Puis-je ajuster le ratio SPRI après la ligature à partir de la valeur de 0,9x recommandée ?
Oui, la ligase conçue ne dépend pas d’agents d’encombrement comme le PEG pour une ligature maximale. Le PEG n’est pas adapté à l’automatisation, augmente la variabilité/viscosité et a un impact sur la purification à base de billes en aval (SPRI). Nous recommandons un ratio SPRI de 0,9x comme ratio optimal pour la récupération de l’ADNlc (env. 150 à 167 pb). Pour les fragments d’ADNlc plus courts, nous recommandons d’augmenter le ratio SPRI à 1,0x ou 1,1x (de la Figure 2).
Figure 2. Visualisation des tailles d’insert de banque d’ADNg NA12878 (Coriell) cisaillé mécaniquement qui a suivi le flux de travail du kit de préparation de banque cfDNA en utilisant différents ratios SPRI « 0,8x à 1,1x » par rapport à un kit de référence.
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