L’optimisation de l’efficacité du NGS implique souvent un enrichissement ciblé des régions génomiques d’intérêt avant le séquençage. Dans le flux de travail d’enrichissement ciblé de Twist Bioscience, des sondes d’ADN synthétique biotinylées sont conçues pour s’hybrider aux exons ou à d’autres régions génomiques personnalisées. Après hybridation avec un échantillon d’ADN génomique, les sondes sont purifiées pour produire un échantillon enrichi pour les régions ciblées.
Les Twist Universal Blockers améliorent la précision de capture de la cible en bloquant l’hybridation non spécifique entre les séquences adaptatrices. Le blocage des interactions non spécifiques pendant l’hybridation simplifie la conception et l’exécution des expériences, réduit les coûts de séquençage et améliore les résultats des travaux de séquençage ciblé.
L’optimisation de l’efficacité du NGS implique souvent un enrichissement ciblé des régions génomiques d’intérêt avant le séquençage. Dans le flux de travail d’enrichissement ciblé de Twist Bioscience, des sondes d’ADN synthétique biotinylées sont conçues pour s’hybrider aux exons ou à d’autres régions génomiques personnalisées. Après hybridation avec un échantillon d’ADN génomique, les sondes sont purifiées pour produire un échantillon enrichi pour les régions ciblées.
Les Twist Universal Blockers améliorent la précision de capture de la cible en bloquant l’hybridation non spécifique entre les séquences adaptatrices. Le blocage des interactions non spécifiques pendant l’hybridation simplifie la conception et l’exécution des expériences, réduit les coûts de séquençage et améliore les résultats des travaux de séquençage ciblé.
Bloquer la liaison hors cible pour améliorer la capture sur cible
Les Twist Universal Blockers contiennent un mélange exclusif de séquences adaptatrices universelles1. Ces séquences lient des fragments de banques génomiques pour bloquer l’hybridation croisée entre les adaptateurs compatibles avec TruSeq et améliorer les taux de capture sur cible. Les Twist Universal Blockers peuvent améliorer les performances de tout flux de travail d’enrichissement ciblé utilisant des adaptateurs compatibles TruSeq.
La conception exclusive des Twist Universal Blockers maximise la flexibilité pour un flux de travail d’enrichissement ciblé plus efficace. Compatibles avec tous les panels d’enrichissement ciblé Twist, ils optimisent la capture des lectures sur cible indépendamment du type de séquence d’index, dans les flux d’enrichissement ciblé uniplex et multiplex, et quelle que soit la taille du panel. Les Twist Universal Blockers vous laissent la possibilité de choisir la meilleure conception d’index d’adaptateur pour votre expérience sans compromettre les performances d’enrichissement ciblé.
La performance est indépendante de la conception de l’index. Performance ciblée des Twist Universal Blockers par rapport à une variété d’adaptateurs compatibles TruSeq à index simple et double. Des banques individuelles ont été générées à partir d’une source génomique unique (NA12878 ; Coriell) et d’adaptateurs compatibles TruSeq avec des longueurs d’index allant de 6 à 14 bp (la longueur de l’identifiant moléculaire unique [UMI] n’est pas incluse). La capture hybride a été réalisée en l’absence ou en présence de Twist Universal Blockers à l’aide d’un panneau d’enrichissement ciblé d’exome (33,1 Mb ; Twist Bioscience) comportant 500 ng d’ADNg par banque individuelle, conformément aux recommandations du fabricant pour des réactions d’hybridation de 16 heures. De l’ADN Cot était présent dans tous les échantillons. Le séquençage a été effectué à l’aide d’un kit NextSeq 500/550 High Output v2 pour générer 2 x 76 lectures de fins appariées. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille cible et analysées à l’aide de la mesure picarde avec une qualité de cartographie de 20. Le pourcentage de bases on-bait comprend les bases on-bait et near-bait, il est défini par l’équation 1 - PCT_OFF_BAIT. Les barres d’erreur dénotent un écart-type ou une plage d’observations ; N ≥ 2.
La performance ne dépend pas de la taille du panel. Performance sur cible des Twist Universal Blockers sur une variété de tailles de panels. Des banques individuelles ont été générées à partir d’une source génomique unique (NA12878 ; Coriell) et d’adaptateurs de 8 pb à double indexation compatibles avec TruSeq. La capture hybride a été réalisée en l’absence ou en présence de Twist Universal Blockers à l’aide de panels d’enrichissement ciblé de différentes tailles (0,04 Mb à 33,1 Mb ; Twist Bioscience) comportant 500 ng d’ADNg par banque individuelle, conformément aux recommandations du fabricant pour des réactions d’hybridation de 16 heures. De l’ADN Cot était présent dans tous les échantillons. Le séquençage a été effectué à l’aide d’un kit NextSeq 500/550 High Output v2 pour générer 2 x 76 lectures de fins appariées. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille cible et analysées à l’aide de la mesure picarde avec une qualité de cartographie de 20. Le pourcentage de bases on-bait comprend les bases on-bait et near-bait, il est défini par l’équation 1 - PCT_OFF_BAIT. Les barres d’erreur indiquent la plage des observations ; N = 2.
Bloquer la liaison hors cible pour améliorer la capture sur cible
Les Twist Universal Blockers contiennent un mélange exclusif de séquences adaptatrices universelles1. Ces séquences lient des fragments de banques génomiques pour bloquer l’hybridation croisée entre les adaptateurs compatibles avec TruSeq et améliorer les taux de capture sur cible. Les Twist Universal Blockers peuvent améliorer les performances de tout flux de travail d’enrichissement ciblé utilisant des adaptateurs compatibles TruSeq.
La conception exclusive des Twist Universal Blockers maximise la flexibilité pour un flux de travail d’enrichissement ciblé plus efficace. Compatibles avec tous les panels d’enrichissement ciblé Twist, ils optimisent la capture des lectures sur cible indépendamment du type de séquence d’index, dans les flux d’enrichissement ciblé uniplex et multiplex, et quelle que soit la taille du panel. Les Twist Universal Blockers vous laissent la possibilité de choisir la meilleure conception d’index d’adaptateur pour votre expérience sans compromettre les performances d’enrichissement ciblé.
La performance est indépendante de la conception de l’index. Performance ciblée des Twist Universal Blockers par rapport à une variété d’adaptateurs compatibles TruSeq à index simple et double. Des banques individuelles ont été générées à partir d’une source génomique unique (NA12878 ; Coriell) et d’adaptateurs compatibles TruSeq avec des longueurs d’index allant de 6 à 14 bp (la longueur de l’identifiant moléculaire unique [UMI] n’est pas incluse). La capture hybride a été réalisée en l’absence ou en présence de Twist Universal Blockers à l’aide d’un panneau d’enrichissement ciblé d’exome (33,1 Mb ; Twist Bioscience) comportant 500 ng d’ADNg par banque individuelle, conformément aux recommandations du fabricant pour des réactions d’hybridation de 16 heures. De l’ADN Cot était présent dans tous les échantillons. Le séquençage a été effectué à l’aide d’un kit NextSeq 500/550 High Output v2 pour générer 2 x 76 lectures de fins appariées. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille cible et analysées à l’aide de la mesure picarde avec une qualité de cartographie de 20. Le pourcentage de bases on-bait comprend les bases on-bait et near-bait, il est défini par l’équation 1 - PCT_OFF_BAIT. Les barres d’erreur dénotent un écart-type ou une plage d’observations ; N ≥ 2.
La performance ne dépend pas de la taille du panel. Performance sur cible des Twist Universal Blockers sur une variété de tailles de panels. Des banques individuelles ont été générées à partir d’une source génomique unique (NA12878 ; Coriell) et d’adaptateurs de 8 pb à double indexation compatibles avec TruSeq. La capture hybride a été réalisée en l’absence ou en présence de Twist Universal Blockers à l’aide de panels d’enrichissement ciblé de différentes tailles (0,04 Mb à 33,1 Mb ; Twist Bioscience) comportant 500 ng d’ADNg par banque individuelle, conformément aux recommandations du fabricant pour des réactions d’hybridation de 16 heures. De l’ADN Cot était présent dans tous les échantillons. Le séquençage a été effectué à l’aide d’un kit NextSeq 500/550 High Output v2 pour générer 2 x 76 lectures de fins appariées. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille cible et analysées à l’aide de la mesure picarde avec une qualité de cartographie de 20. Le pourcentage de bases on-bait comprend les bases on-bait et near-bait, il est défini par l’équation 1 - PCT_OFF_BAIT. Les barres d’erreur indiquent la plage des observations ; N = 2.
Étape du procédé
Enrichissement cibléConservation
Conserver entre -5 et -30 °C100856
Twist Universal Blockers, 2 réactions100578
Twist Universal Blockers, 12 réactions100767
Twist Universal Blockers, 96 réactionsLes Twist Universal Blockers sont destinés à la recherche uniquement et sont soumis à des restrictions d’utilisation supplémentaires, comme indiqué dans les Conditions d’approvisionnement de Twist.
Étape du procédé
Enrichissement cibléConservation
Conserver entre -5 et -30 °C100856
Twist Universal Blockers, 2 réactions100578
Twist Universal Blockers, 12 réactions100767
Twist Universal Blockers, 96 réactionsLes Twist Universal Blockers sont destinés à la recherche uniquement et sont soumis à des restrictions d’utilisation supplémentaires, comme indiqué dans les Conditions d’approvisionnement de Twist.
