El nuevo panel de exoma de ARN de Twist utiliza una novedosa estrategia de diseño que tiene en cuenta los exones para dirigirse a isoformas codificantes de proteínas conocidas y propiciar el descubrimiento de nuevos genes de fusión. Hemos evaluado el rendimiento del panel y mostramos que las abundancias relativas de los transcritos se conservan tras la captura híbrida. También mostramos las mejoras en la eficiencia de la secuenciación y demostramos la capacidad de capturar nuevas variantes estructurales, como las fusiones de ARN comunes en los cánceres. Analizamos nuestro enfoque bioinformático para evaluar el rendimiento de la captura de ARN y los retos que plantea el análisis de experimentos de secuenciación de ARN.

Escuche en este taller cómo nuestros clientes se están beneficiando de la solución optimizada de secuenciación por metilación de Twist con el fin de estudiar los cambios epigenéticos en los humanos. Aprenda cómo han diseñado y optimizado sus flujos de trabajo, vea cómo su epigenética de exploración cambia como predictor de enfermedad y comprenda por qué han elegido soluciones de Twist para su investigación.

La enfermedad mínima/molecular residual (EMR) hace referencia al pequeño número de células tumorales que pueden permanecer en un paciente tras una intervención terapéutica. La detección de estos remanentes y la monitorización de su abundancia es un prometedor marcador pronóstico para identificar individuos en riesgo de recurrencia o que necesitan terapia adyuvante. Debido a la escasa abundancia de ADNtc presente en las muestras obtenidas durante la remisión, los análisis de EMR han de ser muy sensibles. Además, cada individuo tendrá un conjunto diferente de variantes somáticas, lo que requerirá soluciones personalizadas para su detección. Por lo tanto, para diagnosticar la MRD, se precisan análisis de NGS personalizados con alta sensibilidad y especificidad. Para responder a esta necesidad y favorecer las evaluaciones precisas de la MRD, Twist Bioscience ha desarrollado los paneles MRD Rapid 500. Este producto permite a los clientes diseñar, fabricar y enviar paneles MRD totalmente personalizados (hasta 500 objetivos) en tan solo seis días. Para demostrar la sensibilidad de detección de los paneles MRD Rapid 500 de Twist, hemos diseñado cinco paneles MRD personalizados que se dirigen específicamente a variantes somáticas presentes en el cáncer de mama, de pulmón y colorrectal, y en el melanoma y el carcinoma de células renales. Cada uno de estos paneles MRD se ha diseñado para incluir 197 objetivos, con entre 3 y 5 variantes por tejido de origen y una selección de mutaciones pasajeras. Las secuencias de sondas de cada panel se han diseñado para incorporar el alelo variante en el conjunto de muestras de prueba. Para crear el conjunto de muestras, hemos mezclado secuencias de variantes sintéticas con ADNg fragmentado de línea celular (NA12878) para formar una muestra artificial que se aproxima al perfil de ADN tumoral circulante y libre circulante. Se han creado cinco niveles de frecuencia con frecuencias alélicas variantes (FAV) medias del 0 % (WT), 0,01 %, 0,05 %, 0,1 % y 2 %. Libraries were prepared with UMI adapters and target enrichment was performed using the MRD panels.    With a sequencing depth of 80,000x, variant calling results revealed that an average of 20 SNV targets can be detected with confidence in the 0.01% VAF samples for each MRD panel, clearly distinguishable from the WT control samples. Además de demostrar la precisión de la llamada de variantes al tener como objetivo al alelo alternativo, mostramos la utilidad de dirigirse a un gran número de variantes para la detección de una firma MRD a niveles muy bajos (por ejemplo, FAV del 0,01 %).   En resumen, el comportamiento de los paneles MRD Rapid 500 Twist mostró una alta sensibilidad en la detección de mutaciones somáticas de frecuencia ultrabaja.