y la especificidad de los esfuerzos basados en la secuenciación de última generación (NGS).

Alta sensibilidad gracias a un diseño eficiente

Twist’s highly sensitive and accurate target capture enables efficient viral RNA detection. We demonstrate target enrichment’s ability to capture and detect the viral genome at varying numbers of viral copies spiked into human reference RNA. At high viral load (approximately 1 million copies), the complete genome is recovered even with only 25,000 reads*. While at lower copy numbers, coverage of large portions of the viral template is maintained. No reads from the negative control map to the viral template even when using 8 million mapped reads, demonstrating our detection at 10 copies represents true capture and not background contamination. Find out more in the App Note.

*When using COVID-Dx, 1 million reads are necessary for analytics.

Cobertura del genoma del panel de investigación del SARS-CoV-2 por secuenciación de última generación (NGS)
Flujo de trabajo sencillo a partir de ARN purificado para la secuenciación

El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se proporciona con un protocolo fácil de seguir a partir de muestras de ARN purificado para la secuenciación con componentes fácilmente disponibles.

Flujo de trabajo del panel de investigación del SARS-CoV-2 por secuenciación de última generación (NGS)

NGS para la detección de virus

La secuenciación de última generación (NGS) ofrece una identificación específica y de alto rendimiento de diferentes tipos de muestras, incluida la sangre, los hisopos nasales, las heces, etc. Sin embargo, en el caso de las infecciones virales, la secuenciación directa puede resultar un reto debido a la concentración extremadamente baja de los virus de interés y la presencia de una gran cantidad de otros elementos del huésped. La captura del objetivo utilizando sondas de hibridación basadas en el ADN para aislar secuencias específicas de una muestra genómica mixta puede aumentar la sensibilidad y la especificidad de los esfuerzos basados en la secuenciación de última generación (NGS).

Alta sensibilidad gracias a un diseño eficiente

Twist’s highly sensitive and accurate target capture enables efficient viral RNA detection. We demonstrate target enrichment’s ability to capture and detect the viral genome at varying numbers of viral copies spiked into human reference RNA. At high viral load (approximately 1 million copies), the complete genome is recovered even with only 25,000 reads*. While at lower copy numbers, coverage of large portions of the viral template is maintained. No reads from the negative control map to the viral template even when using 8 million mapped reads, demonstrating our detection at 10 copies represents true capture and not background contamination. Find out more in the App Note.

*When using COVID-Dx, 1 million reads are necessary for analytics.

Cobertura del genoma del panel de investigación del SARS-CoV-2 por secuenciación de última generación (NGS)
Flujo de trabajo sencillo a partir de ARN purificado para la secuenciación

El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se proporciona con un protocolo fácil de seguir a partir de muestras de ARN purificado para la secuenciación con componentes fácilmente disponibles.

Flujo de trabajo del panel de investigación del SARS-CoV-2 por secuenciación de última generación (NGS)
ANÁLISIS DE DATOS

Análisis de Biotia

El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se ha combinado con otros reactivos y análisis para crear una solución integral que abarca desde la recogida de la muestras hasta analíticas terciarias y proporciona el análisis de NGS del SARS-CoV-2.

El software Biotia COVID-DX (v1.0) proporciona un informe orientado a la investigación que incluye la secuencia completa del virus del SARS-CoV-2, lo que permite una mejor comprensión de las mutaciones, las variaciones genéticas y la evolución del virus como se transmite. Los archivos FASTQ (resultado de secuenciación) pueden generarse en los laboratorios y enviarse a Biotia COVID-DX (v1.0), un software basado en la nube, para generar informes de uso exclusivo en investigación. La compra de cada kit de análisis de NGS del SARS-CoV-2 incluye créditos para el análisis bioinformático de COVID-DX (v1.0) de cada muestra. 

Para recibir los créditos de análisis de Biotia, solo tiene que registrarse a través del portal del usuario de Biotia en www.biotia.io e introducir el número de pedido exclusivo que se le haya enviado una vez realizado el pedido. Estos créditos proporcionan acceso para ejecutar muestras mediante el componente de generación de informes del software.

Variantes genéticas identificadas

Las variantes genéticas se determinan mediante la alineación de la cepa de la prueba con el genoma de referencia del SARS-CoV-2 (NC_045512.2) con información sobre la ubicación/sitio del gen, la alteración y las notas bibliográficas, en su caso. 

 

SARS-CoV-2 detectado Gen Sitio (bp) Alteración Valor de referencia
GORF1ab 241 T No detectado
ORF1ab 478 T No detectado
ORF1ab 3.037 T No detectado
ORF1ab 14408* T No detectado
ORF1ab 18877 T No detectado
S 23403 G No detectado
3a 25563 T No detectado
3’UTR 29759 C No detectado

 

Resultados de la secuencia mapeados en el genoma.

Se indican el porcentaje de genoma del SARS-CoV-2 recuperado de la muestra de la prueba y las variantes genéticas identificadas en comparación con el genoma de referencia. Se muestra la proporción de variantes genéticas conocidas de cepas del SARS-CoV-2 de todo el mundo (parte inferior).

Resultados de la secuencia mapeados en el genoma.
Análisis filogenético y supervisión de vigilancia.

La muestra de la prueba está más estrechamente relacionada con el clado 20A.

Este clado se encuentra con mayor frecuencia entre las muestras secuenciadas en los Estados Unidos, Bélgica y Francia.

Análisis filogenético y supervisión de vigilancia.

Análisis de Biotia

El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se ha combinado con otros reactivos y análisis para crear una solución integral que abarca desde la recogida de la muestras hasta analíticas terciarias y proporciona el análisis de NGS del SARS-CoV-2.

El software Biotia COVID-DX (v1.0) proporciona un informe orientado a la investigación que incluye la secuencia completa del virus del SARS-CoV-2, lo que permite una mejor comprensión de las mutaciones, las variaciones genéticas y la evolución del virus como se transmite. Los archivos FASTQ (resultado de secuenciación) pueden generarse en los laboratorios y enviarse a Biotia COVID-DX (v1.0), un software basado en la nube, para generar informes de uso exclusivo en investigación. La compra de cada kit de análisis de NGS del SARS-CoV-2 incluye créditos para el análisis bioinformático de COVID-DX (v1.0) de cada muestra. 

Para recibir los créditos de análisis de Biotia, solo tiene que registrarse a través del portal del usuario de Biotia en www.biotia.io e introducir el número de pedido exclusivo que se le haya enviado una vez realizado el pedido. Estos créditos proporcionan acceso para ejecutar muestras mediante el componente de generación de informes del software.

Variantes genéticas identificadas

Las variantes genéticas se determinan mediante la alineación de la cepa de la prueba con el genoma de referencia del SARS-CoV-2 (NC_045512.2) con información sobre la ubicación/sitio del gen, la alteración y las notas bibliográficas, en su caso. 

 

SARS-CoV-2 detectado Gen Sitio (bp) Alteración Valor de referencia
GORF1ab 241 T No detectado
ORF1ab 478 T No detectado
ORF1ab 3.037 T No detectado
ORF1ab 14408* T No detectado
ORF1ab 18877 T No detectado
S 23403 G No detectado
3a 25563 T No detectado
3’UTR 29759 C No detectado

 

Resultados de la secuencia mapeados en el genoma.

Se indican el porcentaje de genoma del SARS-CoV-2 recuperado de la muestra de la prueba y las variantes genéticas identificadas en comparación con el genoma de referencia. Se muestra la proporción de variantes genéticas conocidas de cepas del SARS-CoV-2 de todo el mundo (parte inferior).

Resultados de la secuencia mapeados en el genoma.
Análisis filogenético y supervisión de vigilancia.

La muestra de la prueba está más estrechamente relacionada con el clado 20A.

Este clado se encuentra con mayor frecuencia entre las muestras secuenciadas en los Estados Unidos, Bélgica y Francia.

Análisis filogenético y supervisión de vigilancia.
Pedidos y especificaciones
PRODUCT SKUS - LIBRARY PREP + REAGENTS + RESEARCH PANEL + BIOTIA

104796

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 16 Samples

104797

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 96 Samples

104799

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 768 Samples
CÓDIGOS DE REFERENCIA DE LOS PRODUCTOS: PANEL DE INVESTIGACIÓN + BIOTIA

103564

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 2 reacciones, kit

103566

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 12 reacciones, kit

103567

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 96 reacciones, kit
CÓDIGOS DE REFERENCIA DE LOS PRODUCTOS: PANEL DE INVESTIGACIÓN

102016

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 2 reacciones, kit

102017

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 12 reacciones, kit

102018

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 96 reacciones, kit

Los controles sintéticos del ARN del SARS-CoV-2 Twist son únicamente para uso en investigación y están sujetos a restricciones de uso adicionales establecidas en los Términos y condiciones de suministro de Twist.

PRODUCT SKUS - LIBRARY PREP + REAGENTS + RESEARCH PANEL + BIOTIA

104796

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 16 Samples

104797

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 96 Samples

104799

Twist SARS-CoV-2 NGS Assay - RUO, 768 Samples
CÓDIGOS DE REFERENCIA DE LOS PRODUCTOS: PANEL DE INVESTIGACIÓN + BIOTIA

103564

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 2 reacciones, kit

103566

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 12 reacciones, kit

103567

Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 96 reacciones, kit
CÓDIGOS DE REFERENCIA DE LOS PRODUCTOS: PANEL DE INVESTIGACIÓN

102016

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 2 reacciones, kit

102017

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 12 reacciones, kit

102018

Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 96 reacciones, kit

Los controles sintéticos del ARN del SARS-CoV-2 Twist son únicamente para uso en investigación y están sujetos a restricciones de uso adicionales establecidas en los Términos y condiciones de suministro de Twist.

RECURSOS