L’ADN acellulaire est généré au cours d’un processus biologique hautement spécifique qui produit un profil de longueur de fragmentation caractéristique. Par conséquent, nous recommandons de préparer une banque qui ne modifie en rien le profil de taille : en utilisant le « kit de préparation de banque par fragmentation mécanique » sans traitement de fragmentation supplémentaire. Les tailles d’insertion de nos banques sont superbes lorsque nous utilisons cette méthode.

 

Nous utilisons fréquemment les adaptateurs Twist Utopia sur les échantillons d’ADN acellulaire, et ils fonctionnent très bien pour le consensus duplex et pour obtenir de bonnes évaluations des taux de mutation.

 

En cas de besoin, si un kit de préparation de banque par fragmentation mécanique n’est pas disponible, le kit de préparation de banque par fragmentation enzymatique peut être utilisé, et des mesures peuvent être prises pour réduire l’activité de la fragmentation enzymatique :

Assemblez les réactions de fragmentation, de réparation de l’extrémité et de la queue A sur la glace.

Sautez l’incubation de fragmentation à 32 °C dans le thermocycleur : passez directement à 65 °C pour la queue A.

Préchauffez le thermocycleur à 65 °C pour la queue A.

Transférez directement les réactions assemblées de la glace au thermocycleur préchauffé à 65 °C.