Adaptateurs UMI méthylés
- Quelle est la structure de l’adaptateur des UMI méthylés ?
- Combien de bases contiennent les séquences UMI ?
- Les séquences UMI sont-elles disponibles ?
- Les UMI méthylés sont-ils compatibles avec NEB EM-seq ?
- Avez-vous des conseils sur la façon de traiter les données de séquençage générées avec les UMI méthylés ?
- Les UMI méthylés sont-ils compatibles avec l’ADNg et avec l’ADNlc ?
Préparation de banque
- Est-ce que Twist propose des kits de préparation de banque utilisant la fragmentation enzymatique ?
- Est-ce que Twist propose des kits de préparation de banque utilisant la fragmentation mécanique ?
- Quel est le rapport adaptateur/fragments d’ADN à l’étape de ligation ?
- Si j’utilise une méthode de préparation de banque n’appartenant pas à Twist, quelle est la taille recommandée pour les inserts d’ADN ?
- Quelles sont les configurations de kit complet offertes par Twist pour la préparation et l’enrichissement de banques NGS ?
- Puis-je utiliser les kits de Twist pour créer des banques pour le séquençage du génome complet ?
- Les adaptateurs de Twist sont-ils compatibles avec les méthodes de fragmentation enzymatique et de fragmentation mécanique ?
- Est-il possible d’acheter séparément des composants individuels des kits d’enrichissement ?
Méthylation
- Quelle méthode de fragmentation puis-je utiliser dans ce processus ?
- Quelle est la taille d’insert recommandée ?
- Quelle est la taille finale de la banque ?
- Quel est le rendement final attendu pour ma banque ?
- Existe-t-il des contrôles internes pour tester la conversion de la méthylation ?
- Quel est le résultat minimal/maximal pour la préparation de la banque ?
- Puis-je utiliser le processus d’hybridation standard pour l’enrichissement ?
- Puis-je multiplexer les banques lors de la capture ? Si oui, quel est la quantité de banques requise ?
- Quelles modifications est-il possible d’apporter au protocole pour optimiser la capture hybride ?
- Quel est le nombre de cycles d’amplification recommandé après la capture ?
- Dois-je utiliser l’amplificateur de méthylation ?
Enrichissement ciblé
- Quelle est la quantité maximale d’ADN que je peux utiliser dans l’hybridation ? Puis-je ajouter plus de 1 500 ng d’ADN ?
- Quelles sont les séquences des amorces d’amplification après capture dans le kit NGS ?
- Quelle est la concentration des amorces d’amplification utilisées dans le PCR post-enrichissement ?
- Puis-je utiliser des Twist Universal Blockers avec d’autres adaptateurs ?
Général
Kit de préparation de banque 96-Plex Twist
- Quelles sont les tailles des kits ?
- Y a-t-il des consommables et des outils supplémentaires que le client doit fournir ?
- Comment commander un kit ?
- Puis-je commander les composants individuels du kit ?
- Quels sont les protocoles disponibles ?
- Quelle est la durée de conservation de ce kit ?
- Quel séquenceur dois-je utiliser avec ce kit ?
- Est-il possible de préparer moins de 96 échantillons à la fois ?
- Quelles sont les recommandations concernant l’apport d’ADN, sa qualité et sa quantité ?
- Des index doubles uniques sont-ils disponibles avec le kit ?
- Avez-vous des recommandations pour les concentrations de chargement ?
- Comment le kit s’adapte-t-il aux échantillons dont la teneur en GC varie ?
- Que recommandez-vous comme outil de démux ?
- Quelles séquences devons-nous utiliser pour l’ajustement des adaptateurs des banques 96-Plex ?
- Les banques 96-Plex peuvent-elles être regroupées pour le séquençage avec des banques à double indexation ?
- Est-il possible d’avoir une seule plaque d’échantillons dans une série de séquençage ?
- Y a-t-il des éléments à prendre en compte pour l’utilisation de cellules d’écoulement à motifs ?
Kit de préparation de banque Twist cfDNA et Hyb Mix
Configuration du produit
- What are the kit configurations of the cfDNA Library Preparation Kit?
- Quelles sont les conditions d’expédition et de stockage du kit de préparation de banque cfDNA ?
- Quelle est la durée de conservation du kit de préparation de banque cfDNA ?
- Dois-je m’inquiéter des cycles de congélation/décongélation avec le kit de préparation de banque cfDNA ?
- Qu’est-ce qui n’est pas inclus dans le kit de préparation de banque cfDNA ?
Échantillon utilisé
- Quelle quantité d’ADN puis-je utiliser avec le kit de préparation de banque cfDNA ?
- Comment dois-je déterminer la quantité d’ADN libre circulant (ADNlc, en anglais cfDNA) à utiliser ?
- Recommandez-vous des tests de contrôle qualité à effectuer sur l’ADNlc en entrée avant la préparation de banque ?
- Puis-je augmenter le volume d’ADNlc en entrée si ma concentration d’ADN est très faible ?
- Puis-je utiliser un échantillon d’ADN autre que de l’ADNlc avec ce kit ?
- L’utilisation est-elle limitée à 1 à 20 ng avec l’ADN dérivé d’échantillons FFIP ?
Préparation de banque
- Quels sont les avantages du kit de préparation de banque cfDNA par rapport aux autres kits ?
- Combien de temps faut-il pour construire une banque à l’aide du kit de préparation de banque cfDNA ?
- Quels types de banques de séquençage le kit de préparation de banque cfDNA prend-il en charge ?
- Le kit de préparation de banque cfDNA prend-il en charge les identifiants moléculaires uniques (UMI) ?
- Que faire si je n’ai pas besoin des UMI avec le kit de préparation de banque cfDNA ? Puis-je utiliser des adaptateurs UDI ?
- Puis-je ajuster le ratio SPRI après la ligature à partir de la valeur de 0,9x recommandée ?
- Pourquoi est-ce que je vois des pics plus grands dans l’amplification de ma banque d’ADNlc ?
Hybridation
- What plexity does the cfDNA Target Enrichment Kits?
- Comment déterminer la masse de la banque pour la capture cible ?
- Comment avez-vous dérivé cette règle de 80x pour la capture cible ? Dois-je la suivre ?
- Quelle masse puis-je ajouter pour un enrichissement ciblé monoplex ?
- Que se passera-t-il si plus de 12,8 μg sont ajoutés en entrée pour la capture ?
- Comment configurer l’enrichissement cible 8-plex avec des banques constituées de différentes masses d’échantillons en entrée ?
- Si j’ai des banques constituées à partir d’échantillons de plus de 20 ng en entrée, que me recommande-t-on ?
