Flujo de trabajo simplificado para una secuenciación de rendimiento ultraalto
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT de Twist ofrece una alternativa a las tecnologías basadas en micromatrices tradicionales gracias al uso de secuenciación de última generación (NGS) para estudios de población, agrigenómica y otras aplicaciones de rendimiento ultraalto. Gracias al uso combinado de la tecnología Normalization by LigationTM (NBL) de Twist con métodos de fragmentación enzimática, el kit ofrece normalización integrada de muestras en una amplia gama de entradas de ADN, lo que reduce a la vez el coste y la complejidad de los pasos típicos de procesamiento de muestras. La asignación temprana de códigos de barras a las muestras permite la agrupación posterior de doce muestras independientes en una reacción para un flujo de trabajo más optimizado y eficiente.
Descubra el enfoque de Twist con respecto a la secuenciación de rendimiento ultraalto
Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
* Basado en un flujo de trabajo de 8 pocillos frente a uno de 96 pocillos
Vea las especificaciones y los datos del producto detrás de nuestro kit de preparación de biblioteca de mayor rendimiento.
Vea cómo FlexPrep permite la genotipificación humana de alto rendimiento y se compara con las matrices.
Descargar la nota de la aplicación
Vea cómo un panel de captura Twist combinado con FlexPrep se compara con una matriz bovina de 70k en nuestra nota de aplicación.
Preguntas frecuentes
Flujo de trabajo simplificado para una secuenciación de rendimiento ultraalto
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT de Twist ofrece una alternativa a las tecnologías basadas en micromatrices tradicionales gracias al uso de secuenciación de última generación (NGS) para estudios de población, agrigenómica y otras aplicaciones de rendimiento ultraalto. Gracias al uso combinado de la tecnología Normalization by LigationTM (NBL) de Twist con métodos de fragmentación enzimática, el kit ofrece normalización integrada de muestras en una amplia gama de entradas de ADN, lo que reduce a la vez el coste y la complejidad de los pasos típicos de procesamiento de muestras. La asignación temprana de códigos de barras a las muestras permite la agrupación posterior de doce muestras independientes en una reacción para un flujo de trabajo más optimizado y eficiente.
Descubra el enfoque de Twist con respecto a la secuenciación de rendimiento ultraalto
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Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
* Basado en un flujo de trabajo de 8 pocillos frente a uno de 96 pocillos
Preguntas frecuentes
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT Twist adopta un nuevo enfoque de Normalization by LigationTM que elimina la necesidad de la normalización previa y la cuantificación intermedia, lo que optimiza el flujo de trabajo de secuenciación.
Las reacciones de fragmentación y ligadura se preparan en un pocillo por muestra. Los adaptadores usados durante la ligadura contienen códigos de barra en línea que permiten la agrupación de los 12 pocillos consecutivos en una placa de 96 pocillos. Las agrupaciones individuales se preparan con índices (UDI) añadidos por PCR para la desmultiplexación de la agrupación. El rendimiento de la secuenciación se puede maximizar gestionando hasta 1.152 muestras en un solo ciclo de secuenciación de un kit FlexPrep. Esta eficiencia incrementada se puede traducir en ahorros en costes y consumibles.
Normalización de la profundidad de lectura de NGS con entrada de masa de ADN variable. El porcentaje de los recuentos totales de lecturas identificado de cada biblioteca se calcula tras un índice doble único y la desmultiplexación de los códigos de barras en línea. La media con la normalización perfecta se calcula en un 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT genera bibliotecas de alta complejidad con una cobertura uniforme tras el enriquecimiento del objetivo. En combinación con los paneles personalizados Twist, FlexPrep ofrece una cobertura ajustable de SNP, k-meros, variantes estructurales y otras áreas genómicas de interés. Los materiales enriquecidos se submuestrearon a una cobertura media 75x. Se comunican métricas clave de enriquecimiento del objetivo de Picard.
Enriquecimiento del objetivo con 96-plexEntrada de masa de ADNg de 30 ng a 300 ng en la preparación de bibliotecas |
|
Métricas con un cobertura sin procesar 75x |
+/- desviación estándar media |
Bases seleccionadasCobertura media de objetivosQuimerasPenalización “fold-80 base”Bases cubiertas a 10XBases cubiertas a 20XBases cubiertas a 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
* Método usado: Se prepararon 96 bibliotecas con ADN genómico (ADNg) (NA12878) humano usando el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep UHT Twist y el protocolo de enriquecimiento del objetivo FlexPrep como un 96-plex con un panel personalizado de 800 kb antes de secuenciar en un Illumina NextSeq 550. Se generaron ocho grupos de bibliotecas de 12 muestras con un intervalo de entrada de masa variable de entre 30 ng y 300 ng en cada grupo de bibliotecas. ** Kits estándar basados en flujos de trabajo que usan fragmentación enzimática seguida por ligadura y PCR.*** Todos los gráficos, tablas, figuras de acuerdo con los datos internos de Twist a septiembre de 2024. Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT Twist adopta un nuevo enfoque de Normalization by LigationTM que elimina la necesidad de la normalización previa y la cuantificación intermedia, lo que optimiza el flujo de trabajo de secuenciación.
Las reacciones de fragmentación y ligadura se preparan en un pocillo por muestra. Los adaptadores usados durante la ligadura contienen códigos de barra en línea que permiten la agrupación de los 12 pocillos consecutivos en una placa de 96 pocillos. Las agrupaciones individuales se preparan con índices (UDI) añadidos por PCR para la desmultiplexación de la agrupación. El rendimiento de la secuenciación se puede maximizar gestionando hasta 1.152 muestras en un solo ciclo de secuenciación de un kit FlexPrep. Esta eficiencia incrementada se puede traducir en ahorros en costes y consumibles.
Normalización de la profundidad de lectura de NGS con entrada de masa de ADN variable. El porcentaje de los recuentos totales de lecturas identificado de cada biblioteca se calcula tras un índice doble único y la desmultiplexación de los códigos de barras en línea. La media con la normalización perfecta se calcula en un 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT genera bibliotecas de alta complejidad con una cobertura uniforme tras el enriquecimiento del objetivo. En combinación con los paneles personalizados Twist, FlexPrep ofrece una cobertura ajustable de SNP, k-meros, variantes estructurales y otras áreas genómicas de interés. Los materiales enriquecidos se submuestrearon a una cobertura media 75x. Se comunican métricas clave de enriquecimiento del objetivo de Picard.
Enriquecimiento del objetivo con 96-plexEntrada de masa de ADNg de 30 ng a 300 ng en la preparación de bibliotecas |
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Métricas con un cobertura sin procesar 75x |
+/- desviación estándar media |
Bases seleccionadasCobertura media de objetivosQuimerasPenalización “fold-80 base”Bases cubiertas a 10XBases cubiertas a 20XBases cubiertas a 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
* Método usado: Se prepararon 96 bibliotecas con ADN genómico (ADNg) (NA12878) humano usando el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep UHT Twist y el protocolo de enriquecimiento del objetivo FlexPrep como un 96-plex con un panel personalizado de 800 kb antes de secuenciar en un Illumina NextSeq 550. Se generaron ocho grupos de bibliotecas de 12 muestras con un intervalo de entrada de masa variable de entre 30 ng y 300 ng en cada grupo de bibliotecas. ** Kits estándar basados en flujos de trabajo que usan fragmentación enzimática seguida por ligadura y PCR.*** Todos los gráficos, tablas, figuras de acuerdo con los datos internos de Twist a septiembre de 2024. Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
FlexPrep para la genómica de poblaciones humanas
Con su capacidad de manejar grandes cohortes de manera eficiente y rentable, FlexPrep está diseñado para satisfacer las necesidades únicas de los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), la investigación de diversidad genética y otros proyectos genómicos de alto rendimiento.
Si bien muchos programas PopGen han adoptado fácilmente las tecnologías NGS, nuevas herramientas como FlexPrep maximizan las mayores capacidades de rendimiento de las plataformas de secuenciación actuales, reduciendo el coste por punto de datos.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para los estudios de cribado de variantes
| Secuenciación de última generación (NGS) con FlexPrep | NGS estándar | |
|---|---|---|
| Rendimiento | Hasta 1.152 muestras en una sola ejecución de secuenciación; admite enriquecimiento de 96 plex | Generalmente procesa una biblioteca por pocillo con multiplexación limitada |
| Complejidad del flujo de trabajo | La normalización por ligadura permite la entrada de ADN de 30-300 ng: no se requiere normalización | Más pasos iniciales e intermedios, incluidas la cuantificación y la normalización |
| Uso de consumibles | La agrupación de muestras reduce el uso de puntas y reactivos 12 veces | El aumento del uso de puntas y reactivos genera un mayor desperdicio y costes |
Secuenciación
Element Biosciences
Aprovechar el kit de hibridación Trinity Freestyle™ permite que FlexPrep maximice las capacidades de rendimiento de los secuenciadores Element. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador Trinity.
Enriquecimiento del objetivo
Twist Genotyping Panel Human - 600k
Twist Genotyping Panel - Human 600k alcanza una alta concordancia con los datos de matrices.Concordancia sin referencia del genoma completo (NRC) obtenida tras introducir todos los datos (secuenciación o matriz) en el panel de referencia de imputación Gencove v6.1.
Análisis
Gencove
Para agilizar los estudios genómicos de la población humana, Twist se ha asociado con Gencove. El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
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FlexPrep para la genómica de poblaciones humanas
Con su capacidad de manejar grandes cohortes de manera eficiente y rentable, FlexPrep está diseñado para satisfacer las necesidades únicas de los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), la investigación de diversidad genética y otros proyectos genómicos de alto rendimiento.
Si bien muchos programas PopGen han adoptado fácilmente las tecnologías NGS, nuevas herramientas como FlexPrep maximizan las mayores capacidades de rendimiento de las plataformas de secuenciación actuales, reduciendo el coste por punto de datos.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para los estudios de cribado de variantes
| Secuenciación de última generación (NGS) con FlexPrep | NGS estándar | |
|---|---|---|
| Rendimiento | Hasta 1.152 muestras en una sola ejecución de secuenciación; admite enriquecimiento de 96 plex | Generalmente procesa una biblioteca por pocillo con multiplexación limitada |
| Complejidad del flujo de trabajo | La normalización por ligadura permite la entrada de ADN de 30-300 ng: no se requiere normalización | Más pasos iniciales e intermedios, incluidas la cuantificación y la normalización |
| Uso de consumibles | La agrupación de muestras reduce el uso de puntas y reactivos 12 veces | El aumento del uso de puntas y reactivos genera un mayor desperdicio y costes |
Secuenciación
Element Biosciences
Aprovechar el kit de hibridación Trinity Freestyle™ permite que FlexPrep maximice las capacidades de rendimiento de los secuenciadores Element. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador Trinity.
Enriquecimiento del objetivo
Twist Genotyping Panel Human - 600k
Twist Genotyping Panel - Human 600k alcanza una alta concordancia con los datos de matrices.Concordancia sin referencia del genoma completo (NRC) obtenida tras introducir todos los datos (secuenciación o matriz) en el panel de referencia de imputación Gencove v6.1.
Análisis
Gencove
Para agilizar los estudios genómicos de la población humana, Twist se ha asociado con Gencove. El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
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FlexPrep para agrigenómica
A diferencia de las micromatrices que se han utilizado tradicionalmente para estudios de agrigenómica, el bajo coste, la flexibilidad de contenido y las capacidades de alto rendimiento de FlexPrep permiten una única plataforma para la genotipificación, el descubrimiento de marcadores y el mapeo fino. En comparación con la preparación de bibliotecas estándar, las mejoras del flujo de trabajo como la autonormalización entre tipos de muestras permiten a FlexPrep abordar grandes proyectos agrigenómicos como la cría de precisión, la selección genómica y las pruebas de paternidad.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para la agrigenómica
| Secuenciación de última generación (NGS) con FlexPrep | Micromatrices | |
|---|---|---|
| Integridad de los datos | Resolución integral de pares de bases en todo el genoma o regiones seleccionadas. | Limitada a variantes preseleccionadas; no apta para la detección de variantes nuevas. |
| Personalización del contenido | Paneles fácilmente personalizables con TAT rápido: apunte a cualquier gen, región o especie. | El contenido es fijo o semipersonalizado; los cambios requieren rediseño y nueva fabricación. |
| Coste y rendimiento | Menor coste por muestra a escala debido a la multiplexación (hasta 1152 muestras por ciclo) | Los costes aumentan muy poco para programas grandes o entre múltiples especies. |
Flujo de trabajo Twist para la agrigenómica
Extracción
Twist DNA Purification Kit
El módulo Twist DNA Purification Kit agiliza la preparación de muestras al llevar incluso las muestras más difíciles y “sucias” directamente a la preparación de bibliotecas FlexPrep. Construido sobre una innovadora química de extracción de lavado único, el kit elimina el ciclo tradicional de unión-lavado-elución, lo que reduce el tiempo de manipulación, el uso de consumibles y la complejidad del flujo de trabajo.
Vendido como un flujo de trabajo integrado con FlexPrep, el Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP Kit simplifica la extracción de ADN sin comprometer la calidad.
Secuenciación
Element Biosciences
Aprovechar el kit de hibridación Trinity Freestyle™ permite que FlexPrep maximice las capacidades de rendimiento de los secuenciadores Element. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador posibilitada por Trinity.
Análisis
Curio Genomics
Amplíe su investigación agrogenómica con el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT para la secuenciación de paso bajo y Curio Genomics para el análisis optimizado. La preparación de bibliotecas flexible de Twist se integra sin problemas con la plataforma Curio Genomics, lo que ofrece un procesamiento de alto rendimiento y una imputación eficiente y que permite un genotipado rentable en grandes poblaciones.
Gencove
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
Agilice la preparación de muestras y aborde las muestras sucias con un flujo de trabajo continuo de extracción y preparación de bibliotecas.
Vea cómo FlexPrep permite la genotipificación humana de alto rendimiento y se compara con las matrices.
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FlexPrep para agrigenómica
A diferencia de las micromatrices que se han utilizado tradicionalmente para estudios de agrigenómica, el bajo coste, la flexibilidad de contenido y las capacidades de alto rendimiento de FlexPrep permiten una única plataforma para la genotipificación, el descubrimiento de marcadores y el mapeo fino. En comparación con la preparación de bibliotecas estándar, las mejoras del flujo de trabajo como la autonormalización entre tipos de muestras permiten a FlexPrep abordar grandes proyectos agrigenómicos como la cría de precisión, la selección genómica y las pruebas de paternidad.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para la agrigenómica
| Secuenciación de última generación (NGS) con FlexPrep | Micromatrices | |
|---|---|---|
| Integridad de los datos | Resolución integral de pares de bases en todo el genoma o regiones seleccionadas. | Limitada a variantes preseleccionadas; no apta para la detección de variantes nuevas. |
| Personalización del contenido | Paneles fácilmente personalizables con TAT rápido: apunte a cualquier gen, región o especie. | El contenido es fijo o semipersonalizado; los cambios requieren rediseño y nueva fabricación. |
| Coste y rendimiento | Menor coste por muestra a escala debido a la multiplexación (hasta 1152 muestras por ciclo) | Los costes aumentan muy poco para programas grandes o entre múltiples especies. |
Flujo de trabajo Twist para la agrigenómica
Extracción
Twist DNA Purification Kit
El módulo Twist DNA Purification Kit agiliza la preparación de muestras al llevar incluso las muestras más difíciles y “sucias” directamente a la preparación de bibliotecas FlexPrep. Construido sobre una innovadora química de extracción de lavado único, el kit elimina el ciclo tradicional de unión-lavado-elución, lo que reduce el tiempo de manipulación, el uso de consumibles y la complejidad del flujo de trabajo.
Vendido como un flujo de trabajo integrado con FlexPrep, el Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP Kit simplifica la extracción de ADN sin comprometer la calidad.
Secuenciación
Element Biosciences
Aprovechar el kit de hibridación Trinity Freestyle™ permite que FlexPrep maximice las capacidades de rendimiento de los secuenciadores Element. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador posibilitada por Trinity.
Análisis
Curio Genomics
Amplíe su investigación agrogenómica con el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT para la secuenciación de paso bajo y Curio Genomics para el análisis optimizado. La preparación de bibliotecas flexible de Twist se integra sin problemas con la plataforma Curio Genomics, lo que ofrece un procesamiento de alto rendimiento y una imputación eficiente y que permite un genotipado rentable en grandes poblaciones.
Gencove
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
Agilice la preparación de muestras y aborde las muestras sucias con un flujo de trabajo continuo de extracción y preparación de bibliotecas.
Vea cómo FlexPrep permite la genotipificación humana de alto rendimiento y se compara con las matrices.
Vea cómo un panel de captura Twist combinado con FlexPrep se compara con una matriz bovina de 70k en nuestra nota de aplicación.
109220
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 192 muestras109223
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 192 muestras109224
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 1152 muestras109226
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 1152 muestras127857
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP Kit, 192 muestras127858
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP and Hyb Kit, 192 muestras127859
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP Kit, 1152 muestras127861
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP and Hyb Kit, 1152 muestras109220
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 192 muestras109223
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 192 muestras109224
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 1152 muestras109226
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 1152 muestras127857
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP Kit, 192 muestras127858
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP and Hyb Kit, 192 muestras127859
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP Kit, 1152 muestras127861
Twist FlexPrep™ UHT Pure Ag DNA LP and Hyb Kit, 1152 muestras
Ficha del producto
Seminario web
Seminario web
Una plataforma rentable basada en pan-genomas para la imputación de genotipos, el mapeo de QTL y el apoyo a la mejora genética
Nota de aplicación
Nota de aplicación
Genotipado agrogenómico completo y rentable en poblaciones de grandes de cultivos
Nota de aplicación
Genotipado de muestras bovinas preparadas con flujos de trabajo de enriquecimiento del objetivo y preparación de bibliotecas FlexPrep™ Twist
Nota de aplicación
Flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en la estación de trabajo Revvity Sciclone G3 NGSx
Nota de aplicación
Multiplexación de ultraalta capacidad con el flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en Hamilton NGS STAR
Guía/Directriz
Guía/Directriz
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT: Guía de desmultiplexación de muestras
Protocolo
Protocolo
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT con fragmentación enzimática y cebadores UDI Twist
Documento técnico
Póster
Vídeos
Vídeos
Solución de problemas con Twist: prácticas recomendadas para la preparación de bibliotecas FlexPrep UHT
Seminario web
Una plataforma rentable basada en pan-genomas para la imputación de genotipos, el mapeo de QTL y el apoyo a la mejora genética
Guía/Directriz
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT: Guía de desmultiplexación de muestras
Protocolo
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT con fragmentación enzimática y cebadores UDI Twist
Póster
Genotipado de muestras de tejido bovino mediante flujo de trabajo de preparación de bibliotecas de NGS multiplexada de alto rendimiento
Nota de aplicación
Genotipado agrogenómico completo y rentable en poblaciones de grandes de cultivos
Vídeos
Solución de problemas con Twist: prácticas recomendadas para la preparación de bibliotecas FlexPrep UHT
Nota de aplicación
Genotipado de muestras bovinas preparadas con flujos de trabajo de enriquecimiento del objetivo y preparación de bibliotecas FlexPrep™ Twist
Nota de aplicación
Flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en la estación de trabajo Revvity Sciclone G3 NGSx
Nota de aplicación
Multiplexación de ultraalta capacidad con el flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en Hamilton NGS STAR
