Le variant (COSM214499) est toujours élevé en 0 % dans les résultats CQ NGS. Pourquoi ?

Conclusion : la fréquence de la délétion détectée à l’aide du NGS sans UMI était inexacte.

Raison : Cette suppression s’est produite dans la zone d’un DAB avec 10 Ts consécutifs, ce qui rend la détection de la précision très difficile.

Tout d’abord, les erreurs de type « sautillement/répétition » peuvent être introduites par le biais d’une PCR, y compris dans le processus LP et le processus de séquençage. Deuxièmement, les « erreurs » dans notre système de détection ne peuvent être corrigées en raison du manque d’UMI. Les « erreurs » ont donc finalement été détectées comme des variants à tort. 

 

In Chinese 结论:这个位点的VAF 在目前的建库条件下(即没有UMI情况下)NGS检测的结果不准确。

原因:这个突变为1个T的缺失,它发生在ATM基因一个连续10个T的区域,因此它的正确检测会非常困难。

一方面,PCR过程很容易在这一区域带来错误如复制滑脱,无论是建库过程的PCR还是测序过程的PCR。而另一方面,由于我们建库加入的接头没有分子标签(UMI),无法修正这些错误,最终导致这些PCR错误被“误检”为突变。

 

我虽然认同这个区域很容易产生PCR错误,但我还有一点concern, 如下:

我们的WT也是通过PCR 扩增的,所以后期有UMI之后,纠正后的结果还是一样的 - 我的意思是这个错误是我们制作WT过程中引入的,如果是这样,那我们就需要非常注意这样类型的区域(连续碱基区域或者STR区域)。

 

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