Los flujos de trabajo de secuenciación de última generación (NGS) de alto rendimiento son necesarios para la investigación genómica poblacional que ayuda a la detección de SNP y al descubrimiento para la verificación genética, el cultivo/cría y el análisis del microbioma. El coste y el esfuerzo necesarios para el procesamiento de muestras individuales sigue siendo una barrera a la preparación de bibliotecas de NGS eficiente. Presentamos tecnologías innovadoras y fáciles de automatizar que reducen los costes y el tiempo de trabajo: Normalization by LigationTM (NBL) y multiplexado de la preparación de bibliotecas con códigos de barras en línea. Realizamos experimentos con nuestro flujo de trabajo de alto rendimiento en muestras bovinas reales y demostramos la concordancia de la detección de SNP con conjuntos de datos reales.