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Flujo de trabajo simplificado para una secuenciación de rendimiento ultraalto
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT de Twist ofrece una alternativa a las tecnologías basadas en micromatrices tradicionales gracias al uso de secuenciación de última generación (NGS) para estudios de población, agrigenómica y otras aplicaciones de rendimiento ultraalto. Gracias al uso combinado de la tecnología Normalization by LigationTM (NBL) de Twist con métodos de fragmentación enzimática, el kit ofrece normalización integrada de muestras en una amplia gama de entradas de ADN, lo que reduce a la vez el coste y la complejidad de los pasos típicos de procesamiento de muestras. La asignación temprana de códigos de barras a las muestras permite la agrupación posterior de doce muestras independientes en una reacción para un flujo de trabajo más optimizado y eficiente.
PUNTO DESTACADO DEL PRODUCTO
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Normalization by Ligation (NBL)
- Eliminación de la normalización previa
- Sin necesidad de cuantificación intermedia
- Trabaje con lotes de muestras con una amplia gama de entradas (de 30 ng a 300 ng)
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La agrupación temprana de muestras ahorra costos
- Agrupe 96 muestras en 8 tubos tras la reacción de ligadura
- Volúmenes de reacción miniaturizada en etapas anteriores
- Reducción de consumibles en etapas posteriores
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Diseñado para multiplexado de capacidad ultraalta
- Elimine la limitación del multiplexado por carril de células de flujo con una indexación de rendimiento ultraalto
- Multiplique la capacidad por 12 con la configuración de laboratorio existente*
- Admite 96 muestras por reacción de enriquecimiento del objetivo
Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
*Based on a 8 well vs 96 well workflow
Preguntas frecuentes
Normalization by LigationTM is Twist’s proprietary technology to eliminate upfront normalization and intermediate quantitation, which allows work with sample batches using a wide range of inputs (30 ng to 300 ng).
Gencove data and internal bovine ear clip data are available. At launch, we support Human and Bovine. Contact Customer Support to access this data.
The recommended input amount is 30 ng - 300 ng, which should produce ≥ 1000 ng of final library with fragment sizes between 400-450 bp. Fragmentation size is dependent upon fragmentation time. For details, please refer to the Twist FlexPrep UHT Library Prep Protocol.
The Twist FlexPrep UHT Library Preparation Kit is compatible with DNA of different quality, where the kit has been tested with FFPE of various quality and degraded DNA. Contact Customer Support if you have additional questions
Sí, el kit puede gestionar unidades de 12 muestras, hasta 192 muestras totales. Los kits están configurados para gestionar hasta 192 y 1152 muestras en cada lote. Si desea procesar menos de 192 y 1152 muestras, respectivamente, recomendamos llenar el resto de la placa con duplicados de muestras, lo que proporcionaría aún mayor confianza en los resultados de la secuenciación.
La normalización integrada elimina pasos
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT Twist adopta un nuevo enfoque de Normalization by LigationTM que elimina la necesidad de la normalización previa y la cuantificación intermedia, lo que optimiza el flujo de trabajo de secuenciación.
Simplicidad del flujo de trabajo
Las reacciones de fragmentación y ligadura se preparan en un pocillo por muestra. The adapters used during ligation contain inline barcodes that allow for the pooling of all 12 wells in a row of a 96-well plate. Las agrupaciones individuales se preparan con índices (UDI) añadidos por PCR para la desmultiplexación de la agrupación. Sequencing throughput can be maximized by running up to 1,152 samples in a single sequencing run from one FlexPrep kit. This increased efficiency can translate to cost and consumables savings.
Rendimiento normalizado con FlexPrep UHT*
Normalización de la profundidad de lectura de NGS con entrada de masa de ADN variable. El porcentaje de los recuentos totales de lecturas identificado de cada biblioteca se calcula tras un índice doble único y la desmultiplexación de los códigos de barras en línea. Average with perfect normalization is estimated at 1.04% (100/96).
Cobertura ajustable de las regiones de interés*
FlexPrep UHT genera bibliotecas de alta complejidad con una cobertura uniforme tras el enriquecimiento del objetivo. In combination with Twist Custom Panels, FlexPrep offers tunable coverage of SNPs, k-mers, structural variants, and other genomic areas of interest. Los materiales enriquecidos se submuestrearon a una cobertura media 75x. Se comunican métricas clave de enriquecimiento del objetivo de Picard.
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Target Enrichment using a 96-plex 30 ng to 300 ng gDNA Mass Input into Library Preparation |
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|---|---|
| Métricas con un cobertura sin procesar 75x | +/- desviación estándar media |
| Bases seleccionadas | 79,22 % +/- 0,54 % |
| Cobertura media de objetivos | 32,74 +/- 4,78 |
| Quimeras | 1,31 % +/- 0,38 % |
| Penalización “fold-80 base” | 1,416 +/- 0,044 |
| Bases cubiertas a 10X | 96,06 % +/- 0,94 % |
| Bases cubiertas a 20X | 85,41 % +/- 6,36 % |
| Bases cubiertas a 0X | 0,43 % +/- 0,04 % |
FlexPrep para la genómica de poblaciones humanas
With its ability to handle large cohorts efficiently and cost-effectively, FlexPrep is designed to meet the unique needs of genome-wide association studies (GWAS), genetic diversity research, and other high-throughput genomic projects.
Si bien muchos programas PopGen han adoptado fácilmente las tecnologías NGS, nuevas herramientas como FlexPrep maximizan las mayores capacidades de rendimiento de las plataformas de secuenciación actuales, reduciendo el coste por punto de datos.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para los estudios de cribado de variantes
NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP |
NGS ESTÁNDAR |
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|---|---|---|
| Rendimiento | Up to 1.152 samples in a single sequencting rub;supports 96-plex | Generalmente procesa una biblioteca por pocillo con multiplexación limitada |
| Complejidad del flujo de trabajo | La normalización por ligadura permite la entrada de ADN de 30-300 ng: no se requiere normalización | Más pasos iniciales e intermedios, incluidas la cuantificación y la normalización |
| Uso de consumibles | La agrupación de muestras reduce el uso de puntas y reactivos 12 veces | El aumento del uso de puntas y reactivos genera un mayor desperdicio y costes |
Secuenciación
Element Biosciences-1
Aprovechar el kit de hibridación Trinity Freestyle™ permite que FlexPrep maximice las capacidades de rendimiento de los secuenciadores Element. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador Trinity.
Enriquecimiento del objetivo
Twist Genotyping Panel - Human 600k
Twist Genotyping Panel - Human 600k achieves high concordance with array data. Concordancia sin referencia del genoma completo (NRC) obtenida tras introducir todos los datos (secuenciación o matriz) en el panel de referencia de imputación Gencove v6.1.
Análisis
Gencove
For streamlining human population genomics studies, Twist has partnered with Gencove. El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
FlexPrep para agrigenómica
A diferencia de las micromatrices que se han utilizado tradicionalmente para estudios de agrigenómica, el bajo coste, la flexibilidad de contenido y las capacidades de alto rendimiento de FlexPrep permiten una única plataforma para la genotipificación, el descubrimiento de marcadores y el mapeo fino. When compared to standard library preparation, workflow improvements like self-normalization across sample types allows FlexPrep to tackle large agrigenomic projects like precision breeding, genomic selection, and parentage testing.
Ventajas de la NGS frente a las plataformas tradicionales para la agrigenómica
NEXT-GENERATION SEQUENCING WITH FLEXPHEP |
MICROMATRICES |
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|---|---|---|
| Integridad de los datos | Comprehensive,base-pair resolution across genome or selected regions | Limited to pre selected variants;not well-suited for novel variant detection. |
| Personalización del contenido | Easily customizable panels with fast TAT - target any genes,regions, or species | Content is fixed or semi-custom;change require redesign and new manufacturing |
| Coste y rendimiento | Lower cost per sample at scale due to multiplexing (up to 1152 samle per ) | Los costes aumentan muy poco para programas grandes o entre múltiples especies. |
Flujo de trabajo Twist para la agrigenómica
Extracción
Twist DNA Purification Kit
El módulo Twist DNA Purification Kit agiliza la preparación de muestras al llevar incluso las muestras más difíciles y “sucias” directamente a la preparación de bibliotecas FlexPrep. Construido sobre una innovadora química de extracción de lavado único, el kit elimina el ciclo tradicional de unión-lavado-elución, lo que reduce el tiempo de manipulación, el uso de consumibles y la complejidad del flujo de trabajo.
Sold as a bundled workflow with FlexPrep, the Twist FlexPrep UHT Pure Ag DNA LP Kit simplifies DNA extraction without compromising quality.
Secuenciación
Element Biosciences
By leveraging the Trinity Freestyle™ Hybridization Kit, FlexPrep maximizes the throughput capabilities of Element sequencers. Este flujo de trabajo combina el ahorro de tiempo del flujo de trabajo sencillo de FlexPrep con el tiempo sin intervención que permite la química de enriquecimiento del secuenciador Trinity.
Análisis
Curio Genomics
Scale your agrigenomics research with FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit for low-pass sequencing and Curio Genomics for streamlined analysis. La preparación de bibliotecas flexible de Twist se integra sin problemas con la plataforma Curio Genomics, lo que ofrece un procesamiento de alto rendimiento y una imputación eficiente y que permite un genotipado rentable en grandes poblaciones.
Gencove
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrep™ UHT con el proceso de imputación de Gencove permite una detección de variantes muy fiable a partir de una cobertura de secuenciación reducida, lo que maximiza la eficiencia y el rendimiento, y le permite generar información valiosa a partir de datos de genotipado con una precisión excepcional y costes de secuenciación reducidos.
Una plataforma rentable basada en pan-genomas para la imputación de genotipos, el mapeo de QTL y el apoyo a la mejora genética
Nota de la aplicación para la genómica poblacional
Genotipado agrogenómico completo y rentable en poblaciones de grandes de cultivos
Genotipado de muestras bovinas preparadas con flujos de trabajo de enriquecimiento del objetivo y preparación de bibliotecas FlexPrep™ Twist
Flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en la estación de trabajo Revvity Sciclone G3 NGSx
Multiplexación de ultraalta capacidad con el flujo de trabajo Twist FlexPrep UHT automatizado en Hamilton NGS STAR
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT: Guía de desmultiplexación de muestras
Hoja de datos del kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT
Solución de problemas con Twist: prácticas recomendadas para la preparación de bibliotecas FlexPrep UHT
Twist Bioscience HQ
681 Gateway Blvd
South San Francisco, CA 94080
