El SARS-CoV-2, un virus de ARN monocatenario, es la causa de la pandemia de coronavirus 2019/2020. La PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR) es un método rápido para detectar casos de COVID-19 mediante el uso de cebadores para amplificar regiones de interés del virus SARS-CoV-2. Sin embargo, también existe la necesidad de pruebas altamente sensibles capaces de caracterizar todo el genoma viral, incluida cualquier mutación, para controlar la propagación y la evolución viral a lo largo del tiempo. Para responder a esta necesidad, diseñamos un panel de captura que incluye sondas para dirigirse al genoma de referencia completo del SARS-CoV-2 (MN908947.3). En esta nota de la aplicación, mostramos la detección de tan solo 10 copias de material viral con un enriquecimiento > 100 000 veces, una cobertura > 99,9 % del genoma a 1X o más después del enriquecimiento, e identificación de mutaciones en el control MN908947.3 del SARS-CoV-2.