Méthylation

Les éléments suivants peuvent être modifiés afin d’optimiser la capture hybride :

• Temps d’hybridation - Commencer avec 2 heures comme recommandé et modifier entre 30 min et 4 heures.
• Tampon de lavage rapide 1 - - Commencer avec 65 °C, ajuster entre 63 à 66 °C :

Le rendement final attendu de la banque se situe entre 50 et 75 ng/ul. Le rendement dépendra de la qualité de l’entrée de départ.

L’ADN pUC19 méthylé CpG et l’ADN Lambda non méthylé sont inclus dans le kit. Ces contrôles peuvent permettre de déterminer l’efficacité de la conversion enzymatique pendant la préparation de la banque.

REMARQUE : Les contrôles internes ne doivent pas être inclus dans le flux de travail de capture, sauf si des sondes spécifiques aux contrôles sont ajoutées au panneau d’enrichissement.

Voir tableau : 

Nous recommandons un minimum de 10 à 20 ng d’ADN de haute qualité et un maximum de 200 ng.

Oui, le multiplexage jusqu’à 8-plex est pris en charge. Nous recommandons d’utiliser 200 ng de banque pour un seul plex et 1 500 ng (ou 187,5 ng chacun) pour une capture 8-plex.

L’utilisation de ce réactif ne nuit pas aux paramètres de sélection des hybrides. Il réduit le hors-cible de manière variable selon les régions cibles du panel de méthylation personnalisé et les états de méthylation de l’ADN génomique d’entrée. Il peut potentiellement réduire de 50 % le hors cible dans certains panels personnalisés.

Twist ne prend en charge que la fragmentation mécanique pour cette application lors de la constitution de banques destinées à subir une conversion de méthylation.

200 à 300 bp

Non. La capture hybride doit être effectuée avec le système d’hybridation rapide Twist.

350 à 450 bp

Les éléments suivants peuvent être modifiés afin d’optimiser la capture hybride :

• Temps d’hybridation - Commencer avec 2 heures comme recommandé et modifier entre 30 min et 4 heures.
• Tampon de lavage rapide 1 - - Commencer avec 65 °C, ajuster entre 63 à 66 °C :

Le rendement final attendu de la banque se situe entre 50 et 75 ng/ul. Le rendement dépendra de la qualité de l’entrée de départ.

L’ADN pUC19 méthylé CpG et l’ADN Lambda non méthylé sont inclus dans le kit. Ces contrôles peuvent permettre de déterminer l’efficacité de la conversion enzymatique pendant la préparation de la banque.

REMARQUE : Les contrôles internes ne doivent pas être inclus dans le flux de travail de capture, sauf si des sondes spécifiques aux contrôles sont ajoutées au panneau d’enrichissement.

Voir tableau : 

Nous recommandons un minimum de 10 à 20 ng d’ADN de haute qualité et un maximum de 200 ng.

Oui, le multiplexage jusqu’à 8-plex est pris en charge. Nous recommandons d’utiliser 200 ng de banque pour un seul plex et 1 500 ng (ou 187,5 ng chacun) pour une capture 8-plex.

L’utilisation de ce réactif ne nuit pas aux paramètres de sélection des hybrides. Il réduit le hors-cible de manière variable selon les régions cibles du panel de méthylation personnalisé et les états de méthylation de l’ADN génomique d’entrée. Il peut potentiellement réduire de 50 % le hors cible dans certains panels personnalisés.

Twist ne prend en charge que la fragmentation mécanique pour cette application lors de la constitution de banques destinées à subir une conversion de méthylation.

200 à 300 bp

Non. La capture hybride doit être effectuée avec le système d’hybridation rapide Twist.

350 à 450 bp