Détection virale très sensible
Détection virale très sensible
Détection virale très sensible
PRÉSENTATION FLUX DE TRAVAIL ANALYSE DES DONNÉES RESSOURCES
PRÉSENTATION

Autorisé pour une utilisation clinique dans le cadre d’une autorisation d’utilisation d’urgence
 

La pandémie de Coronavirus a suscité une réponse rapide des équipes de recherche et de traitement du monde entier. En partenariat avec Biotia, Inc, Twist a reçu une autorisation d’utilisation d’urgence (Emergency Use Authorization, EUA) de la Food and Drug Administration (FDA) américaine pour le test de séquençage de nouvelle génération (NGS) du SARS-CoV-2. L’analyse NGS du SARS-CoV-2 est un test de diagnostic in vitro, une analyse très sensible basée sur la capture par hybridation d’acides nucléiques, destinée à la détection de l’ARN du SARS-CoV-2. Associé au logiciel complet d’analyse des données et aux capacités de rapport de Biotia (COVID-DX (v1.0)), le test réduit la probabilité d’un résultat faux-négatif. En revanche, la majorité des tests SARS-CoV-2 basés sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) n’identifient que des marqueurs génétiques limités du virus. La technologie de capture hybride sous-jacente présente une tolérance élevée aux variants afin d’identifier et de caractériser avec précision les variants nouveaux ou non caractérisés, ce qui maximise le nombre de séquences variantes identifiées, alors que d’autres méthodes peuvent ne pas détecter les mutations dans certaines régions.

L’analyse NGS du SARS-CoV-2 permet le séquençage complet du génome viral à partir de diverses sources (telles que les écouvillons nasopharyngés) avec seulement 800 copies virales par millilitre. L’analyse peut être effectuée par lots jusqu’à 96 échantillons (92 échantillons de patients en même temps que quatre contrôles) en un seul test pour indiquer la présence ou l’absence du virus dans chaque échantillon.

Les chercheurs ont non seulement la possibilité de recevoir des résultats de détection fiables, mais aussi d’obtenir un rapport à usage exclusif de recherche (RUO) sans frais supplémentaires. Le rapport RUO comprend les variants génétiques détectés, les résultats des variants associés aux clades et l’analyse phylogénétique, ce qui permet de surveiller les mutations virales, la variabilité génétique et l’évolution.

Une solution de bout en bout
Sensibilité analytique
Limite de détection (LD) déterminée comme étant de 800 copies virales par millilitre.
Identification des variants pour réduire la probabilité de résultats faussement négatifs.
Préparation de banque innovante
Performance clinique
Dépasse les directives de conformité de la FDA de 95 %.
temp
Rapport RUO optionnel pour les chercheurs*.
Fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour permettre la surveillance épidémiologique.

*Ce produit n’a pas été approuvé par la FDA, mais il a été autorisé pour une utilisation d’urgence par la FDA dans le cadre d’une EUA par des laboratoires agréés ; ce produit a été autorisé uniquement pour détecter l’acide nucléique du SARS-CoV-2, et non pour d’autres virus ou agents pathogènes ; l’utilisation d’urgence de ce produit n’est autorisée que pour la durée de la déclaration selon laquelle il existe des circonstances justifiant l’autorisation d’une utilisation d’urgence de diagnostics in vitro pour la détection et/ou le diagnostic de COVID-19 en vertu de la section 564(b)(1) du Federal Food, Drug and Cosmetic Act, 21 U.S.C. § 360bbb-3(b)(1), à moins que la déclaration ne prenne fin ou que l’autorisation ne soit révoquée plus tôt.

Quand la détection ne suffit pas

 Présentation de l’analyse NGS du SARS-CoV-2 - Le protocole RUO est une analyse hautement sensible d’hybridation d’acide nucléique basée sur capture et réservée à la recherche qui est utilisée pour la détection, la caractérisation et la surveillance environnementale du virus du SARS-CoV-2. Il s’appuie sur la capacité unique de Twist Bioscience à rapidement développer des panels spécifiques à des virus par synthèse d’ADN et sur le logiciel d’analyse exhaustive de données et les capacités de production de rapports (COVID-DX (v1.0)) de Biotia. 

  • Niveau de détection sensible de seulement 800 copies virales par ml dans chaque spécimen 
  • Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus. 
  • Capacité d’identifier les nouvelles mutations virales 
  • Le rapport analytique du logiciel RUO fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour la surveillance épidémiologique  
     

Twist avec le logiciel d’analyse Biotia

Autorisé pour une utilisation clinique dans le cadre d’une autorisation d’utilisation d’urgence
 

La pandémie de Coronavirus a suscité une réponse rapide des équipes de recherche et de traitement du monde entier. En partenariat avec Biotia, Inc, Twist a reçu une autorisation d’utilisation d’urgence (Emergency Use Authorization, EUA) de la Food and Drug Administration (FDA) américaine pour le test de séquençage de nouvelle génération (NGS) du SARS-CoV-2. L’analyse NGS du SARS-CoV-2 est un test de diagnostic in vitro, une analyse très sensible basée sur la capture par hybridation d’acides nucléiques, destinée à la détection de l’ARN du SARS-CoV-2. Associé au logiciel complet d’analyse des données et aux capacités de rapport de Biotia (COVID-DX (v1.0)), le test réduit la probabilité d’un résultat faux-négatif. En revanche, la majorité des tests SARS-CoV-2 basés sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) n’identifient que des marqueurs génétiques limités du virus. La technologie de capture hybride sous-jacente présente une tolérance élevée aux variants afin d’identifier et de caractériser avec précision les variants nouveaux ou non caractérisés, ce qui maximise le nombre de séquences variantes identifiées, alors que d’autres méthodes peuvent ne pas détecter les mutations dans certaines régions.

L’analyse NGS du SARS-CoV-2 permet le séquençage complet du génome viral à partir de diverses sources (telles que les écouvillons nasopharyngés) avec seulement 800 copies virales par millilitre. L’analyse peut être effectuée par lots jusqu’à 96 échantillons (92 échantillons de patients en même temps que quatre contrôles) en un seul test pour indiquer la présence ou l’absence du virus dans chaque échantillon.

Les chercheurs ont non seulement la possibilité de recevoir des résultats de détection fiables, mais aussi d’obtenir un rapport à usage exclusif de recherche (RUO) sans frais supplémentaires. Le rapport RUO comprend les variants génétiques détectés, les résultats des variants associés aux clades et l’analyse phylogénétique, ce qui permet de surveiller les mutations virales, la variabilité génétique et l’évolution.

Une solution de bout en bout
Sensibilité analytique
Limite de détection (LD) déterminée comme étant de 800 copies virales par millilitre.
Identification des variants pour réduire la probabilité de résultats faussement négatifs.
Préparation de banque innovante
Performance clinique
Dépasse les directives de conformité de la FDA de 95 %.
temp
Rapport RUO optionnel pour les chercheurs*.
Fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour permettre la surveillance épidémiologique.

*Ce produit n’a pas été approuvé par la FDA, mais il a été autorisé pour une utilisation d’urgence par la FDA dans le cadre d’une EUA par des laboratoires agréés ; ce produit a été autorisé uniquement pour détecter l’acide nucléique du SARS-CoV-2, et non pour d’autres virus ou agents pathogènes ; l’utilisation d’urgence de ce produit n’est autorisée que pour la durée de la déclaration selon laquelle il existe des circonstances justifiant l’autorisation d’une utilisation d’urgence de diagnostics in vitro pour la détection et/ou le diagnostic de COVID-19 en vertu de la section 564(b)(1) du Federal Food, Drug and Cosmetic Act, 21 U.S.C. § 360bbb-3(b)(1), à moins que la déclaration ne prenne fin ou que l’autorisation ne soit révoquée plus tôt.

Quand la détection ne suffit pas

 Présentation de l’analyse NGS du SARS-CoV-2 - Le protocole RUO est une analyse hautement sensible d’hybridation d’acide nucléique basée sur capture et réservée à la recherche qui est utilisée pour la détection, la caractérisation et la surveillance environnementale du virus du SARS-CoV-2. Il s’appuie sur la capacité unique de Twist Bioscience à rapidement développer des panels spécifiques à des virus par synthèse d’ADN et sur le logiciel d’analyse exhaustive de données et les capacités de production de rapports (COVID-DX (v1.0)) de Biotia. 

  • Niveau de détection sensible de seulement 800 copies virales par ml dans chaque spécimen 
  • Couverture > 99,9 % du génome avec un post-enrichissement de 1X ou plus. 
  • Capacité d’identifier les nouvelles mutations virales 
  • Le rapport analytique du logiciel RUO fournit un typage des variants et une analyse phylogénétique pour la surveillance épidémiologique  
     

Twist avec le logiciel d’analyse Biotia

Flux de travail
Description du flux de travail

Le panel de capture hybride d’ADNds lié à la biotine utilisé dans cette analyse est conçu pour enrichir toutes les séquences évoluées du virus SARS-CoV-2 dans les échantillons des voies respiratoires supérieures des patients suspectés de COVID-19.

Cette analyse basée sur la capture utilise la synthèse d’ADNc à partir d’une séquence modèle d’ARN viral et humain dans l’échantillon d’un patient, produisant des banques amplifiées à partir de l’ADNc en utilisant un thermocycleur PCR. La séquence du virus du SARS-CoV-2 est ensuite ciblée au cours d’une réaction d’hybridation avec une sonde fixée à la biotine, spécifique du virus du SARS-CoV-2. Les régions ciblées sont extraites des régions non ciblées grâce à la chimie de la biotine-streptavidine et à des lavages de rigueur. Les molécules restantes sont amplifiées à l’aide d’un thermocycleur PCR et séquencées par une plateforme NGS basée sur Illumina (système NextSeq 500, NextSeq 550 et NextSeq 550Dx).

Diagramme de présentation du flux de travail
Description du flux de travail

Le panel de capture hybride d’ADNds lié à la biotine utilisé dans cette analyse est conçu pour enrichir toutes les séquences évoluées du virus SARS-CoV-2 dans les échantillons des voies respiratoires supérieures des patients suspectés de COVID-19.

Cette analyse basée sur la capture utilise la synthèse d’ADNc à partir d’une séquence modèle d’ARN viral et humain dans l’échantillon d’un patient, produisant des banques amplifiées à partir de l’ADNc en utilisant un thermocycleur PCR. La séquence du virus du SARS-CoV-2 est ensuite ciblée au cours d’une réaction d’hybridation avec une sonde fixée à la biotine, spécifique du virus du SARS-CoV-2. Les régions ciblées sont extraites des régions non ciblées grâce à la chimie de la biotine-streptavidine et à des lavages de rigueur. Les molécules restantes sont amplifiées à l’aide d’un thermocycleur PCR et séquencées par une plateforme NGS basée sur Illumina (système NextSeq 500, NextSeq 550 et NextSeq 550Dx).

Diagramme de présentation du flux de travail
Analyse des données
Analyse des données et rapports

Le logiciel Biotia COVID-DX (v1.0) analyse les résultats du séquençage et établit un rapport à orientation clinique qui comprend des résultats relatifs à la présence ou à l’absence du virus du SARS-CoV-2 dans chaque échantillon. Le logiciel est destiné à une utilisation diagnostique dans le cadre de l’autorisation d’utilisation d’urgence de la FDA. Un rapport d’échantillon est présenté sur la figure 2.

Présence/Absence
La détection du SARS-CoV-2 repose sur le pourcentage du génome viral récupéré dans l’échantillon d’un patient. Plus le pourcentage de génome viral récupéré est élevé, plus il est probable que le test détermine la présence du virus. 

Interprétation des résultats
RAPPORT POSITIF : le génome viral du SARS-CoV-2 a été détecté.
RAPPORT NÉGATIF : le génome viral du SARS-CoV-2 n’a pas été détecté.
RAPPORT NON VALIDE : les contrôles n’ont pas passé le filtre. L’échantillon doit être testé à nouveau. Si un deuxième échec se produit, il est signalé à l’expéditeur comme « résultat non valide » et un nouveau prélèvement est conseillé si le test du patient est toujours cliniquement indiqué.

Rapport de test Biotia
Rapport clinique EUA pour un test positif

Les performances cliniques de l’analyse NGS SARS-CoV-2 ont été évaluées en comparant les résultats à un test RT-PCR autorisé par la FDA dans le cadre d’une autorisation d’utilisation en urgence (EUA RT-PCR). 60 échantillons cliniques d’écouvillons nasopharyngés (NP) ont été testés, dont 30 échantillons positifs et 30 échantillons négatifs pour le SARS-CoV-2. Les pourcentages de corrélation positive et négative ont été calculés par rapport à la méthode comparative RT-PCR de l’EUA et sont indiqués dans le tableau suivant à droite.

Tableau du comparateur RT-PCR de l’EUA
Caractéristiques de performance

Limite de détection (LoD)
Une étude de sensibilité analytique a permis d’établir la plus faible concentration de SARS-CoV-2 (copies génomiques (cp)/μl) pouvant être détectée par l’analyse NGS SARS-CoV-2 au moins 95 % du temps. La limite de détection a été fixée à 800 copies/ml et a été répétée 30 fois avec 29/30 (96,67 %) échantillons positifs.

Évaluation clinique
Les performances cliniques de l’analyse NGS SARS-CoV-2 ont été évaluées en comparant les résultats à un test RT-PCR autorisé par la FDA dans le cadre d’une autorisation d’utilisation en urgence (EUA RT-PCR). 120 échantillons cliniques d’écouvillons nasopharyngés (NP) ont été testés, dont 60 échantillons positifs et 60 échantillons négatifs pour le SARS-CoV-2. Les pourcentages de corrélation positive et négative ont été calculés par rapport à la méthode comparative RT-PCR de l’EUA et sont indiqués dans le tableau suivant à droite.
 

Analyse des données et rapports

Le logiciel Biotia COVID-DX (v1.0) analyse les résultats du séquençage et établit un rapport à orientation clinique qui comprend des résultats relatifs à la présence ou à l’absence du virus du SARS-CoV-2 dans chaque échantillon. Le logiciel est destiné à une utilisation diagnostique dans le cadre de l’autorisation d’utilisation d’urgence de la FDA. Un rapport d’échantillon est présenté sur la figure 2.

Présence/Absence
La détection du SARS-CoV-2 repose sur le pourcentage du génome viral récupéré dans l’échantillon d’un patient. Plus le pourcentage de génome viral récupéré est élevé, plus il est probable que le test détermine la présence du virus. 

Interprétation des résultats
RAPPORT POSITIF : le génome viral du SARS-CoV-2 a été détecté.
RAPPORT NÉGATIF : le génome viral du SARS-CoV-2 n’a pas été détecté.
RAPPORT NON VALIDE : les contrôles n’ont pas passé le filtre. L’échantillon doit être testé à nouveau. Si un deuxième échec se produit, il est signalé à l’expéditeur comme « résultat non valide » et un nouveau prélèvement est conseillé si le test du patient est toujours cliniquement indiqué.

Rapport de test Biotia
Rapport clinique EUA pour un test positif

Les performances cliniques de l’analyse NGS SARS-CoV-2 ont été évaluées en comparant les résultats à un test RT-PCR autorisé par la FDA dans le cadre d’une autorisation d’utilisation en urgence (EUA RT-PCR). 60 échantillons cliniques d’écouvillons nasopharyngés (NP) ont été testés, dont 30 échantillons positifs et 30 échantillons négatifs pour le SARS-CoV-2. Les pourcentages de corrélation positive et négative ont été calculés par rapport à la méthode comparative RT-PCR de l’EUA et sont indiqués dans le tableau suivant à droite.

Tableau du comparateur RT-PCR de l’EUA
Caractéristiques de performance

Limite de détection (LoD)
Une étude de sensibilité analytique a permis d’établir la plus faible concentration de SARS-CoV-2 (copies génomiques (cp)/μl) pouvant être détectée par l’analyse NGS SARS-CoV-2 au moins 95 % du temps. La limite de détection a été fixée à 800 copies/ml et a été répétée 30 fois avec 29/30 (96,67 %) échantillons positifs.

Évaluation clinique
Les performances cliniques de l’analyse NGS SARS-CoV-2 ont été évaluées en comparant les résultats à un test RT-PCR autorisé par la FDA dans le cadre d’une autorisation d’utilisation en urgence (EUA RT-PCR). 120 échantillons cliniques d’écouvillons nasopharyngés (NP) ont été testés, dont 60 échantillons positifs et 60 échantillons négatifs pour le SARS-CoV-2. Les pourcentages de corrélation positive et négative ont été calculés par rapport à la méthode comparative RT-PCR de l’EUA et sont indiqués dans le tableau suivant à droite.
 

RESSOURCES