La maladie résiduelle minime (Minimal Residual Disease, MRD) est la présence d'un petit nombre de cellules cancéreuses malignes qui restent dans l'organisme après une intervention thérapeutique réussie. La MRD peut persister à de faibles niveaux chez des patients qui peuvent être en rémission ou ne présenter aucun symptôme phénotypique. Des niveaux détectables de MRD constituent un facteur de risque de récidive, car les cellules cancéreuses restantes dans le corps peuvent former des métastases et proliférer au fil du temps. Bien que les technologies de surveillance conventionnelles, telles que l'imagerie radiographique, soient des méthodes très sensibles, le nombre de cellules cancéreuses restantes peut être si faible qu'elles ne peuvent pas être détectées avant l'apparition de symptômes de récidive.

La surveillance de la MRD peut être réalisée par une biopsie liquide qui permet d'effectuer des tests diagnostiques sur le sang ou d'autres fluides corporels. Cette approche pourrait permettre de détecter les cellules cancéreuses résiduelles plus tôt que les méthodes de surveillance standard, ce qui permettrait une intervention thérapeutique plus précoce. Pour ce faire, l'ADN tumoral circulant (ADNtc) est utilisé comme biomarqueur pour les tests de MRD par biopsie liquide. Une approche courante consiste à générer un profil de variants de la tumeur primaire d'un patient par séquençage du génome entier ou de l'exome entier juste avant la thérapie. Un sous-ensemble de variants spécifiques au patient est ensuite sélectionné à partir de cette tumeur primaire et un petit panel d'enrichissement ciblé (panel MRD) est conçu contre ces variants d'intérêt. Après le traitement, des tests MRD répétés seront utilisés pour surveiller la récurrence de la maladie chez le patient à des intervalles de temps déterminés, de sorte que la réapparition des biomarqueurs d'ADNtc sélectionnés dans le sang puisse être évaluée.

The Twist Bioscience MRD Rapid 500 Panel is a scalable target enrichment solution for monitoring minimal residual disease that leverages Twist’s silicon based DNA synthesis platform to design and manufacture capture panels for personalized medicine. Twist’s proprietary design algorithms and a streamlined manufacturing pipeline enable design automation, synthesis, and rapid turnaround time of as few as 6 business days from the time of order. Élargissez votre champ d'action pour caractériser pleinement la réponse à l'adjuvant au niveau génomique avec des panels MRD allant de 50 à 500 sondes par panel et compatibles avec la préparation de banques NGS existante de Twist et le flux de travail de capture hybride.

AVANTAGES

Évolutivité et rapidité inégalées

  • Capturez les variants d'intérêt avec des panels de 50 à 500 sondes
  • Commandez jusqu'à 150 panels à la fois
  • Les panels sont expédiés en 6 jours ouvrables

Conception de panels personnalisés

  • Conception de panels à partir d'un fichier BED de coordonnées de cibles de variants
  • Filtrez les séquences de sondes sur les régions répétitives pour améliorer les performances de capture
  • Économisez sur les coûts globaux de séquençage

Informations sur le panel

  • Plex unique pour 12 tests
  • Variants : SNV et petits indels
  • QC : qPCR
  • Certifié ISO-13485
  • Méthode de livraison : Tubes Matrix
  • Modèle pris en charge pour hg19 et hg38

Flux de travail en laboratoire

  • Compatible avec les flux de travail de préparation et d'hybridation des banques Twist
  • Protocole d'hybridation recommandé : MRD Standard Hyb 2.0

Conception de panels personnalisés

Twist MRD Rapid 500 Panels make the most of your sequencing data by providing industry leading uniform capture technology and streamlined design process. Save on overall sequencing costs with exceptional off target and fold 80 capture performance rates. Surveillez tous les variants d'intérêt avec une couverture de chacune de vos cibles.

Twist has designed five 200 probe MRD panels which specifically target somatic variants found in Breast, Lung, CRC, Melanoma and Renal Cell Carcinoma. En outre, Twist s'est appuyée sur son kit éprouvé de préparation de banques mécaniques avec le système d'adaptateur Twist UMI et un protocole d'enrichissement ciblé récemment optimisé afin d'améliorer encore les performances du panel MRD. 

Results show that the upgraded system dramatically improves small panel performance that can reduce the off-target rates in each panel to as low as 10–15% with uniform coverage across all targets of interest.

 

Événements hors cible réduits

La performance des panels de capture, en particulier des panels comportant peu de sondes, dépend de la spécificité des séquences de sondes par rapport aux régions cibles du génome. Les espèces de sondes chevauchant des éléments répétitifs situés dans l'ensemble du génome peuvent s'hybrider non seulement à des régions d'intérêt, mais aussi à de nombreux autres fragments non désirés de la banque, ce qui entraîne un gaspillage de séquençage. 

Twist MRD Rapid 500 Panels are designed using proprietary filtering algorithms that will screen probes from a panel if they are predicted to result in increased off target sequencing data. Les sondes dont les éléments répétitifs se chevauchent peuvent provoquer des événements imprévisibles hors cible. Sans filtres répétitifs, comme le montre la figure ci-dessous, le taux d'écart par rapport à l'objectif peut être modéré (« PanelA sans filtre ») ou élevé (« PanelB sans filtre »). En revanche, en filtrant les sondes problématiques, les taux d'erreur sont systématiquement faibles (filtre du panel A et filtre du panel B).

UGS DE PRODUIT

105878

Twist MRD Rapid 500 panel, 12 tests

Points forts du produit

Nom du produit

Panel MRD Rapid 500, 12 tests

Nombre minimum de sondes

500

Nombre maximum de sondes

50

Format de fichier d'entrée pris en charge

Modèle de fichier BED cible (voir Ressources)

Nombre maximum de panels par commande

150

Contrôle de la qualité

qPCR

Méthode de livraison

Tubes Matrix

Assemblages de génomes pris en charge

hg19, hg38

Délai de traitement

Les panels sont expédiés en 6 jours ouvrables

Panel Twist MRD Rapid 500 

Guide de référence pour les commandes et les produits de conception Panel Twist MRD Rapid 500
Solutions de panels personnalisés Twist : Guide de décision

Protocole v2 d’enrichissement ciblé par hybridation standard Twist pour application MRD

Modèle de fichier BED Twist MRD Rapid 500

Solutions de recherche Twist pour la détection précoce et le suivi du cancer

Détection à haute sensibilité de mutations somatiques spécifiques à très basse fréquence pour le suivi MRD

Solution de biopsie liquide NGS pour une détection hautement sensible de la MRD
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