Conception de séquence

Notre site Web accepte les séquences d’acides aminés et les convertit en séquences d’ADN à des fins de synthèse.  Sur la page de chargement des séquences, sélectionnez l’option Séquence d’acides aminés.

Assurez-vous que votre saisie contient uniquement des caractères à une lettre pour les acides aminés. Nous ne prenons en charge que les 20 caractères de codage standard à une lettre.

La présence du signe « * » à la fin de vos séquences d’acides aminés indique un codon de terminaison (nous n’ajoutons pas automatiquement de codon de terminaison).

En fonction du tableau d’utilisation des codons que vous choisissez, les codons les plus fréquemment utilisés seront sélectionnés.            

Si vous ne voyez pas votre organisme spécifique, contactez [email protected] pour obtenir de l’aide.

Remarque sur les gènes clonaux : les vecteurs d’expression de Twist ne contiennent pas tous un mécanisme d’expression standard en amont du point d’insertion. Nous vous conseillons de bien vérifier la séquence de votre construction plasmidique en cliquant sur « Télécharger des séquences » après avoir sélectionné le vecteur que vous désirez.

Une fois que vous aurez envoyé vos séquences de gènes à notre site Web, ces séquences seront automatiquement évaluées pour déterminer la faisabilité de l’assemblage :

Standard : aucune erreur n’a été trouvée. Il a été déterminé que la séquence de gènes présente globalement une complexité « standard » (par exemple, longueur, teneur en GC, homologie, etc.). 

Complexe : aucune erreur n’a été trouvée. Certaines séquences sont complexes (longueur, teneur en GC, homologie, etc.), mais la synthèse de votre gène ne devrait pas poser de problème. Dans de rares cas, les séquences peuvent être soumises à un délai d’exécution plus long ou à un risque d’échec de production.

Erreur : la séquence de gènes contient des erreurs. Veuillez cliquer sur la séquence pour obtenir plus de détails sur la manière de les résoudre.

Non accepté : La séquence contient des éléments qu’il nous est impossible de synthétiser. Veuillez consulter les explications détaillées qui accompagnent le message d’erreur ou vous référer aux « Directives de conception ».

À propos du système d’évaluation

Notre système d’évaluation repose sur un modèle d’apprentissage automatique qui analyse et combine plusieurs paramètres de séquence (pourcentage global de GC, longueur maximale des homopolymères, longueur maximale des répétitions, longueur des séquences, densité des répétitions, etc.). Ce modèle a été développé à partir de nos données historiques de production et permet une estimation plus précise du succès de la production de gènes et d’anticorps.

À propos des messages ISSUE

Avertissements : Sont associés au risque d’échec, déterminé par le modèle d’apprentissage automatique. Un nombre plus élevé d’avertissements est plus susceptible d’entraîner un score « Non accepté ».

Erreurs : Ne sont pas associées à la complexité du gène et peuvent être corrigées en modifiant la conception du gène.

Les clients ont le choix entre commander des pools d’oligonucléotides, des fragments de gènes et des gènes clonaux.

Les oligonucléotides (ADN linéaire simple brin) dans des pools d’oligonucléotides ont une taille pouvant aller de 20 bp à 300 bp.

Les fragments de gènes sont de l’ADN linéaire double brin d’une taille pouvant aller de 300 à 5 000 bp (longueur).

Les gènes clonaux sont de l’ADN double brin qui a été cloné dans l’un des vecteurs de Twist ou dans un vecteur personnalisé fourni par le client. La plage de longueurs des gènes clonaux peut aller de 300 à 5 000 bp.

Les problèmes de synthèse sont principalement dus à des structures répétitives, à une teneur en GC extrême et à des homopolymères. Pour déterminer les chances de réussite, nous nous appuyons sur une méthode d’apprentissage automatique. Par conséquent, la plupart du temps, le rejet d’une séquence ne s’explique pas par un motif unique. La complexité ou le rejet résultent plutôt d’un ensemble de caractéristiques qui portent une séquence au-delà d’un certain niveau de complexité. Les seules règles strictes sont les suivantes :

• Éviter les homopolymères >= 14 bp

• Ne pas inclure de CcdB (système toxine-antitoxine de type II)

Si vous faites face à un problème, nous vous recommandons de supprimer ou de minimiser les répétitions, les régions à teneur extrême en GC et les homopolymères. Nous mettrons en évidence les zones préoccupantes si votre séquence s’avère complexe, impossible à construire ou contient des séquences qui entrent en conflit avec nos processus internes.

Notre site Web accepte les séquences d’acides aminés et les convertit en séquences d’ADN à des fins de synthèse.  Sur la page de chargement des séquences, sélectionnez l’option Séquence d’acides aminés.

Assurez-vous que votre saisie contient uniquement des caractères à une lettre pour les acides aminés. Nous ne prenons en charge que les 20 caractères de codage standard à une lettre.

La présence du signe « * » à la fin de vos séquences d’acides aminés indique un codon de terminaison (nous n’ajoutons pas automatiquement de codon de terminaison).

En fonction du tableau d’utilisation des codons que vous choisissez, les codons les plus fréquemment utilisés seront sélectionnés.            

Si vous ne voyez pas votre organisme spécifique, contactez [email protected] pour obtenir de l’aide.

Remarque sur les gènes clonaux : les vecteurs d’expression de Twist ne contiennent pas tous un mécanisme d’expression standard en amont du point d’insertion. Nous vous conseillons de bien vérifier la séquence de votre construction plasmidique en cliquant sur « Télécharger des séquences » après avoir sélectionné le vecteur que vous désirez.

Une fois que vous aurez envoyé vos séquences de gènes à notre site Web, ces séquences seront automatiquement évaluées pour déterminer la faisabilité de l’assemblage :

Standard : aucune erreur n’a été trouvée. Il a été déterminé que la séquence de gènes présente globalement une complexité « standard » (par exemple, longueur, teneur en GC, homologie, etc.). 

Complexe : aucune erreur n’a été trouvée. Certaines séquences sont complexes (longueur, teneur en GC, homologie, etc.), mais la synthèse de votre gène ne devrait pas poser de problème. Dans de rares cas, les séquences peuvent être soumises à un délai d’exécution plus long ou à un risque d’échec de production.

Erreur : la séquence de gènes contient des erreurs. Veuillez cliquer sur la séquence pour obtenir plus de détails sur la manière de les résoudre.

Non accepté : La séquence contient des éléments qu’il nous est impossible de synthétiser. Veuillez consulter les explications détaillées qui accompagnent le message d’erreur ou vous référer aux « Directives de conception ».

À propos du système d’évaluation

Notre système d’évaluation repose sur un modèle d’apprentissage automatique qui analyse et combine plusieurs paramètres de séquence (pourcentage global de GC, longueur maximale des homopolymères, longueur maximale des répétitions, longueur des séquences, densité des répétitions, etc.). Ce modèle a été développé à partir de nos données historiques de production et permet une estimation plus précise du succès de la production de gènes et d’anticorps.

À propos des messages ISSUE

Avertissements : Sont associés au risque d’échec, déterminé par le modèle d’apprentissage automatique. Un nombre plus élevé d’avertissements est plus susceptible d’entraîner un score « Non accepté ».

Erreurs : Ne sont pas associées à la complexité du gène et peuvent être corrigées en modifiant la conception du gène.

Les clients ont le choix entre commander des pools d’oligonucléotides, des fragments de gènes et des gènes clonaux.

Les oligonucléotides (ADN linéaire simple brin) dans des pools d’oligonucléotides ont une taille pouvant aller de 20 bp à 300 bp.

Les fragments de gènes sont de l’ADN linéaire double brin d’une taille pouvant aller de 300 à 5 000 bp (longueur).

Les gènes clonaux sont de l’ADN double brin qui a été cloné dans l’un des vecteurs de Twist ou dans un vecteur personnalisé fourni par le client. La plage de longueurs des gènes clonaux peut aller de 300 à 5 000 bp.

Les problèmes de synthèse sont principalement dus à des structures répétitives, à une teneur en GC extrême et à des homopolymères. Pour déterminer les chances de réussite, nous nous appuyons sur une méthode d’apprentissage automatique. Par conséquent, la plupart du temps, le rejet d’une séquence ne s’explique pas par un motif unique. La complexité ou le rejet résultent plutôt d’un ensemble de caractéristiques qui portent une séquence au-delà d’un certain niveau de complexité. Les seules règles strictes sont les suivantes :

• Éviter les homopolymères >= 14 bp

• Ne pas inclure de CcdB (système toxine-antitoxine de type II)

Si vous faites face à un problème, nous vous recommandons de supprimer ou de minimiser les répétitions, les régions à teneur extrême en GC et les homopolymères. Nous mettrons en évidence les zones préoccupantes si votre séquence s’avère complexe, impossible à construire ou contient des séquences qui entrent en conflit avec nos processus internes.