La preparación de bibliotecas de secuenciación de última generación implica un proceso de varios pasos para fragmentar el ADN, reparar sus extremos, agregar adaptadores y amplificar el ADN resultante. Este proceso, que implica múltiples pasos de limpieza, requiere que el usuario vuelva frecuentemente al experimento entre incubaciones. Automatizar todo este proceso en un solo protocolo permite al usuario alejarse del banco de trabajo para realizar otras tareas. Aquí, describimos un protocolo automatizado para Opentrons Flex para preparar bibliotecas listas para secuenciar utilizando el kit de fragmentación enzimática (EF) de preparación de biblioteca Twist 2.0 y el sistema adaptador universal Twist.